Platforma | Madhësia e Bibliotekës | Rendimenti teorik i të dhënave (për qelizë) | Saktësia me një bazë | Aplikacionet |
Nanopore | 8 Kb, 10 kb, 20 kb, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90 Gb/qelizë | 85-92% | Thirrja SV, De novo, Sekuenca me gjatësi të plotë, Iso-Seq, Shënimi i gjeneve, Zbulimi i metilimit të ADN-së |
● Eksperiencë mbi 5 vjet në platformën e sekuencës PacBio me mijëra projekte të mbyllura me specie të ndryshme.
● BMKGENE është një partner zyrtar i Oxford Nanopore, me certifikatë të dyfishtë ARN/ADN.
● Ekzistojnë modele të zakonshme të sekuencuesve me pajisje të plota dhe xhiro të mjaftueshme të sekuencës.
● Bazuar në platformën Nanopore, më shumë se 10 kërkime mbi kafshët dhe bimët Denovo janë botuar në revista me famë ndërkombëtare.
Lloji i mostrës | Shuma | Përqendrimi (Qubit ®) | Vëllimi | Pastërti | Të tjerët |
ADN gjenomike | Varet nga kërkesat e të dhënave | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230≥1,5; Pika e pastër në 260 nm, pa ndotje | Përqendrimi duhet të matet me Qubit dhe Qubit/Nanopore ≤ 2 |
ARN totale | ≥1.2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0.5-2.5;pa kontaminime | Vlera RIN ≥7,5 |
Vlerësimi i cilësisë së të dhënave të mostrës së ADN-së
Tabela 1. Statistikat mbi të dhënat e pastra.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | pasteSeqNum | cleanSumBase | pastërN50Len | pastërN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | pastërMeanQual |
ADN_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
Vlerësimi i cilësisë së të dhënave të mostrës së ARN-së
Tabela 1. Statistikat mbi të dhënat e pastra.
Emri i skedarit | ID-ja e klientit | Numri i leximit | Numri bazë | N50 | Gjatësia mesatare | Gjatesia maksimale | Rezultati mesatar Q |
ARN_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | P12 |
Figura 1. Lexoni shpërndarjen e gjatësisë
Figura 2. Shpërndarja e rezultateve të cilësisë së të dhënave të pastra
Figura 3. Shpërndarja e rezultateve të cilësisë dhe gjatësisë së të dhënave të pastra