-
Isku xigxiga mRNA dhererkiisu dhan yahay-Nanopore
Taxanaha RNA waxa uu ahaa qalab aad u qiimo badan oo loogu talagalay falanqaynta qoraalka qoraalka ah.Shaki la'aan, taxanaha akhris-gaaban ee soo jireenka ah ayaa halkan laga gaaray horumarro badan oo muhiim ah.Si kastaba ha ahaatee, waxay inta badan la kulmaa xaddidaadyo aqoonsiyo isoform oo dherer buuxa ah, qiyaasid, eexda PCR.
Taxanaha Nanopore waxa uu ka soocaa qaybaha kale ee isku xigxiga, taas oo ah in nucleotide-yada si toos ah loo akhriyo iyada oo aan la samayn DNA waxayna abuurtaa akhrin dheer oo tobanaan kilobases ah.Tani waxay awood siinaysaa akhrin toos ah oo ka gudba qoraallada dhererka buuxa iyo la tacaalidda caqabadaha daraasaadka heerka isoform-ka.
Platform：Nanopore PromethION
Maktabadda:CDNA-PCR
-
De novo Taxanaha qoraalka qoraalka dhererka buuxa -PacBio
De novoisku xigxiga qoraalka qoraalka dhererka buuxa, oo sidoo kale loo yaqaanDe novoIso-Seq waxay ku qaadataa faa'iidooyinka taxanaha PacBio dhererka akhriska, kaas oo awood u siinaya isku xigxiga molecules cDNA oo buuxa iyada oo aan wax nasasho ah la helin.Tani waxay si buuxda uga fogaanaysaa wixii khaladaad ah ee ka dhasha talaabooyinka isu-ururinta qoraalka waxayna dhistaa jaangooyo unigene oo leh xallinta heerka isoform.Qaybaha unigene-kan ayaa bixiya macluumaadka hidde-side awood leh sida "genome tixraac" oo ah heerka-transcriptome.Intaa waxaa dheer, isku darka xogta isku xigxiga jiilka soo socda, adeeggani waxa uu awood siinayaa qiyaas sax ah ee muujinta heerka isoform-ka.
Platform: PacBio Sequel IIMaktabadda: SMRT gambaleelka -
Eukaryotic mRNA isku xigxiga-Illumina
Isku xigxiga mRNA waxa uu awood u siinaya sifayn dhammaan mRNA-yada laga soo guuriyay unugyada xaalado gaar ah.Waa tignoolajiyad awood leh oo muujinaysa astaanta muujinta hidda-wadaha, qaab-dhismeedka hidda-wadaha iyo hababka molecular ee hababka noolaha qaarkood.Ilaa hadda, isku xigxiga mRNA ayaa si weyn looga shaqeeyay cilmi-baarista aasaasiga ah, ogaanshaha caafimaad, horumarinta daroogada, iwm.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Isku xigxiga mRNA aan tixraac lahayn-Illumina
Taxanaha mRNA waxa uu qaataa farsamada isku xigxiga ee jiilka soo socda (NGS) si uu u qabto Rasuulku RNA (mRNA) u sameeyo Eukaryote xilli gaar ah oo hawlo gaar ah ay shaqaynayaan.Qoraalkii ugu dheeraa ee la kala gooyay waxaa loo yaqaan 'Unigene' waxaana loo adeegsaday taxanaha tixraaca ee falanqaynta dambe, taas oo ah hab wax ku ool ah oo lagu baranayo habka molecular iyo shabakada nidaaminta ee noocyada iyada oo aan tixraac lahayn.
Kadib ururinta xogta transcriptome iyo sharraxaadda shaqaynaysa unigene
(1) Falanqaynta SNP, falanqaynta SSR, saadaalinta CDS iyo qaab-dhismeedka hidda-wadaha ayaa la sii diyaarin doonaa.
(2) Tirinta muujinta unigene ee muunad kasta waa la samayn doonaa.
(3) Unugyo siyaalo kala duwan loo muujiyay oo u dhexeeya shaybaarada (ama kooxaha) ayaa la ogaan doonaa iyadoo lagu salaynayo muujinta hal-abuurka.
(4) Isku-dubbarid, sharraxaad shaqayneed iyo falanqaynta kobcinta unugyada unugyada ee kala duwan ayaa la samayn doonaa
-
Xigasho dheer oo aan codayn-Ilumina
RNA-yada dheer ee aan codeeyn (lncRNAs) waa nooc ka mid ah unugyadu RNA oo dhererkoodu ka sarreeyo 200 nt, kuwaas oo lagu garto awood kood aad u hooseeya.LncRNA, oo xubin muhiim ah ka ah RNA-yada aan codeeyn, waxaa inta badan laga helaa nukleus iyo balasmaha.Horumarinta tignoolajiyada isku xigxiga iyo bioinfortics waxay awood u siinaysaa aqoonsiga lncRNA-yo badan oo cusub oo lala xiriiriyo kuwa leh hawlaha noolaha.Cadaymaha urursan waxay soo jeedinayaan in lncRNA ay si weyn ugu lug leedahay nidaamka epigenetic, habaynta qoraalka iyo qawaaniinta qoraal-qorista kadib.
-
Isku xigxiga RNA-yar-Illumina
RNA yar waxa loola jeedaa nooc unugyo RNA ah oo aan codayn kuwaas oo inta badan ka yar 200nt oo dherer ah, oo ay ku jiraan micro RNA (miRNA), faragelinta yar ee RNA (siRNA), iyo piwi-isdhexgalka RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) waa nooc ka mid ah RNA yar oo endogenous ah oo dhererkeedu yahay 20-24nt, kaas oo ka ciyaara doorar kala duwan oo muhiim ah oo muhiim ah unugyada.miRNA waxay ku lug leedahay habab nololeed oo badan kuwaas oo daaha ka qaadaya unugyada - gaar ah iyo marxalad - tibaax gaar ah oo aad loo ilaaliyo noocyada kala duwan.
-
isku xigxiga circRNA-Ilumina
Isku xigxiga qoraalka oo dhan waxaa loogu talagalay in lagu soo bandhigo dhammaan noocyada molecules RNA, oo ay ku jiraan codeing (mRNA) iyo RNA-yada aan codeeyn (ay ku jiraan lncRNA, circRNA iyo miRNA) kuwaas oo ay qoraan unugyo gaar ah waqti go'an.Isku xigxiga qoraalka oo dhan, oo sidoo kale loo yaqaan "isku-darka isku-darka RNA" ayaa ujeeddadiisu tahay muujinta shabakado sharciyeed oo dhammaystiran oo heer qoraal ah.Ka faa'iidaysiga tignoolajiyada NGS, taxanaha alaabada transcriptome-ga oo dhan ayaa diyaar u ah falanqaynta ceRNA iyo falanqaynta wadajirka ah ee RNA, taas oo bixisa tillaabada ugu horreysa ee qaabaynta shaqaynaysa.Shabakadda sharciyaynta ee circRNA-miRNA-mRNA ee ku salaysan ceRNA.
-
Isku xigxiga qoraalka oo dhan - Illumina
Isku xigxiga qoraalka oo dhan waxaa loogu talagalay in lagu soo bandhigo dhammaan noocyada molecules RNA, oo ay ku jiraan codeing (mRNA) iyo RNA-yada aan codeeyn (ay ku jiraan lncRNA, circRNA iyo miRNA) kuwaas oo ay qoraan unugyo gaar ah waqti go'an.Isku xigxiga qoraalka oo dhan, oo sidoo kale loo yaqaan "isku-darka isku-darka RNA" ayaa ujeeddadiisu tahay muujinta shabakado sharciyeed oo dhammaystiran oo heer qoraal ah.Ka faa'iidaysiga tignoolajiyada NGS, taxanaha alaabada transcriptome-ga oo dhan ayaa diyaar u ah falanqaynta ceRNA iyo falanqaynta wadajirka ah ee RNA, taas oo bixisa tillaabada ugu horreysa ee qaabaynta shaqaynaysa.Shabakadda sharciyaynta ee circRNA-miRNA-mRNA ee ku salaysan ceRNA.
-
Taxanaha Prokaryotic RNA
Taxanaha Prokaryotic RNA wuxuu adeegsadaa isku xigxiga jiilka soo socda (NGS) si uu u muujiyo joogitaanka iyo tirada RNA waqti la joogo, iyadoo la falanqeynayo is beddelka qoraalka gacanta.Taxanaha prokaryotic RNA ee shirkadeena, waxay si gaar ah ujeedadeedu tahay prokaryotes oo leh genome tixraac, oo ku siinaya sifada transcriptome, falanqaynta qaab dhismeedka hidda-wadaha, iwm. Waxa si weyn loogu dabaqay cilmi-baadhista aasaasiga ah ee sayniska, cilmi-baadhista daroogada iyo horumarinta, iyo in ka badan.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Taxanaha Metatranscriptome
Isku xigxiga Metatranscriptome wuxuu tilmaamayaa muujinta hidda-wadaha microbes (labada eukaryotes iyo prokaryotes) gudaha deegaanka dabiiciga ah (sida ciidda, biyaha, badda, saxarada, iyo mindhicirka.) noocyada, falanqaynta tayeynta functional ee hiddo-sidaha si kala duwan loo muujiyey, iyo in ka badan.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
