16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Avantazhet e Shërbimit
● Identifikimi pa izolim dhe i shpejtë i përbërjes mikrobike në mostrat mjedisore
● Rezolucioni i lartë në komponentë me bollëk të ulët në mostrat mjedisore
● QIIME2 më i fundit që analizon rrjedhën me analiza të ndryshme për sa i përket bazës së të dhënave, shënimeve, OTU/ASV.
● Performancë e lartë, saktësi më e lartë
● I aplikueshëm për studime të ndryshme të komunitetit mikrobial
● BMK zotëron përvojë të gjerë me mbi 100,000 mostra/vit, duke mbuluar tokën, ujin, gazin, llumin, feçet, zorrët, lëkurën, lëngun e fermentimit, insektet, bimët, etj.
● BMKCloud lehtësoi interpretimin e të dhënave që përmban 45 mjete të personalizuara analizimi
Specifikimet e Shërbimit
| SekuencaPlatforma | Librari | Rendimenti i rekomanduar i të dhënave | Koha e parashikuar e rrotullimit |
| Platforma Illumina NovaSeq | PE250 | 50K/100K/300K Etiketa | 30 dite |
Analizat bioinformatike
● Kontrolli i cilësisë së të dhënave të papërpunuara
● Grupimi OTU/De-zhurma (ASV)
● Shënim OTU
● Diversiteti alfa
● Diversiteti beta
● Analiza ndër-grupore
● Analiza e shoqërimit kundrejt faktorëve eksperimentalë
● Parashikimi i gjeneve të funksionit
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
Kërkesat e mostrës:
PërEkstraktet e ADN-së:
| Lloji i mostrës | Shuma | Përqendrimi | Pastërti |
| Ekstraktet e ADN-së | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Për mostrat mjedisore:
| Lloji i mostrës | Procedura e rekomanduar e kampionimit |
| Dheu | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Substanca e mbetur e tharë duhet të hiqet nga sipërfaqja;Grini copa të mëdha dhe kaloni nëpër filtër 2 mm;Caktoni mostra në tub EP steril ose cyrotube për rezervim. |
| Feçet | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat në tub EP steril ose kriotubë për rezervim. |
| Përmbajtja e zorrëve | Mostrat duhet të përpunohen në kushte aseptike.Lani indet e mbledhura me PBS;Centrifugoni PBS dhe mblidhni precipitantin në tuba EP. |
| Llum | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat e llumit në tub EP steril ose kriotubë për rezervim |
| Trupi ujor | Për mostrën me sasi të kufizuar mikrobik, si p.sh. uji i rubinetit, uji i pusit, etj., Mblidhni të paktën 1 L ujë dhe kaloni përmes filtrit 0,22 μm për të pasuruar mikrobet në membranë.Ruajeni membranën në një tub steril. |
| Lëkura | Fërkoni me kujdes sipërfaqen e lëkurës me një shtupë pambuku steril ose teh kirurgjikale dhe vendoseni në tub steril. |
Dorëzimi i mostrës së rekomanduar
Ngrini mostrat në azot të lëngshëm për 3-4 orë dhe ruajini në azot të lëngshëm ose -80 gradë deri në rezervim afatgjatë.Kërkohet dërgimi i mostrës me akull të thatë.
Rrjedha e punës së shërbimit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
1.Shpërndarja e specieve
2. Harta e nxehtësisë: Grumbullimi i pasurisë së specieve
3.Kurba e fraksionit të rrallë
4.Analiza NMDS
5.Analiza Lefse
Rasti BMK
Individët obezë me dhe pa diabet të tipit 2 tregojnë kapacitete dhe përbërje të ndryshme funksionale mikrobike të zorrëve
Publikuar:Pritësi i celularit dhe mikrobi, 2019
Strategjia e renditjes:
Jo-diabet i dobët (n=633);Jo-diabet obez (n=494);Diabeti obez i tipit 2 (n=153);
Rajoni i synuar: 16S rADN V1-V2
Platforma: Illumina Miseq (sekuenca e amplikonit e bazuar në NGS)
Nëngrupi i ekstrakteve të ADN-së iu nënshtruan renditjes metagjenomike në Illumina Hiseq
Rezultatet kryesore
Profilimet mikrobike të këtyre sëmundjeve metabolike u diferencuan me sukses.
Duke krahasuar veçoritë mikrobike të krijuara nga sekuenca 16S, u zbulua se obeziteti lidhet me ndryshimet në përbërjen mikrobike, veçoritë individuale, veçanërisht rënie të konsiderueshme në Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, etj. Përveç kësaj, T2D u gjet e lidhur me rritjen e Escherichia/shigella .
Referenca
Thingholm, LB, et al."Individët obezë me dhe pa diabet të tipit 2 tregojnë kapacitet dhe përbërje të ndryshme funksionale mikrobike të zorrëve."Pritësi i qelizave dhe mikrobi26.2 (2019).
