Еволуциона генетика
Предности услуге
Такаги ет ал.,Биљни часопис, 2013
● Процена времена и брзине дивергенције врста на основу варијација на нивоу нуклеотида и амино киселина
● Откривање поузданије филогенетске везе између врста са минимизираним утицајем конвергентне еволуције и паралелне еволуције
● Изградња веза између генетских промена и фенотипова да би се открили гени повезани са особинама
● Процена генетичке разноврсности, која одражава еволуциони потенцијал врста
● Брже време обрта
● Велико искуство: БМК је акумулирао огромно искуство у пројектима везаним за становништво и еволуцију више од 12 година, покривајући стотине врста, итд. и допринео је у преко 80 пројеката високог нивоа објављених у Натуре Цоммуницатионс, Молецулар Плантс, Плант Биотецхнологи Јоурнал, итд.
Спецификације услуге
Материјали:
Обично се препоручују најмање три подпопулације (нпр. подврсте или сојеви).Свака подпопулација треба да садржи најмање 10 јединки (биљке ＞15, може се смањити за ретке врсте).
Стратегија секвенцирања:
* ВГС се може користити за врсте са висококвалитетним референтним геномом, док је СЛАФ-Сек применљив на врсте са или без референтног генома, или референтни геном лошег квалитета.
| Применљиво на величину генома | ВГС | СЛАФ-Тагс (×10.000) |
| ≤ 500 Мб | 10×/појединачно | ВГС се више препоручује |
| 500 Мб - 1 Гб | 10 | |
| 1 Гб - 2 Гб | 20 | |
| ≥2 Гб | 30 |
Биоинформатичке анализе
● Еволуциона анализа
● Селективни преглед
● Проток гена
● Демографска историја
● Време дивергенције
Захтеви за узорке и достава
Захтеви за пример:
| Врсте | Ткиво | ВГС-НГС | СЛАФ |
| Анимал
| Висцерално ткиво |
0,5~1г
|
0,5г
|
| Мишићно ткиво | |||
| Крв сисара | 1.5мЛ
| 1.5мЛ
| |
| Крв живине/рибе | |||
| Плант
| Фресх Леаф | 1~2г | 0,5~1г |
| Петал/Стем | |||
| Корен/Семе | |||
| Ћелије | Културна ћелија |
| гДНК | Концентрација | Износ (уг) | ОД260/ОД280 |
| СЛАФ | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| ВГС-НГС | ≥1 | ≥0,1 | - |
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Изградња библиотеке
Секуенцинг
Анализа података
Услуге након продаје
*Демо резултати приказани овде су сви из генома објављених са БМКГЕНЕ
1.Еволуциона анализа садржи конструкцију филогенетског стабла, структуре популације и ПЦА на основу генетских варијација.
Филогенетско стабло представља таксономске и еволуционе односе међу врстама са заједничким претком.
ПЦА има за циљ да визуализује блискост између подпопулација.
Популациона структура показује присуство генетски различите субпопулације у смислу фреквенције алела.
Цхен, ет.ал.,ПНАС, 2020
2.Селективни преглед
Селективни преглед се односи на процес којим се бира повољан сајт и повећава се учесталост повезаних неутралних локација, а смањује се фреквенција неповезаних сајтова, што доводи до смањења регионалних.
Детекција у целом геному на регионима селективног прегледа се обрађује израчунавањем популацијског генетског индекса (π，Фст, Тајимов Д) свих СНП-ова унутар клизног прозора (100 Кб) у одређеном кораку (10 Кб).
Нуклеотидна разноликост (π)
Тајима Д
Индекс фиксације (Фст)
Ву, ет.ал.,Молецулар Плант, 2018
3.Гене Флов
Ву, ет.ал.,Молецулар Плант, 2018
4.Демографска историја
Зханг, ет.ал.,Екологија и еволуција природе, 2021
5. Време дивергенције
Зханг, ет.ал.,Екологија и еволуција природе, 2021
БМК Цасе
Мапа геномских варијација пружа увид у генетску основу селекције пролећног кинеског купуса (Брассица рапа ссп. Пекиненсис)
Објављено: Молецулар Плант, 2018
Стратегија секвенцирања:
Поновно секвенцирање: дубина секвенцирања: 10×
Кључни резултати
У овој студији, 194 кинеског купуса су обрађена за поновно секвенцирање са просечном дубином од 10×, што је дало 1.208.499 СНП-а и 416.070 ИнДелс-а.Филогенетска анализа ових 194 линије показала је да се ове линије могу поделити на три екотипа, пролећни, летњи и јесењи.Поред тога, структура популације и ПЦА анализа су показали да пролећни кинески купус потиче од јесењег купуса у Шандонгу, Кина.Они су накнадно уведени у Кореју и Јапан, укрштани са локалним линијама, а неке њихове касне сорте су уведене назад у Кину и коначно су постале пролећни кинески купус.
Скенирање у целом геному на пролећном кинеском купусу и јесењем купусу на селекцији открило је 23 геномска локуса који су прошли кроз снажну селекцију, од којих су се два преклапала са регионом контроле времена затварања на основу КТЛ-мапирања.Утврђено је да ова два региона садрже кључне гене који регулишу цветање, БрВИН3.1 и БрФЛЦ1.Студија транскриптома и трансгенични експерименти су додатно потврдили да су ова два гена укључена у време затварања.
 Анализа структуре популације на кинеском купусу |  Генетске информације о селекцији кинеског купуса |
Тонгбинг, ет ал.„Мапа геномских варијација пружа увид у генетску основу селекције пролећног кинеског купуса (Брассица рапа ссп.пекиненсис).“молекуларне биљке,11(2018):1360-1376.
