Analiza e ndarë e madhe
Avantazhet e Shërbimit
Takagi et al., Revista e bimëve, 2013
● Lokalizimi i saktë: Përzierja e pjesëve të mëdha me 30+30 deri në 200+200 individë për të minimizuar zhurmën në sfond;Parashikimi i rajonit kandidat jo-sinonim i bazuar në mutantët.
● Analizë gjithëpërfshirëse: Shënim i thelluar i funksionit të gjenit kandidat, duke përfshirë NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etj.
● Koha më e shpejtë e kthimit: Lokalizimi i shpejtë i gjenit brenda 45 ditëve të punës.
● Përvojë e gjerë: BMK ka kontribuar në lokalizimin e mijëra tipareve, duke mbuluar lloje të ndryshme si kulturat, produktet ujore, pyjet, lulet, frutat, etj.
Specifikimet e Shërbimit
Popullatë:
Ndarja e pasardhësve të prindërve me fenotipe të kundërta.
p.sh. pasardhës F2, kryqëzim prapa (BC), linjë inbred rekombinante (RIL)
Pishina e përzierjes
Për tipare cilësore: 30 deri në 50 individë (minimumi 20) / pjesa më e madhe
Për tratis sasiore: 5% deri në 10% individë me fenotipe ekstreme në të gjithë popullatën (minimumi 30+30).
Thellësia e rekomanduar e renditjes
Të paktën 20X/prind dhe 1X/individ pasardhës (p.sh. për grupin e përzierjes së pasardhësve prej 30+30 individësh, thellësia e renditjes do të jetë 30X për pjesën më të madhe)
Analizat bioinformatike
● Resekuenca e të gjithë gjenomit
● Përpunimi i të dhënave
● Thirrje SNP/Indel
● Ekzaminimi i rajonit kandidat
● Shënimi i funksionit të gjenit kandidat
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
Kërkesat e mostrës:
Nukleotidet:
| Mostra e gADN-së | Mostra e indit |
| Përqendrimi: ≥30 ng/μl | Bimët: 1-2 g |
| Sasia: ≥2 μg (Vëllimi ≥15 μl) | Kafshët: 0,5-1 g |
| Pastërtia: OD260/280= 1.6-2.5 | Gjak i plotë: 1.5 ml |
Rrjedha e punës së shërbimit
Dizajni i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Ekstraktimi i ARN-së
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
1.Baza e analizës së asociacionit në Distanca Euklidiane (ED) për të identifikuar rajonin kandidat.Në figurën e mëposhtme
Boshti X: Numri i kromozomit;Çdo pikë përfaqëson një vlerë ED të një SNP.Vija e zezë korrespondon me vlerën e përshtatur ED.Një vlerë më e lartë e ED tregon një lidhje më të rëndësishme midis vendit dhe fenotipit.Vija e kuqe e vizës përfaqëson pragun e lidhjes domethënëse.
2.Analiza e shoqatës nuk bazohet në indeks SNP
Boshti X: Numri i kromozomit;Çdo pikë përfaqëson vlerën e indeksit SNP.Vija e zezë qëndron për vlerën e përshtatur të indeksit SNP.Sa më e madhe të jetë vlera, aq më e rëndësishme është lidhja.
Rasti BMK
Lokusi i tipareve sasiore me efekt të madh Fnl7.1 kodon një proteinë të bollshme të embriogjenezës së vonë të lidhur me gjatësinë e qafës së frutave në kastravec
Publikuar: Revista e Bioteknologjisë së Bimëve, 2020
Strategjia e renditjes:
Prindërit (Jin5-508, YN): Resekuenca e të gjithë gjenomit për 34× dhe 20×.
Grupet e ADN-së (50 me qafë të gjatë dhe 50 me qafë të shkurtër): Resekuenca për 61× dhe 52×
Rezultatet kryesore
Në këtë studim, ndarja e popullsisë (F2 dhe F2: 3) u krijua duke kryqëzuar linjën e kastravecit me qafë të gjatë Jin5-508 dhe YN me qafë të shkurtër.Dy pishina ADN-je u ndërtuan nga 50 individë ekstremë me qafë të gjatë dhe 50 individë ekstremë me qafë të shkurtër.QTL me efekt të madh u identifikua në Chr07 nga analiza BSA dhe hartëzimi tradicional i QTL.Rajoni kandidat u ngushtua më tej nga harta e imët, sasia e shprehjes së gjeneve dhe eksperimentet transgjenike, të cilat zbuluan gjenin kyç në kontrollin e gjatësisë së qafës, CsFnl7.1.Për më tepër, polimorfizmi në rajonin e promotorit CsFnl7.1 u zbulua se ishte i lidhur me shprehjen përkatëse.Analiza e mëtejshme filogjenetike sugjeroi se vendndodhja Fnl7.1 ka shumë të ngjarë të jetë me origjinë nga India.
 Harta QTL në analizën BSA për të identifikuar rajonin kandidat të lidhur me gjatësinë e qafës së kastravecit |  Profilet LOD të QTL me gjatësi deri në qafën e kastravecit të identifikuar në Chr07 |
Xu, X., etj."Vendodhja e tipareve sasiore me efektin kryesor Fnl7.1 kodon një proteinë të bollshme të embriogjenezës së vonë të lidhur me gjatësinë e qafës së frutave në kastravec."Revista e Bioteknologjisë Bimore 18.7 (2020).
