-
Sekuenca e imunoprecipitimit të kromatinës (ChIP-seq)
ChIP-Seq siguron profilizimin e gjerë të gjenomit të objektivave të ADN-së për modifikimin e histonit, faktorët e transkriptimit dhe proteinat e tjera të lidhura me ADN-në.Ai kombinon selektivitetin e imuno-precipitimit të kromatinës (ChIP) për të rikuperuar komplekse specifike proteine-ADN, me fuqinë e sekuencës së gjeneratës së ardhshme (NGS) për sekuencimin me performancë të lartë të ADN-së së rikuperuar.Për më tepër, për shkak se komplekset protein-ADN rikuperohen nga qelizat e gjalla, vendet e lidhjes mund të krahasohen në lloje dhe inde të ndryshme qelizash ose në kushte të ndryshme.Aplikimet variojnë nga rregullimi i transkriptimit në rrugët e zhvillimit te mekanizmat e sëmundjes dhe më gjerë.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekuenca metagjenomike -NGS
Metagjenoma i referohet një koleksioni të materialit gjenetik total të një bashkësie të përzier organizmash, si metagjenomi mjedisor, metagjenomi i njeriut, etj. Ai përmban gjenome të mikroorganizmave të kultivueshëm dhe të pakultivueshëm.Sekuenca metagjenomike është një mjet molekular që përdoret për të analizuar materialet gjenomike të përziera të nxjerra nga mostrat mjedisore, i cili ofron informacion të detajuar në shumëllojshmërinë dhe bollëkun e specieve, strukturën e popullsisë, marrëdhënien filogjenetike, gjenet funksionale dhe rrjetin e korrelacionit me faktorët mjedisorë.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekuenca metagjenomike-Nanopore
Metagenomics është një mjet molekular që përdoret për të analizuar materialet gjenomike të përziera të nxjerra nga mostrat mjedisore, i cili ofron informacion të detajuar në diversitetin dhe bollëkun e specieve, strukturën e popullsisë, marrëdhëniet filogjenetike, gjenet funksionale dhe rrjetin e korrelacionit me faktorët mjedisorë, etj. Platformat e sekuencës Nanopore janë prezantuar së fundmi te studimet metagjenomike.Performanca e tij e jashtëzakonshme në gjatësinë e leximit përmirësoi kryesisht analizën metagjenomike të rrjedhës së poshtme, veçanërisht montimin e metagjenomës.Duke përfituar nga gjatësia e leximit, studimi metagjenomik i bazuar në Nanopore është në gjendje të arrijë montim më të vazhdueshëm në krahasim me metagjenominë me armë gjahu.Është publikuar se metagjenomika e bazuar në Nanopore gjeneroi me sukses gjenomet bakteriale të plota dhe të mbyllura nga mikrobiomet (Moss, EL, et. al.,Natyra Biotech, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
Sekuenca e bisulfiteve të gjenomit të plotë
Metilimi i ADN-së në pozicionin e pestë në citozinë (5-mC) ka një ndikim themelor në shprehjen e gjeneve dhe aktivitetin qelizor.Modelet jonormale të metilimit janë shoqëruar me disa kushte dhe sëmundje, si kanceri.WGBS është bërë standardi i artë për studimin e metilimit në të gjithë gjenomin me rezolucion bazë të vetme.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Analiza për kromatinën e aksesueshme nga transposaza me sekuencë të përçueshmërisë së lartë (ATAC-seq)
ATAC-seq është një metodë e sekuencës me performancë të lartë për analizën e aksesueshmërisë së kromatinës në të gjithë gjenomin, e cila është e rëndësishme për kontrollin global epigjenetik të shprehjes së gjeneve.Përshtatësit e renditjes futen në rajonet e hapura të kromatinës nga transpozaza hiperaktive Tn5.Pas amplifikimit të PCR-së, ndërtohet një bibliotekë sekuencash.Të gjitha rajonet e hapura të kromatinës mund të merren nën një kusht specifik hapësinor-kohor, jo vetëm të kufizuar në vendet lidhëse të një faktori transkriptimi ose një rajoni të caktuar të modifikuar me histon.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Nën-njësia në rRNA 16S dhe 18S që përmban rajone shumë të konservuara dhe hiper-ndryshueshme është një gjurmë gishti molekulare perfekte për identifikimin e organizmave prokariotikë dhe eukariote.Duke përfituar nga sekuenca, këto amplikone mund të synohen në bazë të pjesëve të konservuara dhe rajonet hiper-ndryshuese mund të karakterizohen plotësisht për identifikimin mikrobial duke kontribuar në studimet që mbulojnë analizën e diversitetit mikrobik, taksonominë, filogjeninë, etj. Në kohë reale me një molekulë (SMRT ) renditja e platformës PacBio mundëson marrjen e leximeve të gjata shumë të sakta, të cilat mund të mbulojnë amplikone me gjatësi të plotë (rreth 1,5 Kb).Pamja e gjerë e fushës gjenetike rriti shumë rezolucionin në shënimin e specieve në komunitetin e baktereve ose kërpudhave.
Platforma:Vazhdimi i PacBio II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Sekuenca e amplikonit 16S/18S/ITS synon të zbulojë filogjeninë, taksonominë dhe bollëkun e specieve në një komunitet mikrobik duke hetuar produktet PCR të shënuesve gjenetikë të mirëmbajtjes që përmbajnë pjesë shumë të diskutueshme dhe hiperndryshuese.Prezantimi i këtyre gjurmëve të gishtave molekularë të përsosur nga Woeses et al, (1977) fuqizon profilin e mikrobiomit pa izolim.Sekuenca e 16S (baktereve), 18S (kërpudhave) dhe spacer i brendshëm i transkriptuar (ITS, kërpudha) lejon identifikimin e specieve të bollshme, si dhe specieve të rralla dhe të paidentifikuara.Kjo teknologji është bërë një mjet i përdorur gjerësisht dhe kryesor në identifikimin e përbërjeve diferenciale mikrobike në mjedise të ndryshme, si goja e njeriut, zorrët, feçet, etj.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Risekuenca e gjenomit të plotë bakteriale dhe kërpudhore
Risekuenca e të gjithë gjenomit bakterial dhe kërpudhor është një mjet kritik për të kompletuar gjenomin e baktereve dhe kërpudhave të njohura, si dhe për të krahasuar gjenomet e shumta ose për të hartuar gjenomet e organizmave të rinj.Është e një rëndësie të madhe që të renditen gjenomet e tëra të baktereve dhe kërpudhave në mënyrë që të gjenerohen gjenomet e sakta të referencës, të bëhet identifikimi i mikrobeve dhe studime të tjera krahasuese të gjenomit.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekuenca e amplikonit PacBio-me gjatësi të plotë 16S/18S/ITS
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) është zhvilluar me vite përvojë në analizën e projektit të diversitetit mikrobik, i cili përmban analiza bazë të standardizuar dhe analiza të personalizuara: analiza bazë mbulon përmbajtjen e analizës kryesore të kërkimit aktual mikrobik, përmbajtja e analizës është e pasur dhe gjithëpërfshirëse, dhe rezultatet e analizës janë paraqitur në formën e raporteve të projektit;Përmbajtja e analizës së personalizuar është e larmishme.Mostrat mund të zgjidhen dhe parametrat mund të vendosen në mënyrë fleksibël sipas raportit bazë të analizës dhe qëllimit të kërkimit, për të realizuar kërkesat e personalizuara.Sistemi operativ Windows, i thjeshtë dhe i shpejtë.
-
PacBio-Transkriptomë me gjatësi të plotë (jo referencë)
Duke marrë si hyrje të dhënat e sekuencës së izoformës së Pacific Biosciences (PacBio), ky aplikacion është në gjendje të identifikojë sekuencat e transkriptit me gjatësi të plotë (pa montim).Duke hartuar sekuencat me gjatësi të plotë kundrejt gjenomit të referencës, transkriptet mund të optimizohen nga gjenet e njohura, transkriptet, rajonet koduese, etj. Në këtë rast, mund të arrihet identifikimi më i saktë i strukturave të mARN-së, si p.sh. bashkimi alternativ, etj.Analiza e përbashkët me të dhënat e sekuencës së transkriptomeve NGS mundëson shënime më gjithëpërfshirëse dhe kuantifikimin më të saktë në shprehje në nivel transkripti, gjë që përfiton kryesisht shprehjen diferenciale në rrjedhën e poshtme dhe analizën funksionale.
-
Sekuenca bisulfite me përfaqësim të reduktuar (RRBS)
Hulumtimi i metilimit të ADN-së ka qenë gjithmonë një temë e nxehtë në kërkimin e sëmundjeve dhe është e lidhur ngushtë me shprehjen e gjeneve dhe tiparet fenotipike.RRBS është një metodë e saktë, efikase dhe ekonomike për kërkimin e metilimit të ADN-së.Pasurimi i rajoneve të promotorit dhe ishullit CpG me ndarje enzimatike (Msp I), i kombinuar me sekuencën e bisulfitit, siguron zbulimin e metilimit të ADN-së me rezolucion të lartë.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekuenca e mARN-së prokariotike
Sekuenca e mRNA fuqizon profilizimin gjithëpërfshirës të të gjitha transkripteve të mRNA brenda qelizave në kushte specifike.Kjo teknologji e fundit shërben si një mjet i fuqishëm, duke zbuluar profilet e ndërlikuara të shprehjes së gjeneve, strukturat e gjeneve dhe mekanizmat molekularë të lidhur me procese të ndryshme biologjike.I adoptuar gjerësisht në kërkimin themelor, diagnostikimin klinikë dhe zhvillimin e ilaçeve, sekuenca e mRNA ofron njohuri në ndërlikimet e dinamikës qelizore dhe rregullimit gjenetik.Përpunimi ynë i mostrës së mARN-së prokariote është përshtatur për transkriptomet prokariote, që përfshin zbrazjen e rRNA dhe përgatitjen e bibliotekës së drejtuar.
Platforma: Illumina NovaSeq X
