Sekuenca metagjenomike-Nanopore
Avantazhet e Shërbimit
● Montimi me cilësi të lartë-përmirëson saktësinë e identifikimit të specieve dhe parashikimin funksional të gjeneve
● Izolimi i mbyllur i gjenomit bakterial
● Zbatim më i fuqishëm dhe më i besueshëm në zona të ndryshme, p.sh. zbulimi i mikroorganizmave patogjenë ose gjeneve të lidhura me rezistencën ndaj antibiotikëve
● Analiza krahasuese metagjenome
Specifikimet e Shërbimit
| Platforma | Sekuenca | Të dhënat e rekomanduara | Koha e Kthimit |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 ditë pune |
Analizat bioinformatike
● Kontrolli i cilësisë së të dhënave të papërpunuara
● Asambleja metagjenome
● Komplet gjenesh jo të tepërta dhe shënime
● Analiza e diversitetit të specieve
● Analiza e diversitetit të funksionit gjenetik
● Analiza ndër-grupore
● Analiza e shoqërimit kundrejt faktorëve eksperimentalë
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
Kërkesat e mostrës:
PërEkstraktet e ADN-së:
| Lloji i mostrës | Shuma | Përqendrimi | Pastërti |
| Ekstraktet e ADN-së | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Për mostrat mjedisore:
| Lloji i mostrës | Procedura e rekomanduar e kampionimit |
| Dheu | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Substanca e mbetur e tharë duhet të hiqet nga sipërfaqja;Grini copa të mëdha dhe kaloni nëpër filtër 2 mm;Caktoni mostra në tub EP steril ose cyrotube për rezervim. |
| Feçet | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat në tub EP steril ose kriotubë për rezervim. |
| Përmbajtja e zorrëve | Mostrat duhet të përpunohen në kushte aseptike.Lani indet e mbledhura me PBS;Centrifugoni PBS dhe mblidhni precipitantin në tuba EP. |
| Llum | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat e llumit në tub EP steril ose kriotubë për rezervim |
| Trupi ujor | Për mostrën me sasi të kufizuar mikrobik, si p.sh. uji i rubinetit, uji i pusit, etj., Mblidhni të paktën 1 L ujë dhe kaloni përmes filtrit 0,22 μm për të pasuruar mikrobet në membranë.Ruajeni membranën në një tub steril. |
| Lëkura | Fërkoni me kujdes sipërfaqen e lëkurës me një shtupë pambuku steril ose teh kirurgjikale dhe vendoseni në tub steril. |
Dorëzimi i mostrës së rekomanduar
Ngrini mostrat në azot të lëngshëm për 3-4 orë dhe ruajini në azot të lëngshëm ose -80 gradë deri në rezervim afatgjatë.Kërkohet dërgimi i mostrës me akull të thatë.
Rrjedha e punës së shërbimit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
1. Harta e nxehtësisë: Grumbullimi i pasurisë së specieve
2. Gjenet funksionale të shënuara në rrugët metabolike KEGG
3.Rrjeti i korrelacionit të specieve
4.Cirkos e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve CARD
Rasti BMK
Metagenomics Nanopore mundëson diagnozën e shpejtë klinike të infeksionit bakterial të rrugëve të poshtme të frymëmarrjes
Publikuar:Bioteknologjia e natyrës, 2019
Pikat kryesore teknike
Sekuenca: Nanopore MinION
Bioinformatika e metagjenomisë klinike: shterimi i ADN-së së strehuesit, analiza WIMP dhe ARMA
Zbulimi i shpejtë: 6 orë
Ndjeshmëri e lartë: 96.6%
Rezultatet kryesore
Në vitin 2006, infeksioni i rrugëve të poshtme të frymëmarrjes (LR) shkaktoi 3 milionë vdekje njerëzore në mbarë botën.Metoda tipike për zbulimin e patogjenit LR1 është kultivimi, i cili ka ndjeshmëri të dobët, kohë të gjatë rrotullimi dhe mungesë udhëzimi në terapinë e hershme me antibiotikë.Një diagnozë e shpejtë dhe e saktë mikrobike ka qenë prej kohësh një nevojë urgjente.Dr. Justin nga Universiteti i Anglisë Lindore dhe partnerët e tij zhvilluan me sukses një metodë metagjenomike të bazuar në Nanopore për zbulimin e patogjenit.Sipas rrjedhës së tyre të punës, 99.99% e ADN-së së bujtësit mund të varfërohet.Zbulimi në patogjenë dhe gjenet rezistente ndaj antibiotikëve mund të përfundojë në 6 orë.
Referenca
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Metagenomics Nanopore mundëson diagnozën e shpejtë klinike të infeksionit bakterial të rrugëve të poshtme të frymëmarrjes.Bioteknologjia e natyrës, 37 (7), 1.
