16С/18С/ИТС Амплицон Секуенцинг-НГС
Предности услуге
● Брза идентификација микробног састава у узорцима животне средине без изолације
● Висока резолуција у компонентама са малом количином у узорцима животне средине
● Најновији КИИМЕ2 ток анализе са различитим анализама у смислу базе података, напомена, ОТУ/АСВ.
● Висока пропусност, већа прецизност
● Применљиво на различите студије микробне заједнице
● БМК поседује велико искуство са преко 100.000 узорака годишње, покривајући земљиште, воду, гас, муљ, измет, црева, кожу, ферментациону супу, инсекте, биљке итд.
● БМКЦлоуд је олакшао тумачење података који садржи 45 персонализованих алата за анализу
Спецификације услуге
| СекуенцингПлатформа | Библиотека | Препоручени принос података | Процењено време обраде |
| Иллумина НоваСек платформа | ПЕ250 | Ознаке 50К/100К/300К | 30 дана |
Биоинформатичке анализе
● Контрола квалитета сирових података
● ОТУ груписање/уклањање шума (АСВ)
● ОТУ напомена
● Алфа разноврсност
● Бета разноврсност
● Међугрупна анализа
● Анализа асоцијације у односу на експерименталне факторе
● Предвиђање функције гена
Захтеви за узорке и достава
Захтеви за пример:
ЗаДНК екстракти:
| Тип узорка | Износ | Концентрација | Чистоћа |
| ДНК екстракти | > 30 нг | > 1 нг/μл | ОД260/280= 1,6-2,5 |
За узорке животне средине:
| Тип узорка | Препоручена процедура узорковања |
| Земљиште | Количина узорковања: прибл.5 г;Преосталу осушену материју треба уклонити са површине;Самељите велике комаде и прођите кроз филтер од 2 мм;Аликвотни узорци у стерилној ЕП-епрувети или циротуби за резервацију. |
| Измет | Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотне узорке у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервацију. |
| Интестинални садржај | Узорке је потребно обрадити у асептичним условима.Опрати прикупљено ткиво са ПБС;Центрифугирајте ПБС и сакупите талог у ЕП-епрувете. |
| Муљ | Количина узорковања: прибл.5 г;Сакупите и аликвотни узорак муља у стерилну ЕП-епрувету или криоепрувету за резервисање |
| Водено тело | За узорак са ограниченом количином микроба, као што је вода из чесме, вода из бунара, итд., Сакупите најмање 1 Л воде и прођите кроз филтер од 0,22 μм да бисте обогатили микроби на мембрани.Чувајте мембрану у стерилној епрувети. |
| Кожа | Пажљиво остружите површину коже стерилним памучним штапићем или хируршким сечивом и ставите је у стерилну епрувету. |
Препоручена достава узорка
Замрзните узорке у течном азоту 3-4 сата и чувајте у течном азоту или -80 степени до дуготрајне резервације.Потребна је испорука узорка са сувим ледом.
Ток рада услуге
Испорука узорка
Изградња библиотеке
Секуенцинг
Анализа података
Услуге након продаје
1. Дистрибуција врста
2.Хеат мап: Груписање богатства врста
3. Крива ретке фракције
4.НМДС анализа
5.Лефсе анализа
БМК Цасе
Гојазни појединци са и без дијабетеса типа 2 показују различите функционалне капацитете и састав цревних микроба
Објављено:Целл Хост & Мицробе, 2019
Стратегија секвенцирања:
Мршави не-дијабетес (н=633);Гојазни не-дијабетес (н=494);Гојазни дијабетес типа 2 (н=153);
Циљни регион: 16С рДНК В1-В2
Платформа: Иллумина Мисек (секвенцирање ампликона засновано на НГС)
Подскуп ДНК екстраката је подвргнут метагеномском секвенцирању на Иллумина Хисек
Кључни резултати
Микробни профили ових метаболичких болести су успешно диференцирани.
Упоређивањем микробних карактеристика генерисаних секвенцирањем 16С, утврђено је да је гојазност повезана са променама у микробном саставу, индивидуалним карактеристикама, посебно значајно смањењем Аккермансиа, Фаецалибацтериум, Осциллибацтер, Алистипес, итд. Поред тога, Т2Д је пронађен повезан са повећањем Есцхерицхиа/схигелла .
Референца
Тхингхолм, ЛБ, ет ал.„Гојазни појединци са и без дијабетеса типа 2 показују различите функционалне капацитете и састав цревних микроба.“Ћелијски домаћин и микроб26.2 (2019).
