Produktet

Sekuenca e mRNA-së jo-referencë-Illumina

Imazhi i veçuar i renditjes së mRNA-së me bazë jo-referenci-Illumina

Sekuenca e mARN-së miraton teknikën e sekuencës së gjeneratës së ardhshme (NGS) për të kapur ARN-në e dërguar (mRNA) nga Eukarioti në një periudhë specifike që aktivizojnë disa funksione të veçanta.Transkripti më i gjatë i bashkuar quhej 'Unigene' dhe u përdor si sekuencë referimi për analizat e mëvonshme, që është një mjet efektiv për të studiuar mekanizmin molekular dhe rrjetin rregullator të specieve pa referencë.

Pas grumbullimit të të dhënave të transkriptimit dhe shënimit funksional unigene

(1) Analiza SSR, parashikimi i CDS dhe struktura e gjeneve do të paraformohen.

(2) Do të kryhet sasia e shprehjes unigjene në çdo mostër.

(3) Unigjenet e shprehura në mënyrë diferenciale midis mostrave (ose grupeve) do të zbulohen në bazë të shprehjes unigjene

(4) Grumbullimi, shënimi funksional dhe analiza e pasurimit të unigjeneve të shprehura në mënyrë diferenciale do të kryhet

Na kontaktoni

Detajet e Shërbimit

Bioinformatika

Rezultatet e demonstrimit

Rast studimi

Veçoritë

● I pavarur nga çdo gjenom referues,

● Të dhënat mund të përdoren për të analizuar strukturën dhe shprehjen e transkripteve

● Identifikoni faqet e prerjes së variablave

Avantazhet e Shërbimit

● Dorëzimi i rezultateve të bazuara në BMKCloud: Rezultatet dorëzohen si skedar të dhënash dhe raport ndërveprues nëpërmjet platformës BMKCloud, e cila lejon leximin e thjeshtë të rezultateve të analizës komplekse dhe nxjerrjen e personalizuar të të dhënave në bazë të analizës standarde të bioinformatikës.

● Shërbimet pas shitjes: Shërbimet pas shitjes janë të vlefshme për 3 muaj pas përfundimit të projektit, duke përfshirë ndjekjen e projekteve, zgjidhjen e problemeve, rezultatet e pyetjeve dhe përgjigjeve, etj.

Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi

Kërkesat e mostrës:

Nukleotidet:

Konk.(ng/μl)

Sasia (μg)

Pastërti

Integriteti

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Ndotje e kufizuar ose pa proteina ose ADN e treguar në xhel.

Për bimët: RIN≥6.5;

Për kafshët: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

lartësi bazë e kufizuar ose aspak

Indi: Pesha (e thatë): ≥1 g
*Për indet më të vogla se 5 mg, rekomandojmë dërgimin e mostrës së indit të ngrirë (në azot të lëngshëm).

Pezullimi i qelizave: Numri i qelizave = 3×10⁷
*Ne rekomandojmë dërgimin e lizatit të qelizave të ngrira.Në rast se ajo qelizë numërohet më e vogël se 5×10⁵, rekomandohet ngrirja e ndezur në azot të lëngshëm.

Mostrat e gjakut:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol dhe 2mL gjak (TRIzol:Blood=3:1)

Dorëzimi i mostrës së rekomanduar

Enë:
Tub centrifuge 2 ml (Folja e kallajit nuk rekomandohet)
Etiketimi i mostrës: Grup+përsëritje p.sh. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Dërgesa:
1.Akull i thatë: Mostrat duhet të paketohen në thasë dhe të varrosen në akull të thatë.
2. Tuba të qëndrueshme: Mostrat e ARN-së mund të thahen në tubin e stabilizimit të ARN-së (p.sh. RNAstable®) dhe të dërgohen në temperaturën e dhomës.

Rrjedha e punës së shërbimit

Dizajni i eksperimentit

Dorëzimi i mostrës

Ekstraktimi i ARN-së

Ndërtimi i bibliotekës

Sekuenca

Analiza e të dhënave

Shërbimet pas shitjes

E mëparshme: Sekuenca e gjatë jo-koduese-Illumina

Tjetër: Sekuenca e mRNA eukariote-Illumina

Bioinformatika

1.mARN(denovo) Parimi i Kuvendit

Nga Trinity, leximet ndahen në copa më të vogla, të njohura si K-mer.Këto K-mere përdoren më pas si fara për t'u shtrirë në kontigra dhe më pas komponentë duke u bazuar në mbivendosjet kontig.Më në fund, De Bruijn u aplikua këtu për të njohur transkriptet në komponentë.

mRNA-(De-novo)-Përmbledhje-e-Trinity

mRNA (De novo) Përmbledhje e Trinitetit

2.mARN (De novo) Shpërndarja e Nivelit të Shprehjes së Gjenit

ARN-Seq është në gjendje të arrijë një vlerësim shumë të ndjeshëm të shprehjes së gjeneve.Normalisht, diapazoni i zbulueshëm i shprehjes së transkripteve FPKM varion nga 10^-2 në 10^6

mRNA-(De-novo)-Shpërndarja-e-densitetit-FPKM-në-çdo kampion

mRNA (De novo) Shpërndarja e densitetit të FPKM në çdo mostër

3.mRNA (De novo) GO Pasurimi Analiza e DEG-ve

Baza e të dhënave GO (Gene Ontology) është një sistem i strukturuar i shënimeve biologjike që përmban një fjalor standard të funksioneve të gjeneve dhe produkteve të gjeneve.Ai përmban shumë nivele, ku sa më i ulët të jetë niveli, aq më specifike janë funksionet.

mRNA-(De-novo)-GO-klasifikimi-of-DEGs-në-nivel të dytë

Klasifikimi i mRNA (De novo) GO i DEG-ve në nivelin e dytë

Rasti BMK

Analiza e transkriptimit të metabolizmit të saharozës gjatë ënjtjes dhe zhvillimit të llambave në qepë (Allium cepa L.)

Publikuar: kufijtë në shkencën e bimëve, 2016

Strategjia e renditjes

Illumina HiSeq2500

Mbledhja e mostrave

Në këtë studim u përdor kultivari Utah Yellow Sweet Spain "Y1351".Numri i mostrave të mbledhura ishte
Dita e 15-të pas ënjtjes (DAS) të llambës (diametri 2 cm dhe pesha 3-4 g), DAS e 30-të (diametri 5 cm dhe pesha 100-110 g) dhe ~3 në DAS-in e 40-të (diametri 7 cm dhe 260–300 gram).

Rezultatet kryesore

1. Në diagramin e Venit, gjithsej 146 DEG u zbuluan në të tre palët e fazave të zhvillimit
2. "Transporti dhe metabolizmi i karbohidrateve" përfaqësohej nga vetëm 585 unigjene (dmth. 7% e COG-së së shënuar).
3. Unigenes të shënuara me sukses në bazën e të dhënave GO u klasifikuan në tre kategori kryesore për tre faza të ndryshme të zhvillimit të llambës.Më të përfaqësuara në kategorinë kryesore të "procesit biologjik" ishin "procesi metabolik", i ndjekur nga "procesi qelizor".Në kategorinë kryesore të "funksionit molekular" dy kategoritë më të përfaqësuara ishin "lidhja" dhe "aktiviteti katalitik".

PB-full-length-ARN-Sequencing-case-studim

Klasifikimi i histogramit të grupimeve të grupeve ortologjike (COG).

Histogrami i klasifikimit të ontologjisë së gjeneve (GO) për unigjenet që rrjedhin nga llamba në tre faza zhvillimi

Diagrami i Venit që tregon gjenet e shprehura në mënyrë të ndryshme në çdo dy faza të zhvillimit të llambës së qepës

Referenca

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, etj.Analiza e transkriptomës së metabolizmit të saharozës gjatë ënjtjes dhe zhvillimit të llambave në qepë (Allium cepa L.)[J].Kufijtë në shkencën e bimëve, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425