Склоп генома заснован на Хи-Ц
Предности услуге
Преглед Хи-Ц
(Лиеберман-Аиден Е ет ал.,Наука, 2009)
● Нема потребе за конструисањем генетске популације за сидрење контига;
● Већа густина маркера доводи до већег односа сидрења контига на преко 90%;
● Омогућава процену и исправке постојећих склопова генома;
● Краће време обрта са већом прецизношћу у састављању генома;
● Богато искуство са преко 1000 Хи-Ц библиотека конструисаних за преко 500 врста;
● Преко 100 успешних случајева са акумулативним објављеним фактором утицаја од преко 760;
● Хи-Ц базиран склоп генома за полиплоидни геном, 100% стопа сидрења је постигнута у претходном пројекту;
● Ин-хоусе патенти и ауторска права на софтвер за Хи-Ц експерименте и анализу података;
● Саморазвијен софтвер за подешавање визуелизованих података, омогућава ручно померање блокова, преокретање, опозивање и понављање.
Спецификације услуге
|
Либрари Типе
|
Платформа | Реад Ленгтх | Препоручите стратегију |
| Хи-Ц | Иллумина НоваСек | ПЕ150 | ≥ 100Кс |
Биоинформатичке анализе
● Контрола квалитета сирових података
● Хи-Ц контрола квалитета библиотеке
● Хи-Ц склоп генома
● Евалуација након склапања
Захтеви за узорке и достава
Захтеви за пример:
| Анимал | Гљивице | Биљке
|
| Замрзнуто ткиво: 1-2 г по библиотеци Ћелије: 1к 10^7 ћелија по библиотеци | Замрзнуто ткиво: 1 г по библиотеци | Замрзнуто ткиво: 1-2 г по библиотеци
|
| *Препоручујемо да пошаљете најмање 2 аликвота (по 1 г) за Хи-Ц експеримент. | ||
Препоручена достава узорка
Контејнер: епрувета за центрифугирање од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)
За већину узорака препоручујемо да се не чувају у етанолу.
Означавање узорка: Узорци морају бити јасно означени и идентични са достављеним обрасцима са информацијама о узорку.
Испорука: Суви лед: Узорци се прво морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција ДНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
*Демо резултати приказани овде су сви из генома објављених са Биомаркер Тецхнологиес
1.Хи-Ц интеракцијска топлотна карта одЦамптотхеца ацуминатагеном.Као што је приказано на мапи, интензитет интеракција је у негативној корелацији са линеарном удаљености, што указује на високо тачан склоп на нивоу хромозома.(Однос сидрења: 96,03%)
Канг М ет ал.,Натуре Цоммуницатионс, 2021
2.Хи-Ц је олакшао валидацију инверзија измеђуГоссипиум хирсутумЛ. ТМ-1 А06 иГ. арбореумЦхр06
Јанг З и др.,Природне комуникације, 2019
3. Састављање и биалелна диференцијација генома касаве СЦ205.Хи-Ц топлотна мапа показује јасну поделу у хомологним хромозомима.
Ху В ет ал.,Молецулар Плант, 2021
4.Хи-Ц топлотна мапа на склопу генома две врсте Фицус:Ф.мицроцарпа(однос сидрења: 99,3%) иФ.хиспида (однос сидрења: 99,7%)
Зханг Кс ет ал.,Ћелија, 2020
БМК Цасе
Геноми стабла бањана и осе опрашивача пружају увид у коеволуцију смокве и осе
Објављено: Ћелија, 2020
Стратегија секвенцирања:
Ф. мицроцарпа геном: прибл.84 Кс ПацБио РСИИ (36,87 Гб) + Хи-Ц (44 Гб)
Ф. хиспидагеном: прибл.97 Кс ПацБио РСИИ (36,12 Гб) + Хи-Ц (60 Гб)
Еупристина вертициллатагеном: прибл.170 Кс ПацБио РСИИ (65 Гб)
Кључни резултати
1. Два генома стабла бањана и један геном осе опрашивача су конструисани коришћењем ПацБио секвенцирања, Хи-Ц и мапе повезивања.
(1)Ф. мицроцарпагеном: Установљен је склоп од 426 Мб (97,7% процењене величине генома) са контигом Н50 од 908 Кб, БУСЦО резултатом од 95,6%.Укупно 423 Мб секвенце су усидрене на 13 хромозома помоћу Хи-Ц.Анотација генома је дала 29.416 гена који кодирају протеине.
(2)Ф. Хиспидагеном: Склоп од 360 Мб (97,3% процењене величине генома) је био принос са контигом Н50 од 492 Кб и БУСЦО резултатом од 97,4%.Укупно 359 Мб секвенци је усидрено на 14 хромозома помоћу Хи-Ц и веома идентично мапи везе високе густине.
(3)Еупристина вертициллатагеном: Установљен је склоп од 387 Мб (процењена величина генома: 382 Мб) са контигом Н50 од 3,1 Мб и БУСЦО резултатом од 97,7%.
2.Упоредна геномичка анализа открила је велики број структурних варијација између двеФицусгеноми, који су обезбедили непроцењив генетски ресурс за студије адаптивне еволуције.Ова студија је, по први пут, пружила увид у коеволуцију смокве-осе на геномском нивоу.
 Циркос дијаграм о геномским карактеристикама дваФицусгеноме, укључујући хромозоме, сегментне дупликације (СД), транспозоне (ЛТР, ТЕ, ДНК ТЕ), експресију гена и синтезу |  Идентификација И хромозома и ген кандидата за одређивање пола |
Зханг, Кс., ет ал.„Геноми бањанског дрвета и осе опрашивача пружају увид у коеволуцију смокве и осе.“Ћелија 183.4 (2020).
