16С/18С/ИТС Амплицон Секуенцинг-ПацБио
Предности услуге
● Дуго читање открива секвенцу пуне дужине 16С/18С/ИТС
● Веома прецизно базно позивање са секвенцирањем ПацБио ЦЦС режима
● Резолуција на нивоу врсте у ОТУ/АСВ напомени
● Најновији КИИМЕ2 ток анализе са различитим анализама у смислу базе података, напомена, ОТУ/АСВ.
● Применљиво на различите студије микробне заједнице
● БМК поседује велико искуство са преко 100.000 узорака годишње, покривајући земљиште, воду, гас, муљ, измет, црева, кожу, ферментациону супу, инсекте, биљке итд.
● БМКЦлоуд је олакшао тумачење података који садржи 45 персонализованих алата за анализу
Спецификације услуге
| СекуенцингПлатформа | Библиотека | Препоручени подаци | Смањено |
| ПацБио Секуел ИИ | СМРТ-звоно | Ознаке 5К/10К/20К | 44 радних дана |
Биоинформатичке анализе
● Контрола квалитета сирових података
● ОТУ груписање/уклањање шума (АСВ)
● ОТУ напомена
● Алфа разноврсност
● Бета разноврсност
● Међугрупна анализа
● Анализа асоцијације у односу на експерименталне факторе
● Предвиђање функције гена
Захтеви за узорке и достава
Захтеви за пример:
ЗаДНК екстракти:
| Тип узорка | Износ | Концентрација | Чистоћа |
| ДНК екстракти | > 1 μг | > 20 нг/μл | ОД260/280= 1,6-2,5 |
За узорке животне средине:
| Тип узорка | Препоручена процедура узорковања |
| Земљиште | Количина узорковања: прибл.5 г;Преосталу осушену материју треба уклонити са површине;Самељите велике комаде и прођите кроз филтер од 2 мм;Аликвотни узорци у стерилној ЕП-епрувети или циротуби за резервацију. |
| Измет | Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотне узорке у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервацију. |
| Интестинални садржај | Узорке је потребно обрадити у асептичним условима.Опрати прикупљено ткиво са ПБС;Центрифугирајте ПБС и сакупите талог у ЕП-епрувете. |
| Муљ | Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотни узорак муља у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервисање |
| Водено тело | За узорак са ограниченом количином микроба, као што је вода из чесме, вода из бунара, итд., Сакупите најмање 1 Л воде и прођите кроз филтер од 0,22 μм да бисте обогатили микроби на мембрани.Чувајте мембрану у стерилној епрувети. |
| Кожа | Пажљиво остружите површину коже стерилним памучним штапићем или хируршким сечивом и ставите је у стерилну епрувету. |
Препоручена достава узорка
Замрзните узорке у течном азоту 3-4 сата и чувајте у течном азоту или -80 степени до дуготрајне резервације.Потребна је испорука узорка са сувим ледом.
Ток рада услуге
Испорука узорка
Изградња библиотеке
Секуенцинг
Анализа података
Услуге након продаје
1. Стопа анотације профилисања микробне заједнице засноване на В3+В4(Иллумина) у односу на профилисање засновано на пуној дужини (ПацБио).
(За статистику су пријављени подаци од 30 насумично одабраних пројеката)
2. Стопа анотације секвенцирања ампликона пуне дужине на нивоу врсте у различитим типовима узорака
3. Дистрибуција врста
4. Филогенетско дрво
БМК Цасе
Излагање арсену изазива оштећење цревне баријере и последичну активацију осовине црева-јетра што доводи до упале и пироптозе јетре код патака
Објављено:Наука о тоталној животној средини,2021
Стратегија секвенцирања:
Узорци: Контрола наспрам 8 мг/кг групе изложене АТО
Принос података секвенцирања: укупно 102,583 необрађених ЦЦС секвенци
Контрола: 54,518 ± 747 ефективних ЦЦС
Изложено АТО: 45,050 ± 1675 ефективних ЦЦС
Кључни резултати
Алфа разноликост:Изложеност АТО значајно је променила богатство цревних микроба и разноврсност код патака.
Анализа метастата:
На нивоу типа: 2 бактеријска фила откривена само у контролним групама
На нивоу рода: нађено је 6 родова значајно различитих у релативној бројности
На нивоу врста: идентификовано је укупно 36 врста, од којих се 6 значајно разликују у релативној бројности
Референца
Тхингхолм, ЛБ, ет ал.„Гојазни појединци са и без дијабетеса типа 2 показују различите функционалне капацитете и састав цревних микроба.“Ћелијски домаћин и микроб26.2 (2019).
