-
Sekuenca e gjenomit të bimëve/kafshëve De novo
De novosekuenca i referohet ndërtimit të të gjithë gjenomit të një specieje duke përdorur teknologjitë e sekuencës, p.sh. PacBio, Nanopore, NGS, etj., në mungesë të një gjenomi referencë.Përmirësimi i jashtëzakonshëm në gjatësinë e leximit të teknologjive të sekuencave të gjeneratës së tretë ka sjellë mundësi të reja në montimin e gjenomeve komplekse, si ato me heterozigozitet të lartë, raport të lartë të rajoneve përsëritëse, poliploide etj. zgjidhja e elementeve të përsëritura, rajoneve me përmbajtje anormale të GC dhe rajoneve të tjera shumë komplekse.
Platforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Asambleja e gjenomit me bazë Hi-C
Hi-C është një metodë e krijuar për të kapur konfigurimin e kromozomeve duke kombinuar ndërveprimet e bazuara në afërsi dhe sekuencën me performancë të lartë.Intensiteti i këtyre ndërveprimeve besohet të jetë i lidhur negativisht me distancën fizike në kromozome.Prandaj, të dhënat Hi-C mund të udhëheqin grumbullimin, renditjen dhe orientimin e sekuencave të mbledhura në një projekt gjenom dhe ankorimin e tyre në një numër të caktuar kromozomesh.Kjo teknologji fuqizon një asamble gjenomi në nivel kromozomi në mungesë të hartës gjenetike të bazuar në popullatë.Çdo gjenom i vetëm ka nevojë për një Hi-C.
Platforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Gjenetika Evolucionare
Gjenetika evolucionare është një shërbim i paketuar sekuencimi i krijuar për të ofruar një interpretim gjithëpërfshirës mbi informacionin evolucionar të materialeve të dhëna bazuar në variacionet gjenetike, duke përfshirë SNP, InDels, SV dhe CNV.Ai ofron të gjitha analizat themelore të nevojshme për përshkrimin e ndryshimeve evolucionare dhe veçorive gjenetike të popullatave, të tilla si struktura e popullsisë, diversiteti gjenetik, marrëdhëniet filogjene, etj. Përmban gjithashtu studime mbi rrjedhën e gjeneve, të cilat fuqizojnë vlerësimin e madhësisë efektive të popullsisë, kohën e divergjencës.
-
Gjenomika krahasuese
Gjenomika krahasuese fjalë për fjalë do të thotë krahasimi i sekuencave dhe strukturave të plota të gjenomit të specieve të ndryshme.Kjo disiplinë synon të zbulojë evolucionin e specieve, funksionin e gjeneve, mekanizmin rregullues të gjeneve në nivel gjenomi duke identifikuar strukturat dhe elementët e sekuencës që ruhen ose diferencohen në specie të ndryshme.Studimi tipik krahasues i gjenomikës përfshin analiza në familjen e gjeneve, zhvillimin evolucionar, dyfishimin e plotë të gjenomit, presionin selektiv, etj.
-
Analiza e ndarë në masë
Analiza e ndarjes në masë (BSA) është një teknikë e përdorur për të identifikuar shpejt shënuesit gjenetikë të lidhur me fenotipin.Rrjedha kryesore e punës e BSA përmban zgjedhjen e dy grupeve të individëve me fenotipe jashtëzakonisht të kundërta, duke bashkuar ADN-në e të gjithë individëve për të formuar dy pjesë të ADN-së, duke identifikuar sekuencat diferenciale midis dy grupeve.Kjo teknikë është përdorur gjerësisht në identifikimin e shënuesve gjenetikë të lidhur fort nga gjenet e synuara në gjenomet e bimëve/kafshëve.
