Asambleja e Gjenomit me bazë Hi-C
Avantazhet e Shërbimit
Përmbledhje e Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Shkenca, 2009)
● Nuk ka nevojë për ndërtimin e popullatës gjenetike për ankorimin e vazhdueshëm;
● Dendësi më e lartë e shënuesit që çon në raport më të lartë të ankorimit të kontigëve në mbi 90%;
● Mundëson vlerësimin dhe korrigjimet në asambletë ekzistuese të gjenomit;
● Koha më e shkurtër e rrotullimit me saktësi më të lartë në montimin e gjenomit;
● Eksperiencë e bollshme me mbi 1000 biblioteka Hi-C të ndërtuara për mbi 500 lloje;
● Mbi 100 raste të suksesshme me ndikim akumulues të publikuar mbi 760;
● Asambleja e gjenomit me bazë Hi-C për gjenomin poliploid, shkalla e ankorimit 100% u arrit në projektin e mëparshëm;
● Patentat e brendshme dhe të drejtat e autorit të softuerit për eksperimentet Hi-C dhe analizat e të dhënave;
● Softueri i vizualizuar i akordimit të të dhënave i zhvilluar vetë, mundëson lëvizjen manuale të bllokut, kthimin mbrapsht, revokimin dhe ribërjen.
Specifikimet e Shërbimit
|
Lloji i bibliotekës
|
Platforma | Gjatësia e leximit | Rekomandoni Strategjinë |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Analizat bioinformatike
● Kontrolli i cilësisë së të dhënave të papërpunuara
● Kontrolli i cilësisë së bibliotekës Hi-C
● Asambleja e gjenomit me bazë Hi-C
● Vlerësimi pas montimit
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
Kërkesat e mostrës:
| Kafshë | Kërpudhat | Bimët
|
| Inde të ngrira: 1-2 g për bibliotekë Qeliza: 1x 10^7 qeliza për bibliotekë | Inde të ngrira: 1 g për bibliotekë | Inde të ngrira: 1-2 g për bibliotekë
|
| *Ne rekomandojmë fuqimisht dërgimin e të paktën 2 pjesëve (1 g secila) për eksperimentin Hi-C. | ||
Dorëzimi i mostrës së rekomanduar
Enë: tub centrifuge 2 ml (Folja e kallajit nuk rekomandohet)
Për shumicën e mostrave, ne rekomandojmë që të mos ruhen në etanol.
Etiketimi i mostrës: Mostrat duhet të jenë të etiketuara qartë dhe identike me formularin e informacionit të mostrës së dorëzuar.
Dërgesa: Akull i thatë: Mostrat duhet së pari të paketohen në thasë dhe të varrosen në akull të thatë.
Rrjedha e punës së shërbimit
Dizajni i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Ekstraktimi i ADN-së
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
*Rezultatet demonstruese të paraqitura këtu janë të gjitha nga gjenomet e publikuara me Biomarker Technologies
1.Hi-C harta e nxehtësisë së ndërveprimit tëCamptotheca acuminatagjenomi.Siç tregohet në hartë, intensiteti i ndërveprimeve lidhet negativisht me distancën lineare, e cila tregon një montim shumë të saktë të nivelit të kromozomeve.(Raporti i ankorimit: 96.03%)
Kang M et al.,Nature Communications, 2021
2.Hi-C lehtësoi vërtetimin e përmbysjeve ndërmjetGossypium hirsutumL. TM-1 A06 dheG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Nature Communications, 2019
3. Montimi dhe diferencimi bialelik i gjenomit të kasavës SC205.Harta e nxehtësisë Hi-C tregon ndarje të qartë në kromozomet homologe.
Hu W et al.,Bimë molekulare, 2021
4. Harta e nxehtësisë Hi-C në montimin e gjenomit të dy specieve Ficus:F.mikrokarpa(raporti i ankorimit: 99.3%) dheF.hispida (raporti i ankorimit: 99.7%)
Zhang X et al.,Qelizë, 2020
Rasti BMK
Gjenomet e pemës Banyan dhe grerëzës pjalmuese japin njohuri mbi bashkëevolucionin e fikut-grerëzave
Publikuar: Qelizë, 2020
Strategjia e renditjes:
F. mikrokarpa gjenomi: Përafërsisht.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagjenomi: Përafërsisht.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagjenomi: Përafërsisht.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Rezultatet kryesore
1. Dy gjenomet e pemëve banyan dhe një gjenom i grerëzave pjalmuese u ndërtuan duke përdorur sekuencën PacBio, Hi-C dhe hartën e lidhjes.
(1)F. mikrokarpagjenomi: Një asamble prej 426 Mb (97,7% e madhësisë së vlerësuar të gjenomit) u krijua me kontig N50 prej 908 Kb, rezultati BUSCO prej 95,6%.Në total, sekuencat 423 Mb u ankoruan në 13 kromozome nga Hi-C.Shënimi i gjenomit dha 29,416 gjene koduese të proteinave.
(2)F. Hispidagjenomi: Një asamble prej 360 Mb (97,3% e madhësisë së vlerësuar të gjenomit) u dha me kontig N50 prej 492 Kb dhe rezultat BUSCO prej 97,4%.Një total prej 359 Mb sekuencash u ankoruan në 14 kromozome nga Hi-C dhe shumë identike me hartën e lidhjes me densitet të lartë.
(3)Eupristina verticillatagjenomi: Një asamble prej 387 Mb (Madhësia e parashikuar e gjenomit: 382 Mb) u krijua me kontig N50 prej 3,1 Mb dhe rezultatin BUSCO prej 97,7%.
2. Analiza krahasuese e gjenomikës zbuloi një numër të madh ndryshimesh strukturore midis dyFicusgjenomet, të cilat siguruan një burim të paçmuar gjenetik për studimet adaptive të evolucionit.Ky studim, për herë të parë, siguroi njohuri mbi bashkëevolucionin e fikut-grerëza në nivel gjenomik.
 Diagrami i Circos mbi tiparet gjenomike të dyFicusgjenomet, duke përfshirë kromozomet, dyfishimet segmentale (SDs), transpozonët (LTR, TEs, ADN TEs), shprehja e gjeneve dhe sintenia |  Identifikimi i kromozomit Y dhe gjenit kandidat për përcaktimin e seksit |
Zhang, X., etj."Genomet e pemës Banyan dhe Grerëzës pjalmuese ofrojnë njohuri për bashkëevolucionin e fikut-grerëzave."Qeliza 183.4 (2020).
