10к Геномицс Висиум просторни транскрипт
Карактеристике
● Резолуција: 100 µМ
● Пречник тачке: 55 µМ
● Број спотова: 4992
● Површина снимања: 6,5 к 6,5 мм
● Свака тачка са бар кодом је пуна прајмера који се састоји од 4 дела:
- поли(дТ) реп за прајминг мРНА и синтезу цДНК
- Јединствени молекуларни идентификатор (УМИ) за исправљање пристрасности појачања
- Просторни бар код
- Секвенца везивања делимично очитаног прајмера за секвенцирање
● Х&Е бојење пресека
Предности
●Услуга на једном месту: интегрише све кораке засноване на искуству и вештини, укључујући крио-секцију, бојење, оптимизацију ткива, просторно баркодирање, припрему библиотеке, секвенцирање и биоинформатику.
● Високо обучен технички тим: са искуством у преко 250 типова ткива и 100+ врста укључујући људе, мишеве, сисаре, рибе и биљке.
●Ажурирање целог пројекта у реалном времену: са потпуном контролом напретка експеримента.
●Свеобухватна стандардна биоинформатика:пакет укључује 29 анализа и 100+ висококвалитетних фигура.
●Прилагођена анализа и визуелизација података: доступно за различите истраживачке захтеве.
●Опциона заједничка анализа са секвенцирањем једноћелијске мРНА
Спецификације
| Захтеви за узорке | Библиотека | Стратегија секвенцирања | Подаци се препоручују | Контрола квалитета |
| Крио узорци уграђени у ОЦТ, узорци ФФПЕ (Оптимални пречник: приближно 6к6к6 мм3) 3 блока по узорку | 10Кс Висиум цДНК библиотека | Иллумина ПЕ150 | 50К ПЕ очитавања по месту (60Гб) | РИН>7 |
За више детаља о упутствима за припрему узорака и току рада услуге, слободно разговарајте са аБМКГЕНЕ експерт
Ток рада услуге
У фази припреме узорка, врши се почетно испитивање екстракције РНК како би се осигурало да се РНК високог квалитета може добити.У фази оптимизације ткива секције се боје и визуализују и оптимизују се услови пермеабилизације за ослобађање мРНК из ткива.Оптимизовани протокол се затим примењује током изградње библиотеке, након чега следи секвенцирање и анализа података.
Комплетан ток рада услуге укључује ажурирања у реалном времену и потврде клијената како би се одржала петља повратних информација која реагује, обезбеђујући несметано извођење пројекта.
Укључује следећу анализу:
Контрола квалитета података:
о Излаз података и дистрибуција резултата квалитета
о Детекција гена по тачки
о Покривеност ткива
Анализа унутрашњег узорка:
о Богатство гена
о Спот груписање, укључујући анализу смањених димензија
о Анализа диференцијалне експресије између кластера: идентификација маркерских гена
о Функционална анотација и обогаћивање маркерских гена
Међугрупна анализа
о Ре-комбинација пега из оба узорка (нпр. оболеле и контролне) и поновно груписање
о Идентификација маркерских гена за сваки кластер
о Функционална анотација и обогаћивање маркерских гена
о Диференцијално изражавање истог кластера између група
Анализа унутрашњег узорка
Спот кластеринг
Идентификација маркерских гена и просторна дистрибуција
Међугрупна анализа
Комбинација података из обе групе и поновно груписање
Маркерски гени нових кластера
Истражите напредак који је омогућио БМКГене-ов сервис просторне транскриптомике од стране 10Кс Висиум-а у овим истакнутим публикацијама:
Цхен, Д. ет ал.(2023) 'мтхл1, потенцијални хомолог Дросопхиле адхезионих ГПЦР-а сисара, укључен је у антитуморске реакције на убризгане онкогене ћелије код мува', Процеедингс оф тхе Натионал Ацадеми оф Сциенцес оф тхе Унитед Статес оф Америца, 120(30), стр.е2303462120.дои: /10.1073/пнас.2303462120
Цхен, И. ет ал.(2023) „ЧЕЛИК омогућава разграничење просторно-временских транскриптомских података високе резолуције“, Бриефингс ин Биоинформатицс, 24(2), стр. 1–10.дои: 10.1093/БИБ/ББАД068.
Лиу, Ц. ет ал.(2022) „Просторно-временски атлас органогенезе у развоју цветова орхидеја“, Истраживање нуклеинских киселина, 50(17), стр. 9724–9737.дои: 10.1093/НАР/ГКАЦ773.
Ванг, Ј. ет ал.(2023) „Интегрисање просторне транскриптомике и секвенцирања РНК са једним језгром открива потенцијалне терапијске стратегије за лејомиом материце“, Међународни часопис биолошких наука, 19(8), стр. 2515–2530.дои: 10.7150/ИЈБС.83510.
