Метагеномско секвенцирање -НГС
Предности услуге
● Без изолације и култивације за профилисање микробне заједнице
● Висока резолуција у откривању врста са малом заступљеношћу у узорцима животне средине
● Идеја „мета-“ интегрише све биолошке карактеристике на функционалном нивоу, нивоу врсте и нивоу гена, што одражава динамички поглед који је ближи стварности.
● БМК акумулира огромно искуство у различитим типовима узорака са преко 10.000 обрађених узорака.
Спецификације услуге
| Платформа | Секвенцирање | Препоручени подаци | Смањено |
| Иллумина НоваСек платформа | ПЕ150 | 6 Г/10 Г/20 Г | 45 радних дана |
Биоинформатичке анализе
● Контрола квалитета сирових података
● Склоп метагенома
● Нередундантни скуп гена и анотација
● Анализа диверзитета врста
● Анализа диверзитета генетичке функције
● Међугрупна анализа
● Анализа асоцијације у односу на експерименталне факторе
Захтеви за узорке и достава
Захтеви за пример:
ЗаДНК екстракти:
| Тип узорка | Износ | Концентрација | Чистоћа |
| ДНК екстракти | > 30 нг | > 1 нг/μл | ОД260/280= 1,6-2,5 |
За узорке животне средине:
| Тип узорка | Препоручена процедура узорковања |
| Земљиште | Количина узорковања: прибл.5 г;Преосталу осушену материју треба уклонити са површине;Самељите велике комаде и прођите кроз филтер од 2 мм;Аликвотни узорци у стерилној ЕП-епрувети или циротуби за резервацију. |
| Измет | Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотне узорке у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервацију. |
| Интестинални садржај | Узорке је потребно обрадити у асептичним условима.Опрати прикупљено ткиво са ПБС;Центрифугирајте ПБС и сакупите талог у ЕП-епрувете. |
| Муљ | Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотни узорак муља у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервисање |
| Водено тело | За узорак са ограниченом количином микроба, као што је вода из чесме, вода из бунара, итд., Сакупите најмање 1 Л воде и прођите кроз филтер од 0,22 μм да бисте обогатили микроби на мембрани.Чувајте мембрану у стерилној епрувети. |
| Кожа | Пажљиво остружите површину коже стерилним памучним штапићем или хируршким сечивом и ставите је у стерилну епрувету. |
Препоручена достава узорка
Замрзните узорке у течном азоту 3-4 сата и чувајте у течном азоту или -80 степени до дуготрајне резервације.Потребна је испорука узорка са сувим ледом.
Ток рада услуге
Испорука узорка
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
1.Хистограм: Распрострањеност врста
2. Функционални гени означени КЕГГ метаболичким путевима
3.Хеат мап: Диференцијалне функције засноване на релативном обиљу гена
4.Цирцос гена резистенције на антибиотике ЦАРД
БМК Цасе
Преваленција гена отпорности на антибиотике и бактеријских патогена дуж континуума корена земљишта и мангрове
Објављено:Часопис за опасне материјале, 2021
Стратегија секвенцирања:
Материјали: ДНК екстракти четири фрагмента узорака повезаних са кореном мангрове: незасађено земљиште, ризосфера, еписфера и ендосфера
Платформа: Иллумина ХиСек 2500
Циљеви: Метагеном
16С рРНА ген В3-В4 регион
Кључни резултати
Обрађено је метагеномско секвенционирање и метабаркодирање на континууму земљишта и корена младица мангрова у циљу проучавања дисеминације гена отпорности на антибиотике (АРГ) из земљишта у биљке.Метагеномски подаци су открили да је 91,4% гена отпорности на антибиотике обично идентификовано у сва четири горе поменута одељка земљишта, што је показало континуирани начин.Секвенцирањем 16С рРНА ампликона је генерисано 29.285 секвенци, које представљају 346 врста.У комбинацији са профилисањем врста секвенцирањем ампликона, утврђено је да је ова дисеминација независна од микробиоте повезане са кореном, међутим, могла би бити олакшана мобилним генетским елементима.Ова студија је идентификовала проток АРГ-а и патогена из земљишта у биљке кроз међусобно повезани континуум земљишта и корена.
Референце
Ванг, Ц., Ху, Р., Стронг, ПЈ, Зхуанг, В., & Сху, Л.(2020).Преваленција гена отпорности на антибиотике и бактеријских патогена дуж континуума тло-мангрове.Јоурнал оф Хазардоус Материалс, 408, 124985.
