Harta e nxehtësisë
Skedari i të dhënave të matricës përdoret për vizatimin e hartës së nxehtësisë, i cili mund të filtrojë, normalizojë dhe grumbullojë të dhënat e matricës.Më së shumti përdoret për analizën grupore të nivelit të shprehjes së gjeneve midis mostrave të ndryshme.
Shënimi i gjeneve
Shënimi i funksionit të gjenit kryhet duke hartuar sekuencat në skedarin FASTA kundrejt bazës së të dhënave të ndryshme.
Shënimi i gjeneve
Mjeti bazë i kërkimit të shtrirjes lokale
CDS_UTR_Parashikimi
Ky mjet është krijuar për të parashikuar rajonet koduese (CDS) dhe rajonet jo-koduese (UTR) në sekuencat e dhëna të transkriptit bazuar në shpërthimin kundrejt bazës së të dhënave të proteinave të njohura dhe parashikimit ORF.
Komploti i Manhatanit
Grafiku i Manhatanit mundëson shfaqjen e të dhënave me një numër të madh pikash të dhënash.Përdoret zakonisht në studimet e asociimit të gjenomit (GWAS).
Circos
Diagrami CIRCOS mundëson paraqitjen e drejtpërdrejtë të shpërndarjeve SNP, InDeL, SV, CNV mbi gjenomin.
SHKO_Pasurimi
TopGO është një mjet i krijuar për pasurimin funksional.Paketa TopGO-Bioconductor përbëhet nga analiza e shprehjes diferenciale, analiza e pasurimit GO dhe vizualizimi i rezultateve.Do të gjenerojë një dosje me dalje të quajtur "Graph", e cila përmban rezultate për topGO_BP, topGO_CC dhe topGO_MF.
WGCNA
WGCNA është një metodë e përdorur gjerësisht për nxjerrjen e të dhënave për zbulimin e moduleve të bashkë-shprehjes së gjeneve.Është i zbatueshëm për grupe të dhënash të ndryshme të shprehjeve, duke përfshirë të dhënat e mikrogrumbullimit dhe të dhënat e shprehjes së gjeneve të ardhura nga sekuenca e gjeneratës së ardhshme.
InterProScan
Analiza dhe klasifikimi i sekuencës së proteinave InterPro
GO_KEGG_Pasurimi
Ky mjet është projektuar për të gjeneruar histogramë të pasurimit GO, histogramë të pasurimit KEGG dhe shtegun e pasurimit KEGG bazuar në grupin e gjeneve të ofruar dhe shënimin përkatës.