BMKCloud Log in
条形 banner-03

Lajme

MBLEDHJE E GENOMEVE T2T, GJENOM PA GAP

1stDy gjenomet e orizit1

Titulli: Montimi dhe vërtetimi i dy gjenomave referuese pa boshllëqe për orizin Xian/indica zbulon njohuri në arkitekturën e qendrës së bimëve

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Koha e postimit: 01 janar 2021.

Instituti: Universiteti Bujqësor Huazhong, Kinë

Materiale

O. sativa xian/indicavarietetet e orizit 'Zhenshan 97 (ZS97)' dhe 'Minghui 63 (MH63)

Strategjia e renditjes

Leximet NGS + leximet HiFi + leximet CLR + BioNano + Hi-C

Të dhënat:

ZS97: 8,34 Gb (~ 23x) Lexime HiFi + 48,39 Gb (~ 131x ) Lexime CLR + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 qeliza BioNano Irys

MH63: 37,88 Gb (~ 103x) Lexime HiFi + 48,97 Gb (~132x) lexime CLR + 28 Gb (~ 76x) NGS + 2 qeliza BioNano Irys

Figura-1

Figura 1 Dy gjenoma të orizit pa boshllëqe (MH63 dhe ZS97)

2ndGjenomi i bananes2

Titulli: Kromozomet pa boshllëqe telomere në telomer të bananes duke përdorur sekuencën nanopore

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Koha e postimit: 17 Prill 2021.

Instituti: Université Paris-Saclay, Francë

Materiale

Haploid i dyfishtëMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)

Strategjia dhe të dhënat e renditjes:

Modaliteti HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X)+ Harta optike (DLE-1+BspQ1)

Tabela 1 Krahasimi i asambleve të gjenomit Musa acuminata (DH-Pahang).

Tabela1-Krahasimi-of-GRCh38-and-T2T-CHM13-human-geneome-assemblies
Figura-Musa-gjenome-arkitekturë-krahasim

Figura 2 Krahasimi i arkitekturës së gjenomit të Musait

3rdGjenomi i Phaeodactylum tricornutum3

Titulli: Asambleja e gjenomit telomer-te-telomere eP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Koha e postimit: 04 maj 2021

Instituti: Universiteti Perëndimor, Kanada

Materiale

Phaeodactylum tricornutum(Koleksioni Kulturor i Algave dhe Protozoarit CCAP 1055/1)

Strategjia dhe të dhënat e renditjes:

1 qelizë rrjedhëse Oxford Nanopore minION + një 2×75 me dalje të mesme të çiftëzuara NextSeq 550

Figura-Workflow-for-telomere-to-telomere-genome-assembly-1-1024x740

Figura 3 Rrjedha e punës për montimin e gjenomit telomer-telomer

4thGjenomi i njeriut CHM134

Titulli: Sekuenca e plotë e një gjenomi njerëzor

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Koha e postimit: 27 maj 2021

Instituti: Instituti Kombëtar i Shëndetësisë (NIH), SHBA

Materialet: linja qelizore CHM13

Strategjia dhe të dhënat e renditjes:

30× PacBio sekuenca konsensus rrethore (HiFi), 120× Oxford Nanopore sekuenca leximi ultra e gjatë, 100× Sekuenca pa PCR-Illumina (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-Ctical), Harta Hi-C (Hi-Ctical), dhe Strand-seq

Tabela 2 Krahasimi i asambleve të gjenomit njerëzor GRCh38 dhe T2T-CHM13

Tabela-Comparison-of-Musa-acuminata-DH-Pahang-genome-assemblies

Referenca

1.Sergey Nurk et al.Sekuenca e plotë e një gjenomi njerëzor.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Caroline Belser et al.Kromozomet pa boshllëqe telomer-te-telomere të bananes duke përdorur sekuencën nanopore.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere et al.Asambleja e gjenomit telomere-telomer e Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4.Jia-Ming Song etj.Montimi dhe vërtetimi i dy gjenomeve referuese pa boshllëqe për orizin Xian/indica zbulon njohuri mbi arkitekturën e centralit të bimëve.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Koha e postimit: Jan-06-2022

Na dërgoni mesazhin tuaj: