Sekuenca e gjenomit të tërë bimëve/kafshëve
1.Përparësitë e Shërbimit
Përvojë e gjerë në renditjen e gjenomit për mbi 1000 lloje.
Mbi 800 raste të publikuara me një faktor ndikimi akumulues prej mbi 4000.
Analizë gjithëpërfshirëse bioinformatike mbi thirrjen e variacionit dhe analizën e funksionit.
2. Specifikimet e Shërbimit
| Platforma | Librari | Thellësia e rekomanduar e seq | |
| Illumina | PE 150 | Për SNP, thirrjet InDel ≥ 10x Për SV, telefonata CNY ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | Për SV, telefonata CNY ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Për telefonatat SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x |
3. Kërkesat e mostrës
| Platforma | Konk.(ng/μL)
| Shuma (ng)
| Pastërti
| Xhel agaroze
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Pastroni brezin kryesor pa ose të kufizuardegradimi i vërejtur në xhel. 2. Nuk ka ose është i kufizuar ndotje me ARN ose proteina
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Varet nga rendimenti i të dhënave 10 μg/qelizë | 1.7-2.2 | ≥1.5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1,8-2,5 | ||
4. Analiza e bioinformacionit
5. Rrjedha e punës së shërbimit
Dorëzimi i mostrës
Ekstraktimi i ADN-së
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Dorëzimi i të dhënave
1) Statistikat e hartës së gjenomit
Tabela 1 Statistikat e rezultatit të hartës
Figura 1 Shpërndarja e madhësisë së insertit dhe mbulimit të leximeve.
2) Zbulimi i variacionit
Figura 2 Statistikat dhe shënimet e SNP/INDEL/SV midis mostrave
Figura 3 Shpërndarja në të gjithë gjenomin e vatacioneve
3) Shënimi funksional i variacioneve
| 2019 | Komunikimet e natyrës | Risekuenca e të gjithë gjenomit zbulon origjinën e Brassica napus dhe vendndodhjet gjenetike të përfshira në përmirësimin e tij |
| 2020 | PNAS | Origjina evolucionare dhe historia e zbutjes së peshkut të kuq (Carassius auratus) |
| 2021 | Revista e Bioteknologjisë së Bimëve | Gjenomet referente të dy specieve të kultivuara të jutës |
| 2021 | Revista e Bioteknologjisë së Bimëve | Nënshkrimet gjenomike të alopolyploidit të perimeve dhe farave vajore Brassicajuncea dhe lokacioneve gjenetike që kontrollojnë akumulimin e glukozinolateve |
| 2019 | Bimë molekulare | Resekuenca e plotë e gjenomit të një koleksioni mbarëbotëror të ngjitjeve të rapave zbulon bazën gjenetike të divergjencës së tyre ekotip |
| 2022 | Hulumtimi i Hortikulturës | Analiza e lidhjes në të gjithë gjenomin ofron njohuri molekulare në ndryshimin natyror të madhësisë së farës së shalqirit |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Studimi i shoqatës në të gjithë gjenomin identifikon variante të GhSAD1 që jep tolerancë ndaj të ftohtit në pambuk |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Studimi i asociacionit në të gjithë gjenomin dhe krahasimi i transkriptomës zbulojnë QTL të reja dhe gjenet kandidate që kontrollojnë madhësinë e petaleve në farat e rapit |
