Produktet

Sekuenca e mARN-së me gjatësi të plotë-Nanopore

Sekuenca e mRNA me gjatësi të plotë-Imazhi i veçuar me Nanopor

Sekuenca e ARN-së ka qenë një mjet i paçmuar për analizën gjithëpërfshirëse të transkriptomës.Pa dyshim, sekuenca tradicionale e leximit të shkurtër arriti zhvillime të shumta të rëndësishme këtu.Sidoqoftë, ai shpesh has kufizime në identifikimin e izoformave me gjatësi të plotë, kuantifikimin, paragjykimin e PCR.

Sekuenca e nanoporeve dallohet nga platformat e tjera të sekuencës, në atë që nukleotidet lexohen drejtpërdrejt pa sintezën e ADN-së dhe gjenerojnë lexim të gjatë në dhjetëra kilobazë.Kjo fuqizon leximin e drejtpërdrejtë të kryqëzimit të transkripteve me gjatësi të plotë dhe trajtimin e sfidave në studimet e nivelit të izoformës.

Platforma：Nanopore PromethION

Librari:cDNA-PCR

Na kontaktoni

Detajet e Shërbimit

Rezultatet e demonstrimit

Rast studimi

Avantazhet e Shërbimit

● Paragjykim me sekuencë të ulët

● Zbulimi i molekulave të cDNA me gjatësi të plotë

● Kërkohen më pak të dhëna për të mbuluar të njëjtin numër transkriptesh

● Identifikimi i izoformave të shumta për gjen

● Kuantifikimi i shprehjes në nivel izoformë

Specifikimet e Shërbimit

Librari

Platforma

Rendimenti i rekomanduar i të dhënave (Gb)

Kontrolli i cilësisë

cDNA-PCR (e pasuruar me Poly-A)

Nanopore PromethION P48

6 Gb/kampion (në varësi të specieve)

Raporti i gjatësisë së plotë (70%

Nota mesatare e cilësisë: Q10

Analizat bioinformatike

●Përpunimi i të dhënave të papërpunuara

● Identifikimi i transkriptit

● Ndarja alternative

● Kuantifikimi i shprehjes në nivelin e gjeneve dhe nivelin e izoformës

● Analiza e shprehjes diferenciale

● Shënimi dhe pasurimi i funksionit (DEG dhe DET)

Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi

Kërkesat e mostrës:

Nukleotidet:

Konk.(ng/μl)

Sasia (μg)

Pastërti

Integriteti

≥ 100

≥ 0.6

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Ndotje e kufizuar ose pa proteina ose ADN e treguar në xhel.

Për bimët: RIN≥7.0;

Për kafshët: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

lartësi bazë e kufizuar ose aspak

Indi: Pesha (e thatë): ≥1 g

*Për indet më të vogla se 5 mg, rekomandojmë dërgimin e mostrës së indit të ngrirë (në azot të lëngshëm).

Pezullimi i qelizave: Numri i qelizave = 3×10⁶- 1×10⁷

*Ne rekomandojmë dërgimin e lizatit të qelizave të ngrira.Në rast se ajo qelizë numërohet më e vogël se 5×10⁵Rekomandohet i ngrirë në azot të lëngshëm, i cili preferohet për mikroekstraktim.

Mostrat e gjakut: Vëllimi≥1 ml

Dorëzimi i mostrës së rekomanduar

Enë: tub centrifuge 2 ml (Folja e kallajit nuk rekomandohet)

Etiketimi i mostrës: Grup+përsëritje p.sh. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Dërgesa: 2, Akull i thatë: Mostrat duhet të paketohen në thasë dhe të varrosen në akull të thatë.

Tubat e qëndrueshëm të RNA: Mostrat e ARN-së mund të thahen në tubin e stabilizimit të ARN-së (p.sh. RNAstable®) dhe të dërgohen në temperaturën e dhomës.

Rrjedha e punës së shërbimit

Nukleotidet:

Dorëzimi i mostrës

Ndërtimi i bibliotekës

Sekuenca

Analiza e të dhënave

Shërbimet pas shitjes

Rrjedha e punës së shërbimit

Indi:

Dizajni i eksperimentit

Dorëzimi i mostrës

Ekstraktimi i ARN-së

Ndërtimi i bibliotekës

Sekuenca

Analiza e të dhënave

Shërbimet pas shitjes

E mëparshme: Sekuenca e mARN-së me gjatësi të plotë -PacBio

Tjetër: 10x Genomics Visium Spatial Transcriptome

1.Analiza e shprehjes diferenciale - Grafiku i vullkanit

Analiza e shprehjes diferenciale mund të përpunohet në të dy nivelet e gjeneve për të identifikuar gjenet e shprehura në mënyrë diferenciale (DEGs) dhe në nivelin izoformë për të identifikuar në mënyrë diferenciale

3 (1)

transkriptet e shprehura (DET)

2.Harta e nxehtësisë e grupimit hierarkik

3.Identifikimi dhe klasifikimi alternativ i bashkimit

Pesë lloje të ngjarjeve alternative të bashkimit mund të parashikohen nga Astalavista.

4.Identifikimi i ngjarjeve alternative të poliadenilimit (APA) dhe motivi në 50 bp në rrjedhën e sipërme të poli-A

Rasti BMK

Identifikimi alternativ i bashkimit dhe sasia e nivelit të izoformës me sekuencë të transkriptomeve me gjatësi të plotë nanopore

Publikuar:Nature Communications, 2020

Strategjia e renditjes:

Grupimi: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (mutacion K700E);3. Qelizat B normale

Strategjia e renditjes: Sekuenca e bibliotekës MinION 2D, renditja e bibliotekës PromethION 1D;të dhëna të leximit të shkurtër nga të njëjtat mostra

Platforma e renditjes: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

Rezultatet kryesore

1.Identifikimi alternativ i bashkimit në nivel izoformë

Sekuencat e lexuara gjatë fuqizojnë identifikimin e mutantit SF3B1^K700E-vendosjet e ndryshuara të bashkimit në nivelin e izoformës.35 alternativa 3'SS dhe 10 alternativa 5'SS u zbuluan se ishin të lidhura në mënyrë të konsiderueshme diferenciale midis SF3B1^K700Edhe SF3B1^WT.33 nga 35 ndryshimet u zbuluan rishtazi nga sekuenca të lexuara gjatë.

2. Kuantifikimi Alternativ i Splicing në nivel izoformë

Shprehja e izoformave të mbajtjes së intronit (IR) në SF3B1^K700Edhe SF3B1^WTu përcaktuan në sasi bazuar në sekuencat nanopore, duke zbuluar një rregullim të ulët global të izoformave IR në SF3B1^K700E.

Referenca

Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, etj.Karakterizimi i transkriptit të plotë të mutacionit SF3B1 në leuçeminë limfocitare kronike zbulon rregullimin e poshtëm të introneve të mbajtura [J].Nature Communications.