Sekuenca e ADN/ARN-së -PacBio Sequencer
Veçoritë
Dy mënyra renditjeje në sekuencuesin PacBio: Leximi i vazhdueshëm i gjatë (CLR) dhe Leximi me konsensus rrethor (CCS)
| Mënyra e renditjes | Madhësia e Bibliotekës | Të dhëna teorikeRendimenti (për qelizë) | Një bazëSaktësia | Aplikacionet |
| CLR | 20 Kb, 30 Kb, etj. | 80 Gb deri në 130 Gb | Përafërsisht.85% | De novo, thirrje SV, etj. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 deri në 40 Gb/qelizë (vazhdimi II) 70 deri në 110 Gb/qelizë (Revio) Varet nga mostrat | Përafërsisht.99% | De novo, Thirrje SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
Krahasimi i performancës dhe veçorive të Revio dhe Sequel II
| Kushtet | Sistemi i vazhdimit II | Sistemi Revio | Rrit |
| Dendësi më të lartë | 8 milionë ZMW | 25 milionë ZMW | 3x |
| Fazat e pavarura | 1 | 4 | 4x |
| Kohëzgjatje më të shkurtra | 30 orë | 24 ore | 1.25x |
| 30X HiFi gjenomet njerëzore / vit | 88 | 1300 | 15 herë në përgjithësi |
Avantazhet e Shërbimit
● Eksperiencë mbi 8 vjet në platformën e sekuencës PacBio me mijëra projekte të mbyllura me specie të ndryshme.
● E pajisur plotësisht me platformat më të fundit të Sekuencës PacBio, Revio për të garantuar xhiro të mjaftueshme të renditjes.
● Koha më e shpejtë e kthimit, prodhimi më i lartë i të dhënave dhe të dhëna më të sakta.
● Kontribuar në qindra botime me ndikim të lartë të bazuar në PacBio.
Kërkesat e mostrës
| Lloji i mostrës | Shuma | Përqendrimi (Qubit®) | Vëllimi | Pastërti | Të tjerët |
| ADN gjenomike | Varet nga kërkesat e të dhënave | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5; Pika e pastër në 260 nm,nuk ka kontaminime | Përqendrimi duhet të matet me Qubit dhe Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 |
| ARN totale | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;nuk ka kontaminime | Vlera RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Rrjedha e punës së shërbimit
Përgatitja e mostrës
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Ofrimi i projektit
1. Rendimenti i të dhënave në shtëpi
Të dhënat e krijuara nga 63 qeliza CCS (nga 26 specie)
| TË DHËNAT-PacBio-CCS-15 Kb | Mesatare | Maks | Min | mesatare |
| Rendimenti - nënlexime (Gb) | 421.12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Yiled - CCS (Gb) | 25,93 | 38,59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimeraza N50 | 145651 | 175,430 | 118,118 | 144689 |
| Nënleximet N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9876 | 14747 |
| Gjatësia mesatare - Polimeraza | 67,995 | 89,379 | 49664 | 66,433 |
| Gjatësia mesatare-Nënbreza | 15,866 | 21,036 | 11657 | 16,012 |
| Gjatësia mesatare-CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14655 |
Të dhënat e krijuara nga 16 qeliza CLR (nga 76 specie)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Mesatare | Maks | Min | mesatare |
| Rendimenti - nënlexime (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50,55 | 142,49 |
| Polimeraza N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35231 |
| Nënleximet N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| Gjatësia mesatare - Polimeraza | 22,063 | 48,886 | 8747 | 21,555 |
| Gjatësia mesatare-Nënbreza | 17720 | 27225 | 8293 | 17779 |
2.Data QC – DemoStatistikat mbi rendimentin e të dhënave
| Mostra | ccs Lexohet Num | Bazat totale të ccs (bp) | ccs Lexon N50 (bp) | ccs Gjatësia mesatare (bp) | ccs Leximi më i gjatë (bp) | nënlexime Bazat (bp) | norma ccs (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15728 | 15726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
