Gjenetika Evolucionare
Avantazhet e Shërbimit
Takagi et al.,Ditari i bimëve, 2013
● Vlerësimi i kohës dhe shpejtësisë së divergjencës së specieve bazuar në ndryshimet në nivelin e nukleotideve dhe aminoacideve
● Zbulimi i një lidhje më të besueshme filogjenetike midis specieve me ndikim të minimizuar të evolucionit konvergjent dhe evolucionit paralel
● Ndërtimi i lidhjeve midis ndryshimeve gjenetike dhe fenotipeve për të zbuluar gjenet e lidhura me tiparet
● Vlerësimi i diversitetit gjenetik, i cili pasqyron potencialin evolucionar të specieve
● Koha më e shpejtë e kthimit
● Eksperiencë e gjerë: BMK ka grumbulluar përvojë masive në projekte të lidhura me popullsinë dhe evolucionin për më shumë se 12 vjet, duke mbuluar qindra lloje, etj. dhe ka kontribuar në mbi 80 projekte të nivelit të lartë të botuara në Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etj.
Specifikimet e Shërbimit
Materiale:
Normalisht, rekomandohen të paktën tre nën-popullata (p.sh. nëngrupe ose shtame).Çdo nën-popullatë duhet të përmbajë jo më pak se 10 individë (Bimët ＞15, mund të reduktohen për specie të rralla).
Strategjia e renditjes:
* WGS mund të përdoret për speciet me gjenom referencë të cilësisë së lartë, ndërsa SLAF-Seq është i zbatueshëm për speciet me ose pa gjenom referencë, ose gjenom referues me cilësi të dobët.
| E aplikueshme për madhësinë e gjenomit | WGS | SLAF-Tags (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | 10×/individ | WGS rekomandohet më shumë |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Analizat bioinformatike
● Analiza evolucionare
● Pastrim selektiv
● Rrjedha e gjeneve
● Histori demografike
● Koha e divergjencës
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
Kërkesat e mostrës:
| Llojet | Indi | WGS-NGS | SLAF |
| Kafshë
| Indi visceral |
0,5-1 g
|
0,5 g
|
| Ind muskulor | |||
| Gjaku i gjitarëve | 1.5 ml
| 1.5 ml
| |
| Gjaku i shpendëve/peshkut | |||
| Bimë
| Gjeth i freskët | 1 ~ 2 g | 0,5-1 g |
| Petal/Kërcell | |||
| Rrënja / Fara | |||
| Qelizat | Qelizë e kultivuar |
| gADN | Përqendrimi | Shuma (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1,6-2,5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Rrjedha e punës së shërbimit
Dizajni i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
*Rezultatet demonstruese të paraqitura këtu janë të gjitha nga gjenomet e publikuara me BMKGENE
1.Analiza e evolucionit përmban ndërtimin e pemës filogjenetike, strukturën e popullsisë dhe PCA bazuar në variacionet gjenetike.
Pema filogjenetike përfaqëson marrëdhëniet taksonomike dhe evolucionare midis specieve me paraardhës të përbashkët.
PCA synon të vizualizojë afërsinë midis nën-popullsive.
Struktura e popullsisë tregon praninë e nën-popullatës gjenetikisht të dallueshme për sa i përket frekuencave të alelit.
Chen, etj.al.,PNAS, 2020
2.Fshirës selektive
Pastrimi selektiv i referohet një procesi me anë të të cilit zgjidhet një vend i favorshëm dhe frekuencat e faqeve neutrale të lidhura rriten dhe ato të vendeve të palidhura ulen, duke rezultuar në reduktimin e rajonit.
Zbulimi në të gjithë gjenomin në rajonet e fshirjes selektive përpunohet duke llogaritur indeksin gjenetik të popullsisë (π，Fst, Tajima's D) të të gjitha SNP-ve brenda një dritareje rrëshqitëse (100 Kb) në një hap të caktuar (10 Kb).
Diversiteti i nukleotideve(π)
Tajima's D
Indeksi i fiksimit (Fst)
Wu, etj.al.,Bimë molekulare, 2018
3. Fluksi i Gjeneve
Wu, etj.al.,Bimë molekulare, 2018
4.Histori demografike
Zhang, etj.al.,Ekologjia dhe Evolucioni i Natyrës, 2021
5.Koha e divergjencës
Zhang, etj.al.,Ekologjia dhe Evolucioni i Natyrës, 2021
Rasti BMK
Një hartë e variacionit gjenomik ofron njohuri mbi bazën gjenetike të përzgjedhjes së lakrës kineze të pranverës (Brassica rapa ssp. Pekinensis)
Publikuar: Bimë molekulare, 2018
Strategjia e renditjes:
Resekuenca: thellësia e renditjes: 10×
Rezultatet kryesore
Në këtë studim, 194 lakra kineze u përpunuan për risekuencë me thellësi mesatare 10×, e cila dha 1,208,499 SNP dhe 416,070 InDels.Analiza filogjenetike në këto 194 linja tregoi se këto linja mund të ndahen në tre ekotipe, pranverë, verë dhe vjeshtë.Përveç kësaj, struktura e popullsisë dhe analiza PCA treguan se lakra kineze e pranverës e kishte origjinën nga një lakër vjeshte në Shandong, Kinë.Këto u prezantuan më pas në Kore dhe Japoni, u kryqëzuan me linjat lokale dhe disa varietete të tyre të vonuara u futën në Kinë dhe më në fund u bënë lakra kineze e pranverës.
Skanimi i gjenomit të gjerë në lakrat kineze të pranverës dhe lakrat e vjeshtës në përzgjedhje zbuloi 23 lokacione gjenomike që kanë kaluar nëpër përzgjedhje të fortë, dy prej të cilave ishin të mbivendosura me rajonin kontrollues të kohës së bulonave bazuar në hartën QTL.Këto dy rajone u zbuluan se përmbajnë gjene kyç që rregullojnë lulëzimin, BrVIN3.1 dhe BrFLC1.Këto dy gjene u konfirmuan më tej se ishin të përfshirë në kohën e mbylljes nga studimi i transkriptimit dhe eksperimentet transgjenike.
 Analiza e strukturës së popullsisë në lakrat kineze |  Informacion gjenetik mbi përzgjedhjen e lakrës kineze |
Tongbing, et al."Një hartë e variacionit gjenomik ofron njohuri mbi bazën gjenetike të përzgjedhjes së lakrës kineze të pranverës (Brassica rapa ssp.pekinensis).Bimët molekulare,11(2018):1360-1376.
