Sekuenca e tërë transkriptomit – Illumina
Avantazhet e Shërbimit
● Vlerësimi për të gjitha llojet e ARN-ve për sa i përket numërimit, shprehjes dhe shprehjes relative të bazuar në kromozome
● Identifikimi i ARN-ve të shprehura në mënyrë diferenciale dhe shprehja përkatëse
● Analiza e bashkë-shprehjes së gjeneve
● analiza e rrjetit ceRNA
● Gjenet kryesore përfshijnë analizën e rrugës
● Dorëzimi i rezultateve të bazuara në BMKCloud: Ekspozimi i personalizuar i të dhënave është i disponueshëm në platformë
● Shërbimet pas shitjes të vlefshme për 3 muaj pas përfundimit të projektit
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
| Librari | Platforma | Të dhënat e rekomanduara | QC e të dhënave |
| ARN totale | Ndriçues PE150&SE50 | Rrethi/lnc/mRNA: 16G;miRNA: 10 milion lexim | Q30≥85% |
Kërkesat e mostrës:
Nukleotidet:
| Pastërti | Integriteti | Kontaminimi | Shuma |
| OD260/280≥1.7-2.5； OD260/230≥0.5-2.5； | Për bimët: RIN≥6.5;Për kafshët: RIN≥7;28S/18S≥1.0;lartësi bazë e kufizuar ose aspak | Ndotje e kufizuar ose pa proteina ose ADN e treguar në xhel. | Konk.≥100 ng/μl;Vëllimi ≥ 10 μl;Gjithsej ≥ 2 μg |
Indi: Pesha (e thatë): ≥1 g
*Për indet më të vogla se 5 mg, rekomandojmë dërgimin e mostrës së indit të ngrirë (në azot të lëngshëm).
Pezullimi i qelizave: Numri i qelizave = 3×107
*Ne rekomandojmë dërgimin e lizatit të qelizave të ngrira.Në rast se numri i qelizës është më i vogël se 5×105, rekomandohet blic i ngrirë në azot të lëngshëm.
Mostrat e gjakut:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol dhe 2mL gjak (TRIzol:Blood=3:1)
Dorëzimi i mostrës së rekomanduar
Enë:
Tub centrifuge 2 ml (Folja e kallajit nuk rekomandohet)
Etiketimi i mostrës: Grup+përsëritje p.sh. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Dërgesa:
1.Akull i thatë: Mostrat duhet të paketohen në thasë dhe të varrosen në akull të thatë.
2. Tuba të qëndrueshme: Mostrat e ARN-së mund të thahen në tubin e stabilizimit të ARN-së (p.sh. RNAstable®) dhe të dërgohen në temperaturën e dhomës.
Rrjedha e punës së shërbimit
Dizajni i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Ekstraktimi i ARN-së
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
Bioinformatika
1. Vlerësimi mbi të gjitha llojet e shprehjes relative të bazuar në ARN
Circos mbi rëndësinë e ndryshimeve në shprehjen e ARN
2.Rrjeti i integruar i rrugëve KEGG
Rrjeti i integruar i rrugëve KEGG
3.analiza e rrjetit ceRNA
Ndërveprimet DE-circRNA-miRNA-mRNA të bazuara në rrjetin e ceRNA
Rasti BMK
Modeli i shprehjes së CircRNA dhe rrjetet ceRNA dhe miRNA-mRNA të përfshira në zhvillimin e antherës në linjën CMS të Brassica campestris
Publikuar:Revista Ndërkombëtare e Shkencave Molekulare,2019
Qelizat NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) dhe qelizat e kontrollit negativ (sh-Scr) u morën në ditën e 6-të të një infeksioni viral specifik.
Rezultatet kryesore
Ky studim krijoi linjën Polima citoplazmë e sterilitetit mashkullor (CMS) "Bcpol97-05A" dhe linjën pjellore, "Bcajh97-01B", në Brassica campestris L. ssp.chinensis Makino, sin.B. rapa ssp.chinensis, dhe kryen krahasime të profilizimit të shprehjes së ARN-së midis sythave të luleve të linjës sterile dhe vijës pjellore me anë të sekuencës së transkriptomit të plotë.
1. Janë identifikuar gjithsej 31 circARN të shprehura në mënyrë diferenciale (DE), 47 miRNA DE dhe 4779 mRNA DE.
2. Analiza e ontologjisë së gjeneve (GO) tregoi se shumica e gjeneve DE ishin të përfshira në zhvillimin e murit të polenit
3. Analiza e pasurimit të rrugës KEGG të mRNA-ve DE (duke përfshirë mARN-të e rregulluara lart dhe të rregulluara poshtë në linjën sterile krahasuar me linjën pjellore) tregoi se "niseshteja dhe sukrosemetabolizmi", "biosinteza e fenilpropanoidit" dhe "ndërkonversionet pentozë dhe glukuronate ” ishin rrugët metabolike më të pasuruara.
 Analiza e pasurimit të rrugës KEGG të mARN-ve të shprehura në mënyrë diferenciale |  Klasifikimi i ontologjisë gjenetike (GO) të mARN-ve të shprehura në mënyrë diferenciale |  Pamje e rrjetit të trefishtë DEcircRNA–DEMiRNA–DEMARN |
Referenca
Liang Y, Zhang Y, Xu L, etj.Modeli i shprehjes së CircRNA dhe rrjetet ceRNA dhe miRNA-mRNA të përfshira në zhvillimin e antherës në linjën CMS të Brassica campestris[J].International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20(19):4808-.DOI: 10.3390/ijms20194808
