Lajme

Përforcimi i elementit të transpozueshëm (TE) është njohur si një forcë lëvizëse që ndërmjetëson zgjerimin dhe evolucionin e madhësisë së gjenomit, por pasojat për formësimin e arkitekturës gjenomike 3D mbeten kryesisht të panjohura në bimë.Këtu, ne raportojmë asambletë e gjenomit të shkallës së referencës për tre lloje pambuku që variojnë trefish në madhësinë e gjenomit, përkatësishtGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2) dheG. raimondii(D5), duke përdorur Oxford Nanopore Technologies.Analizat krahasuese të gjenomit dokumentojnë detajet e amplifikimit TE specifik të linjës që kontribuojnë në ndryshimet e mëdha të madhësisë së gjenomit (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb) dhe tregojnë përmbajtjen e gjeneve relativisht të konservuara dhe marrëdhëniet e sintenisë midis gjenomeve.Ne zbuluam se afërsisht 17% e gjeneve sintenike shfaqin ndryshim të statusit të kromatinës midis ndarjeve aktive ("A") dhe joaktive ("B"), dhe amplifikimi i TE u shoqërua me rritjen e përqindjes së ndarjes A në rajonet e gjeneve (~ 7000 gjene ) në K2 dhe A2 në lidhje me D5.Vetëm 42% e kufijve të domenit shoqërues topologjik (TAD) u ruajtën midis tre gjenomave.Të dhënat tona implikojnë amplifikimin e kohëve të fundit të TE-ve pas formimit të kufijve TAD specifike të linjës.Ky studim hedh dritë mbi rolin e zgjerimit të gjenomit të ndërmjetësuar nga transpozoni në evolucionin e strukturës së kromatinës së rendit më të lartë në bimë.