EVOLUCIONI I GJENOMIT
Genome De novo
Asambleja|Përcaktimi i seksit Të gjitha punët e renditjes dhe shërbimet e pjesshme bioinformatike u ofruan nga Biomarker Techonologies.
Abstrakt
"Fenotipi ikonë i dragonjve të detit përfshin shtojca të ngjashme me gjethet, një gojë tubulare pa dhëmbë dhe shtatzëninë mashkullore që përfshin inkubimin e vezëve të fekonduara në një "pjesë" të hapur.Ne i renditëm gjenomet e reja mashkullore dhe femërore të dragoit të zakonshëm të detit (Phyllopteryx taeniolatus) dhe specieve të lidhura ngushtë me të, peshkut pipëz aligator (Syngnathoides biaculeatus).Profilet e transkriptimit nga një risi evolucionare, shtojcat e ngjashme me gjethet, tregojnë se një grup gjenesh të përfshira zakonisht në zhvillimin e finave janë zgjedhur si dhe një pasurim i transkripteve për riparimin e mundshëm të indeve dhe gjenet e mbrojtjes imune.Mutantët e zebrafishit për scpp5, i cili humbet në të gjitha singnatidet, u zbulua se u mungonin ose kishin dhëmbë faringual të deformuar, duke mbështetur hipotezën se humbja e scpp5 ka kontribuar në humbjen e dhëmbëve në singnatidet.U identifikua një vend i supozuar që përcakton seksin që kodon një gjen amhr2y specifik për mashkullin, i ndarë nga peshku i zakonshëm i dragoit të detit dhe aligatori. ”
Materiale dhe metoda:
Materiale
Fdragoi ynë i përbashkët (P. taeniolatus) dhe dy peshq aligator (S. biaculeatus) ekzemplarë.Dy individë të zakonshëm dragua deti (një mashkull dhe një femër) dhe dy dragua aligator (një mashkull dhe një femër) u përdorën për renditjen e gjenomit të plotë dhe dy individë të tjerë meshkuj të dragoit të zakonshëm u përdorën për rirenditjen e gjenomit.
Strategjia e Sekuencës së Gjenomit
2Biblioteka 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (vazhdim) ose Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). Sekuenca dhe dy individë të tjerë meshkuj të zakonshëm të dragoit u përdorën për risekuencën e gjenomit.
Sekuenca e transkriptomit
Fose dragoi i zakonshëm i detit, truri, syri, gusha, mëlçia, zemra, veshka, mezenteria, zorrët, muskujt, pendët, lëkura, shtojcat e ngjashme me gjethet, testikujt dhe vezoret u mblodhën.
Strategjia e montimit të Genome de novo
Canu (Korrigjim) + WTDBG2 (Mbledhja) + Pilon (Polonisht) + Lachesis (Hi-C).
Rezultatet kryesore
Fig. 1. Tiparet kryesore të dragoit të zakonshëm të detit (P. taeniolatus) dhe peshkut aligator (S. biaculeatus) dhe pozicionet e tyre filogjenetike.
Fig. 2. Morfologjia dhe përbërja gjenetike e shtojcave të ngjashme me gjethet në dragoin e zakonshëm të detit (P. taeniolatus).
Fig. 3. Gjeni i supozuar për përcaktimin e seksit në dragoin e zakonshëm të detit (P. taeniolatus) dhe peshkun gyp aligator (S. biaculeatus).
Fig. 4. Fenotipet e dhëmbëve të faringut në mutantët homozigotë scpp5 të zebrafishit.
Koha e postimit: Jan-08-2022