BMKCloud Log in
条形баннер-03

Вести

РЕСЕКУЕНИНГ ЦЕО ГЕНОМ

6

Геномско праћење САРС-ЦоВ-2 открива варијанту брисања Нсп1 која модулира одговор интерферона типа И

Нанопоре |Иллумина |Поновно секвенцирање целог генома |метагеномика |РНА-Сек |Сангер

Биомаркер Тецхнологиес је пружио техничку подршку за секвенцирање узорака у овој студији.

Хигхлигхтс

1. Секвенцирање генома САРС-ЦоВ-2 и филогнетска анализа идентификују 35 рекурентних мутација укључујући 31 СНП и 4 Индела.

2. Повезивање са 117 клиничких фенотипова открива потенцијално
важне мутације.

∆500-532 у региону кодирања Нсп1 корелира са нижим вирусом
3. оптерећење и серумски ИФН-β.

4. Изолати вируса са мутацијом ∆500-532 индукују нижи ИФН-И
одговор у зараженим ћелијама.

Експериментални дизајн

Експериментални дизајн

Достигнућа

вести11
вести11

1. Епидемиолошки и геномски надзор ЦОВИД-19

Клинички подаци прикупљени су у провинцији Сечуан у Кини током периода епидемије од 22. јануара 2020. до 20. фебруара 2020. Укупно 538 случајева ЦОВИД-19 потврђено је кПЦР тестовима у Сечуану, од којих је 28,8% било из провинције главни град.Потврђени случајеви у Сечуану су експоненцијално порасли, достижући врхунац 30. јануара.Такође, подаци су потврдили да социјално дистанцирање може бити кључни фактор у спречавању ширења вируса.

Слика 1. Епидемиолошка студија ЦОВИД-19 у провинцији Сечуан, Кина

2. Конструкција генома САРС-ЦоВ-2 и идентификација варијанти

Са мултиплекс ПЦР амплификацијом праћеном секвенцирањем нанопора, генерисано је укупно 310 скоро или делимично комплетних генома од 248 пацијената са прибл.80% генома покривено је са 10 очитавања (средња дубина: 0,39 М читања по узорку).

вести11

Слика 2. Учесталост сваке варијанте у кохорти Сечуана

Из генома САРС-ЦоВ-2 идентификовано је укупно 104 СНП-а и 18 Индела, у којима су 31 СНП-а и 4 Индела идентификоване као рекурентне генетске варијанте.Упоређујући их са 169 узорака из Вухана и са 81.391 висококвалитетним секвенцама јавног генома у ГИСАИД-у, 29 од 35 пронађених варијанти представљено је на другим континентима.Значајно је да су четири варијанте, укључујући ∆500-532, АЦЦ18108АТ, ∆729-737 и Т13243Ц, пронађене само у Сечуану и Вухану и одсутне у подацима ГИСАИД-а, што указује да је врло вероватно да ће ове варијанте бити импротиране из Вухана, који испуњава путне евиденције пацијената.

Еволуциона анализа са методом максималне вероватноће (МЛ) и приступима Бајесовог молекуларног сата обрађена је на 88 нових вируса из Сечуана и 250 курираних генома из других региона.Геноми са ∆500-532 (делеције у области кодирања Нсп1) пронађени су ретко распоређени у филогенетском стаблу.Анализа хаплотипа на варијантама Нсп1 идентификовала је њих 5 из више градова.Ови резултати сугеришу да се ∆500-532 појавио у више градова и да би могао бити увезен више пута из Вухана.

2-1-1024к709

Слика 2. Рекурентне генетске варијанте и филогенетска анализа у геномима САРС-ЦоВ-2

3. Повезивање рекурентних генетских варијанти са клиничким импликацијама

117 клиничких фенотипова је повезано са тежином ЦОВИД-19, при чему је 19 фенотипова повезаних са озбиљношћу класификовано у тешке и не-тешке особине.Однос између ових особина и 35 рекурентних генетских варијанти је визуелизован у би-кластер топлотној мапи.Анализа обогаћивања слична ГСЕА показала је да је ∆500-532 у негативној корелацији са ЕСР, серумским ИФН-β и ЦД3+ЦД8+ Т ћелија у крви.Штавише, кПЦР тестови су показали да пацијенти инфицирани вирусом ∆500-532 имају највећу вредност Цт, односно најниже вирусно оптерећење.

3-1
3-1-1

Слика 3. Асоцијације 35 рекурентних генетских варијанти са клиничким фенотиповима

4. Валидација клиничких фенотипова повезаних са вирусном мутацијом

Да би се разумели утицаји ∆500-532 на функције Нсп1, ћелије ХЕК239Т су трансфектоване плазмидима који експримирају пуну дужину, ВТ Нсп1 и мутантне форме са делецијама.Профили транскриптома сваке третиране ХЕК239Т ћелије су обрађени за ПЦА анализу, показујући да су делецијски мутанти груписани релативно ближе и да су се значајно разликовали од ВТ Нсп1.Гени који су значајно појачани код мутаната су углавном обогаћени „биосинтетичким/метаболичким процесом пептида“, „биогенезом комплекса рибонуклеопротеина“, „циљањем протеина на мембрану/ЕР“, итд. Штавише, две делеције су показале различит образац експзије из ВТ.

4

Слика 4. Анализа транскриптома на ћелијама ХЕК239Т трансфектованим помоћу ВТ Нсп1 и оне са брисањем

Утицај делеција на ИФН-1 одговор је такође тестиран у претерано израженој студији.Показало се да сва тестирана брисања смањују одговор ИФН-1 у трансфектованим ћелијама ХЕК239Т и А549 и на нивоу транскриптома и на нивоу протеина.Занимљиво је да су значајно смањени гени у делецијама обогаћени „одбрамбеним одговором на вирус“, „репликацијом вирусног генома“, „регулацијом транскрипције помоћу РНК полимеразе ИИ“ и „одговором на интерферон типа И“.

5

Слика 5. Регулација наниже сигналних путева интерферона код мутанта ∆500-532

У овој студији, утицај ових делеција на вирус је додатно потврђен студијама вирусних инфекција.Вируси са одређеним мутантима су изоловани из клиничких узорака и инфицирани у Цалу-3 ћелије.Детаљни резултати истраживања вирусне инфекције могу се прочитати у раду.
дои:10.1016/ј.чом.2021.01.015

Референце

Лин Ј, Танг Ц, Веи Х, ет ал.Геномски мониторинг САРС-ЦоВ-2 открива варијанту делеције Нсп1 која модулира одговор интерферона типа И[Ј].Ћелијски домаћин и микроб, 2021.

Вести и најважније ствари има за циљ да подели најновије успешне случајеве са Биомаркер Тецхнологиес, ​​ухвати нова научна достигнућа, као и истакнуте технике примењене током студије.


Време поста: Јан-06-2022

Пошаљите нам своју поруку: