-
Sekuenca metagjenomike -NGS
Metagjenoma i referohet një koleksioni të materialit gjenetik total të një bashkësie të përzier organizmash, si metagjenomi mjedisor, metagjenomi i njeriut, etj. Ai përmban gjenome të mikroorganizmave të kultivueshëm dhe të pakultivueshëm.Sekuenca metagjenomike është një mjet molekular që përdoret për të analizuar materialet gjenomike të përziera të nxjerra nga mostrat mjedisore, i cili ofron informacion të detajuar në shumëllojshmërinë dhe bollëkun e specieve, strukturën e popullsisë, marrëdhënien filogjenetike, gjenet funksionale dhe rrjetin e korrelacionit me faktorët mjedisorë.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekuenca metagjenomike-Nanopore
Metagenomics është një mjet molekular që përdoret për të analizuar materialet gjenomike të përziera të nxjerra nga mostrat mjedisore, i cili ofron informacion të detajuar në diversitetin dhe bollëkun e specieve, strukturën e popullsisë, marrëdhëniet filogjenetike, gjenet funksionale dhe rrjetin e korrelacionit me faktorët mjedisorë, etj. Platformat e sekuencës Nanopore janë prezantuar së fundmi te studimet metagjenomike.Performanca e tij e jashtëzakonshme në gjatësinë e leximit përmirësoi kryesisht analizën metagjenomike të rrjedhës së poshtme, veçanërisht montimin e metagjenomës.Duke përfituar nga gjatësia e leximit, studimi metagjenomik i bazuar në Nanopore është në gjendje të arrijë montim më të vazhdueshëm në krahasim me metagjenominë me armë gjahu.Është publikuar se metagjenomika e bazuar në Nanopore gjeneroi me sukses gjenomet bakteriale të plota dhe të mbyllura nga mikrobiomet (Moss, EL, et. al.,Natyra Biotech, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Nën-njësia në rRNA 16S dhe 18S që përmban rajone shumë të konservuara dhe hiper-ndryshueshme është një gjurmë gishti molekulare perfekte për identifikimin e organizmave prokariotikë dhe eukariote.Duke përfituar nga sekuenca, këto amplikone mund të synohen në bazë të pjesëve të konservuara dhe rajonet hiper-ndryshuese mund të karakterizohen plotësisht për identifikimin mikrobial duke kontribuar në studimet që mbulojnë analizën e diversitetit mikrobik, taksonominë, filogjeninë, etj. Në kohë reale me një molekulë (SMRT ) renditja e platformës PacBio mundëson marrjen e leximeve të gjata shumë të sakta, të cilat mund të mbulojnë amplikone me gjatësi të plotë (rreth 1,5 Kb).Pamja e gjerë e fushës gjenetike rriti shumë rezolucionin në shënimin e specieve në komunitetin e baktereve ose kërpudhave.
Platforma:Vazhdimi i PacBio II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Sekuenca e amplikonit 16S/18S/ITS synon të zbulojë filogjeninë, taksonominë dhe bollëkun e specieve në një komunitet mikrobik duke hetuar produktet PCR të shënuesve gjenetikë të mirëmbajtjes që përmbajnë pjesë shumë të diskutueshme dhe hiperndryshuese.Prezantimi i këtyre gjurmëve të gishtave molekularë të përsosur nga Woeses et al, (1977) fuqizon profilin e mikrobiomit pa izolim.Sekuenca e 16S (baktereve), 18S (kërpudhave) dhe spacer i brendshëm i transkriptuar (ITS, kërpudha) lejon identifikimin e specieve të bollshme, si dhe specieve të rralla dhe të paidentifikuara.Kjo teknologji është bërë një mjet i përdorur gjerësisht dhe kryesor në identifikimin e përbërjeve diferenciale mikrobike në mjedise të ndryshme, si goja e njeriut, zorrët, feçet, etj.
Platforma:Platforma Illumina NovaSeq
-
Risekuenca e gjenomit të plotë bakteriale dhe kërpudhore
Risekuenca e të gjithë gjenomit bakterial dhe kërpudhor është një mjet kritik për të kompletuar gjenomin e baktereve dhe kërpudhave të njohura, si dhe për të krahasuar gjenomet e shumta ose për të hartuar gjenomet e organizmave të rinj.Është e një rëndësie të madhe që të renditen gjenomet e tëra të baktereve dhe kërpudhave në mënyrë që të gjenerohen gjenomet e sakta të referencës, të bëhet identifikimi i mikrobeve dhe studime të tjera krahasuese të gjenomit.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekuenca metatranskriptome
Sekuenca e metatranscriptomes identifikon shprehjen e gjeneve të mikrobeve (si eukariotët ashtu edhe prokariotët) brenda mjediseve natyrore (p.sh. toka, uji, deti, feçet dhe zorrët). Në mënyrë të veçantë, ky shërbim ju lejon të merrni profilizimin e të gjithë shprehjes së gjeneve të komuniteteve komplekse mikrobike, analizën taksonomike të specieve, analiza e pasurimit funksional të gjeneve të shprehura ndryshe dhe më shumë.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Gjenomi i kërpudhave
Biomarker Technologies ofrojnë studim të gjenomit, gjenom të imët dhe gjenom të plotë të kërpudhave në varësi të qëllimit specifik të kërkimit.Sekuenca e gjenomit, montimi dhe shënimi funksional mund të arrihen duke kombinuar sekuencën e gjeneratës tjetër + sekuencën e gjeneratës së tretë për të arritur montimin e gjenomit të nivelit të lartë.Teknologjia Hi-C mund të përdoret gjithashtu për të lehtësuar montimin e gjenomit në nivelin e kromozomeve.
Platforma:Vazhdimi i PacBio II
Nanopore PromethION P48
Platforma Illumina NovaSeq
-
Gjenomi i plotë i baktereve
Biomarker Technologies ofron shërbimin e sekuencës për ndërtimin e gjenomit të plotë të baktereve me hendek zero.Rrjedha kryesore e punës e ndërtimit të plotë të gjenomit të baktereve përfshin sekuencën e gjeneratës së tretë, montimin, shënimin funksional dhe analizën e avancuar bioinformatike që përmbush qëllime specifike kërkimore.Një profil më gjithëpërfshirës i gjenomit të baktereve fuqizon zbulimin e mekanizmave themelorë që qëndrojnë në themel të proceseve të tyre biologjike, të cilat gjithashtu mund të ofrojnë referencë të vlefshme për kërkimet gjenomike në speciet më të larta eukariote
Platforma:Platforma Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq
Vazhdimi i PacBio II
