Studimi i shoqatës së gjenomit (GWAS) synon të identifikojë variantet gjenetike (gjenotip) që lidhen me tipare specifike (fenotip).Studimet GWA hulumtojnë shënuesit gjenetikë të kryqëzuar të gjithë gjenomit të një numri të madh individësh dhe parashikojnë lidhjet gjenotip-fenotip me anë të analizave statistikore në nivel popullate.Risekuenca e të gjithë gjenomit mund të zbulojë potencialisht të gjitha variantet gjenetike.Duke u bashkuar me të dhënat fenotipike, GWAS mund të përpunohet për të identifikuar SNP-të, QTL-të dhe gjenet kandidate të lidhura me fenotipin, gjë që mbështet fuqimisht mbarështimin modern të kafshëve/bimëve.SLAF është një strategji e thjeshtuar e sekuencës së gjenomit e zhvilluar vetë, e cila zbulon shënuesit e shpërndarë në të gjithë gjenomin, SNP.Këto SNP, si shënues gjenetikë molekularë, mund të përpunohen për studime të lidhjes me tipare të synuara.Është një strategji me kosto efektive në identifikimin e variacioneve gjenetike të tipareve komplekse.
