Sekuenca e gjenomit të bimëve/kafshëve De Novo
Avantazhet e Shërbimit
Zhvillimi i platformave të sekuencës dhe bioinformatikës nëde novoasambleja e gjenomit
(Amarasinghe SL et al.,Biologjia e Gjenomit, 2020)
● Ndërtimi i gjenomave të reja dhe përmirësimi i gjenomave ekzistuese të referencës për speciet me interes.
● Saktësi, vazhdimësi dhe plotësi më e lartë në montim
● Ndërtimi i burimit themelor për kërkime në polimorfizmin e sekuencës, QTL-të, modifikimin e gjeneve, mbarështimin, etj.
● E pajisur me spektrin e plotë të platformave të sekuencës së gjeneratës së tretë: zgjidhje për montimin e gjenomit me një ndalesë
● Strategji fleksibël të renditjes dhe montimit që përmbushin gjenome të ndryshme me karakteristika të ndryshme
● Ekipi i bioinformatikanëve shumë të aftë me përvojë të madhe në montimet komplekse të gjenomit, duke përfshirë poliploidet, gjenomet gjigante, etj.
● Mbi 100 raste të suksesshme me një faktor ndikimi të publikuar akumulues prej mbi 900
● Koha e kthimit deri në 3 muaj për montimin e gjenomit në nivel kromozomi.
● Mbështetje teknike solide me një sërë patentash dhe të drejtash autori softuerësh si në anën eksperimentale ashtu edhe në bioinformatikë.
Specifikimet e Shërbimit
|
përmbajtja
|
Platforma
|
Gjatësia e leximit
|
Mbulimi
|
| Anketa e Gjenomit
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Sekuenca e gjenomit
| PacBio Revio
| Leximet 15 kb HiFi
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Rrjedha e punës
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
Kërkesat e mostrës:
| Llojet | Indi | Për PacBio | Për Nanoporën |
| Kafshët | Organet viscerale (mëlçia, shpretka, etj.) | ≥ 1.0 g | ≥ 3.5 g |
| Muskujt | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g | |
| Gjaku i gjitarëve | ≥ 1.5 ml | ≥ 5.0 mL | |
| Gjaku i peshqve ose zogjve | ≥ 0.2 mL | ≥ 0,5 mL | |
| Bimët | Gjethe të freskëta | ≥ 1.5 g | ≥ 5.0 g |
| Petal ose kërcell | ≥ 3.5 g | ≥ 10.0 g | |
| Rrënjët ose farat | ≥ 7.0 g | ≥ 20.0 g | |
| Qelizat | Kultura e qelizave | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Dorëzimi i mostrës së rekomanduar
Enë: tub centrifuge 2 ml (Folja e kallajit nuk rekomandohet)
Për shumicën e mostrave, ne rekomandojmë që të mos ruhen në etanol.
Etiketimi i mostrës: Mostrat duhet të jenë të etiketuara qartë dhe identike me formularin e informacionit të mostrës së dorëzuar.
Dërgesa: Akull i thatë: Mostrat duhet së pari të paketohen në thasë dhe të varrosen në akull të thatë.
Rrjedha e punës së shërbimit
Dizajni i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Ekstraktimi i ADN-së
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
*Rezultatet demonstruese të paraqitura këtu janë të gjitha nga gjenomet e publikuara me Biomarker Technologies
1.Cirkos në asamblenë e gjenomit në nivel kromozomi tëG. rotundifoliumnga platforma e renditjes Nanopore
Wang M et al.,Biologjia molekulare dhe Evolucioni, 2021
2.Statistikat e montimit dhe shënimit të gjenomit të thekrës Weining
Li G et al.,Gjenetika e Natyrës, 2021
3.Parashikimi i gjeneve tëSechium edulegjenomi, që rrjedh nga tre metoda parashikimi:De novoparashikimi, parashikimi i bazuar në homologji dhe parashikimi i bazuar në të dhëna ARN-Seq
Fu A et al.,Hulumtimi i Hortikulturës, 2021
4.Identifikimi i përsëritjeve të gjata të paprekura në tre gjenoma pambuku
Wang M et al.,Biologjia molekulare dhe Evolucioni, 2021
5.Hi-C harta e nxehtësisë sëC. acuminatagjenomi që tregon ndërveprime gjithëpërfshirëse në të gjithë gjenomin.Intensiteti i ndërveprimeve Hi-C është proporcional me distancën lineare ndërmjet kontigëve.Një vijë e pastër e drejtë në këtë hartë të nxehtësisë tregon një ankorim shumë të saktë të kontigëve në kromozome.(Raporti i ankorimit të vazhdueshëm: 96.03%)
kang M et al.,Komunikimet e Natyrës,2021
Rasti BMK
Një grup gjenomi me cilësi të lartë nxjerr në pah karakteristikat gjenomike të thekrës dhe gjenet e rëndësishme agronomike
Publikuar: Gjenetika e Natyrës, 2021
Strategjia e renditjes:
Asambleja e gjenomit: Modaliteti PacBio CLR me bibliotekë 20 kb (497 Gb, përafërsisht 63×)
Korrigjimi i sekuencës: NGS me bibliotekë ADN 270 bp (430 Gb, përafërsisht 54×) në platformën Illumina
Ankorimi i vazhdueshëm: Biblioteka Hi-C (560 Gb, përafërsisht 71×) në platformën Illumina
Harta optike: (779,55 Gb, përafërsisht 99×) në Bionano Irys
Rezultatet kryesore
1. Një grup i gjenomit të thekrës Weining u publikua me madhësi totale të gjenomit prej 7.74 Gb (98.74% e madhësisë së gjenomit të vlerësuar sipas citometrisë së rrjedhës).Skela N50 e kësaj asambleje arriti 1.04 Gb.93.67% e kontigëve u ankoruan me sukses në 7 pseudo-kromozome.Ky asamble u vlerësua nga harta e lidhjes, LAI dhe BUSCO, të cilat rezultuan me rezultate të larta në të gjitha vlerësimet.
2. Studime të mëtejshme mbi gjenomikën krahasuese, hartën e lidhjes gjenetike, studime transkriptomike janë kryer në bazë të këtij gjenomi.U zbuluan një sërë tiparesh të lidhura me tiparet gjenomike, duke përfshirë dyfishimin e gjeneve në të gjithë gjenomin dhe ndikimin e tyre në gjenet e biosintezës së niseshtës;organizimi fizik i lokuseve komplekse të prolaminës, tiparet e shprehjes së gjeneve që qëndrojnë në bazë të tipareve të hershme të kokës dhe rajoneve kromozomale të supozuara të lidhura me zbutjen dhe lokacionet në thekër.
 Diagrami i Circos mbi tiparet gjenomike të gjenomit të thekrës Weining |  Analizat e evolucionit dhe sintenisë së kromozomeve të gjenomit të thekrës |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Një grup gjenomi me cilësi të lartë nxjerr në pah karakteristikat gjenomike të thekrës dhe gjenet e rëndësishme agronomike.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
