GJENOM
Montimi në shkallë kromozomi dhe analiza e gjenomit të biomasës Miscanthus lutarioriparius
Sekuenca e nanoporeve |Illumina |Hi-C |ARN-sekuenca |Filogjenia
Në këtë studim, Biomarker Technologies ofroi mbështetje teknike për sekuencën e Nanopore, montimin de novo të gjenomit, montimin e asistuar Hi-C, etj.
Abstrakt
Miscanthus, një bimë shumëvjeçare rizomatoze, ka potencial të madh për prodhimin e bioenergjisë për shkak të tolerancës së lartë të biomasës dhe stresit.Ne raportojmë një asamble në shkallë kromozomi tëMiscanthus lutarioripariusgjenomi duke kombinuar sekuencën e Oxford Nanopore dhe teknologjitë Hi-C.Asambleja 2.07-Gb mbulon 96.64% të gjenomit, me kontig N50 prej 1.71 Mb.Sekuencat centromere dhe telomere janë mbledhur për të gjitha 19 kromozomet dhe kromozomin 10, përkatësisht.Origjina allotetraploide e M. lutarioriparius konfirmohet duke përdorur përsëritje satelitore centromerike.Struktura e gjenomit tetraploid dhe disa rirregullime kromozomale në lidhje me melekuqe janë demonstruar qartë.Gjene të dyfishta së bashku tëM. lutarioripariusjanë të pasuruara funksionale jo vetëm përsa i përket përgjigjes ndaj stresit, por edhe biosintezës së murit qelizor.Familjet e gjeneve që lidhen me rezistencën ndaj sëmundjeve, biosintezën e murit qelizor dhe transportin e joneve metalike janë zgjeruar dhe evoluar shumë.Zgjerimi i këtyre familjeve mund të jetë një bazë e rëndësishme gjenomike për rritjen e tipareve të shquara tëM. lutarioriparius.
Statistikat kryesore të montimit të gjenomit
Figura.Pasqyrë e asamblesë së gjenomit M. lutarioriparius
Lajme dhe pika kryesore synon të ndajë rastet më të fundit të suksesshme me Biomarker Technologies, duke kapur arritjet e reja shkencore si dhe teknikat e spikatura të aplikuara gjatë studimit.
Koha e postimit: Jan-05-2022