Булкед Сегрегант анализа
Предности услуге
Такаги ет ал., Тхе плант јоурнал, 2013
● Тачна локализација: мешање група са 30+30 до 200+200 појединаца како би се минимизирала позадинска бука;предвиђање региона кандидата на основу несинонимних мутаната.
● Свеобухватна анализа: детаљна анотација о функцији кандидата гена, укључујући НР, СвиссПрот, ГО, КЕГГ, ЦОГ, КОГ, итд.
● Брже време обраде: Брза локализација гена у року од 45 радних дана.
● Велико искуство: БМК је допринео у хиљадама локализације особина, покривајући различите врсте као што су усеви, водени производи, шума, цвеће, воће итд.
Спецификације услуге
Популација:
Одвајање потомства родитеља са супротним фенотиповима.
нпр. Ф2 потомство, повратно укрштање (БЦ), рекомбинантна инбред линија (РИЛ)
Базен за мешање
За квалитативне особине: 30 до 50 јединки (минимално 20) по групи
За квантитативне карактеристике: првих 5% до 10% појединаца са било којим екстремним фенотиповима у целој популацији (минимално 30+30).
Препоручена дубина секвенцирања
Најмање 20Кс/родитељ и 1Кс/потомак појединац (нпр. за мешавину потомака од 30+30 појединаца, дубина секвенцирања ће бити 30Кс по групи)
Биоинформатичке анализе
● Поновно секвенцирање целог генома
● Обрада података
● СНП/Индел позивање
● Провера региона кандидата
● Анотација функције гена кандидата
Захтеви за узорке и достава
Захтеви за пример:
нуклеотиди:
| гДНК узорак | Узорак ткива |
| Концентрација: ≥30 нг/μл | Биљке: 1-2 г |
| Количина: ≥2 μг (запремина ≥15 μл) | Животиње: 0,5-1 г |
| Чистоћа: ОД260/280= 1,6-2,5 | Пуна крв: 1,5 мл |
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција РНК
Изградња библиотеке
Секуенцинг
Анализа података
Услуге након продаје
1. База анализе асоцијације на Еуклидској удаљености (ЕД) за идентификацију региона кандидата.На следећој слици
Кс-оса: број хромозома;Свака тачка представља ЕД вредност СНП-а.Црна линија одговара уграђеној ЕД вредности.Виша ЕД вредност указује на значајнију повезаност између места и фенотипа.Црвена испрекидана линија представља праг значајне асоцијације.
2. Анализа асоцијација без СНП индекса
Кс-оса: број хромозома;Свака тачка представља вредност СНП индекса.Црна линија означава вредност уграђеног СНП индекса.Што је већа вредност, то је асоцијација значајнија.
БМК Цасе
Локус квантитативне особине главног ефекта Фнл7.1 кодира богат протеин касне ембриогенезе повезан са дужином врата плода у краставцу
Објављено: Плант Биотецхнологи Јоурнал, 2020
Стратегија секвенцирања:
Родитељи (Јин5-508, ИН): Поновно секвенцирање целог генома за 34× и 20×.
Групе ДНК (50 дуговратих и 50 кратких врата): Поновно секвенцирање за 61× и 52×
Кључни резултати
У овој студији, сегрегирајућа популација (Ф2 и Ф2:3) је генерисана укрштањем линије краставца дугог врата Јин5-508 и кратког врата ИН.Два ДНК базена је конструисало 50 екстремно дуговратих појединаца и 50 екстремно кратковратих појединаца.КТЛ са главним ефектом идентификован је на Цхр07 помоћу БСА анализе и традиционалног КТЛ мапирања.Регион кандидата је додатно сужен финим мапирањем, квантификацијом генске експресије и трансгеним експериментима, који су открили кључни ген у контроли дужине врата, ЦсФнл7.1.Поред тога, пронађено је да је полиморфизам у промоторском региону ЦсФнл7.1 повезан са одговарајућом експресијом.Даља филогенетска анализа сугерише да је локус Фнл7.1 врло вероватно пореклом из Индије.
 КТЛ-мапирање у БСА анализи за идентификацију региона кандидата повезаног са дужином врата краставца |  ЛОД профили КТЛ дужине врата краставца идентификовани на Цхр07 |
Ксу, Кс., ет ал.„Локус квантитативне особине главног ефекта Фнл7.1 кодира богат протеин касне ембриогенезе повезан са дужином врата плода у краставцу.Плант Биотецхнологи Јоурнал 18.7 (2020).
