-
BSA
Madal-falanqaynta kala-duwanaanshaha badan waxa ay ka kooban tahay hal-tallaabo falanqaynta caadiga ah iyo falanqayn horumarsan oo leh habbeeg-beegtiyeed la habeeyey.BSA waa farsamo loo isticmaalo in si degdeg ah loo aqoonsado calaamadaha hidde-sideyaasha ee la xidhiidha phenotype.Socodka shaqada ee ugu weyn ee BSA waxa uu ka kooban yahay: 1. xulashada laba kooxood oo shakhsiyaad ah oo leh dabeecado iska soo horjeeda;2. Isku-dubarid DNA, RNA ama SLAF-seq (Waxa soo saaray Biomarker) ee dhammaan shakhsiyaadka si ay u sameeyaan laba qaybood oo DNA ah;3. aqoonsashada taxanaha kala duwan ee ka soo horjeeda genome tixraaca ama inta u dhaxaysa, 4. saadaalinta musharaxiinta ku xiran gobollada ED iyo SNP-index algorithm;5. Falanqaynta shaqaynta iyo kobcinta hiddo-wadaha gobollada murashaxiinta, iwm. Macdanta horumarsan ee xogta oo ay ku jiraan baaritaanka calaamadaynta hidde-sideyaasha iyo naqshadaynta asaasiga ah ayaa sidoo kale la heli karaa.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S / 18S / ITS) madal waxaa lagu horumariyaa iyadoo sano oo waayo-aragnimo ah ee falanqaynta mashruuca kala duwanaansho microbial, kaas oo ka kooban falanqaynta aasaasiga ah ee caadiga ah iyo falanqaynta shakhsiyeed: falanqaynta aasaasiga ah daboolayaa content falanqaynta caadiga ah ee cilmi microbial hadda, content falanqaynta waa qani iyo dhamaystiran. iyo natiijooyinka falanqaynta waxaa lagu soo bandhigay qaab warbixin mashruuc;Nuxurka falanqaynta shakhsi ahaaneed waa kala duwan.Tusaalooyinka waa la dooran karaa waxaana loo dejin karaa si dabacsan iyadoo loo eegayo warbixinta falanqaynta aasaasiga ah iyo ujeedada cilmi-baarista, si loo xaqiijiyo shuruudaha shakhsi ahaaneed.Nidaamka hawlgalka Windows, fudud oo degdeg ah.
-
Hiddaha Kobcinta
Hidde-raaca korriinka waa adeeg isku xigxig ah oo bakooban oo loogu talagalay in lagu bixiyo tafsiir dhammaystiran oo ku saabsan macluumaadka kobcinta agabka la bixiyay ee ku salaysan kala duwanaanshaha hidde-sideyaasha, oo ay ku jiraan SNPs, InDels, SVs iyo CNVs.Waxay bixisaa dhammaan falanqaynta aasaasiga ah ee loo baahan yahay si loo qeexo isbeddellada kobcinta iyo astaamaha hidda-wadaha ee dadyowga, sida qaab-dhismeedka dadweynaha, kala duwanaanshaha hidde-sidaha, xiriirka phylogeny, iwm. Waxa kale oo ay ka kooban tahay daraasado ku saabsan socodka hidda-wadaha, taas oo awood u siinaysa qiyaasta cabbirka dadweynaha ee waxtarka leh, waqtiga kala duwanaanshaha.
-
Isbarbardhigga Genomics
Genomics isbarbardhigga macno ahaan macnaheedu waa isbarbardhigga taxanaha genome-ga oo dhammaystiran iyo qaababka noocyada kala duwan.Anshaxaani waxay ujeedadeedu tahay muujinta horumarka noocyada, shaqada hidda-wadaha, habka nidaaminta hidda-wadaha ee heerka genome iyada oo la aqoonsanayo qaababka isku xigxiga iyo walxaha la dhawray ama lagu kala soocay noocyada kala duwan.Daraasada genomics isbarbardhigga caadiga ah waxaa ka mid ah falanqaynta qoyska hiddaha, horumarka korriinka, nuqulka hiddo-wadaha oo dhan, cadaadiska xulashada, iwm.
-
Hiddaha Kobcinta
Dadweynaha iyo madal falanqaynta hidde-sidee-evolutionary waxa lagu aasaasay saldhigga waayo-aragnimada baaxadda leh ee lagu ururiyay kooxda BMK R&D muddo sannado ah.Waa aalad saaxiibtinimo u leh isticmaale gaar ahaan cilmi-baarayaasha aan ku weynayn bioinformatics.Madal Tani waxay awood u siinaysaa aasaasiga ah hidde-evolutionary falanqaynta aasaasiga ah oo ay ku jiraan dhismaha dhirta phylogenetic, falanqaynta isku xidhka la'aanta, qiimaynta kala duwanaanshaha hidde, falanqaynta xaaqid, falanqaynta qaraabo, PCA, falanqaynta qaab-dhismeedka dadweynaha, iwm.
-
Golaha Genome ee saldhigiisu yahay Hi-C
Hi-C waa hab loogu talagalay in lagu qabto qaabeynta koromosoomyada iyadoo la isku darayo isdhexgalka ku saleysan dhowaanshaha iyo isku xigxiga-sare.Xoogga is dhexgalkaan ayaa la rumeysan yahay inay si xun ula xiriirto fogaanta jireed ee koromosoomyada.Sidaa darteed, xogta Hi-C waxay hagi kartaa ururinta, dalbashada iyo jihaynta taxanaha la isku keenay ee hiddo-wadaha qabyada ah iyo ku xidhidhiyeyaasha tiro cayiman oo koromosoomyo ah.Farsamadani waxay awood siinaysaa isu imaatinka heerka koromosoomyada iyadoo ay maqan tahay khariidad hidde-wadaaga ku salaysan.Genom kasta wuxuu u baahan yahay Hi-C.
Platform: Illumina NovaSeq Platform / DNBSEQ
-
Dhirta/Xayawaanka De Novo Genome Sequencing
De Novoisku xigxiga waxaa loola jeedaa dhisidda genome-ga nuucyada oo dhan iyadoo la adeegsanayo tignoolajiyada isku xigxiga, tusaale ahaan PacBio, Nanopore, NGS, iwm., iyadoo maqnaanshaha genome tixraaceed.Horumarka cajiibka ah ee dhererka akhriska ee tignoolajiyada isku xigxiga jiilka saddexaad ayaa keenay fursado cusub oo lagu ururiyo genome-ka adag, sida kuwa leh heterozygosity sare, saamiga sare ee gobollada soo noqnoqda, polyploids, iwm. xallinta canaasiirta soo noqnoqda, gobollo ka kooban GC aan caadi ahayn iyo gobollo kale oo aad u adag.
Platform: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq Platform
-
Isku xigxiga guud ee bini'aadamka
Taxanaha guud ee exome (WES) waxa loo tixgaliyaa istaraatijiyad isku xigxiga oo wax ku ool ah oo lagu garto isbedelada cudurada keena.Inkasta oo exons ay qaataan kaliya 1.7% dhammaan genome-ga, waxay u taagan tahay astaanta guud ee borotiinka si toos ah.In genome-ga bini'aadamka, ayaa la sheegay in in ka badan 85% isbeddellada la xiriira cudurrada ay ku dhacaan gobolka codeing borotiinka.
BMKGENE waxay bixisaa adeegyo isku xigxiga oo dhan oo dabacsanaan leh oo bini aadamka ah oo leh xeelado kala duwan oo soo jiidasho leh oo la heli karo si loo gaaro yoolalka cilmi baarista ee kala duwan.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Taxanaha Jajabka La Weyneeyay ee Gaarka ah-Locus (SLAF-Seq)
Genotyping-sare-sare, gaar ahaan dadka tirada badan, waa tallaabo aasaasiga ah ee daraasadaha ururka hidde, kaas oo bixiya aasaaska hidde-helidda hiddo-wadaha functional, falanqaynta evolutionary, iwm. ) waxaa loo soo bandhigay si loo yareeyo qiimaha isku xigxiga ee muunad kasta, iyadoo la ilaalinayo waxtarka macquulka ah ee helitaanka calaamadeeyaha hidde-sideyaasha.Tan waxaa badanaa lagu gaaraa in la soo saaro jajab xaddidan oo ku dhex jira cabbirka cabbirka, kaas oo lagu magacaabo maktabad matalaad la dhimay (RRL).Taxanaha goos gooska gaarka ah ee goobta la kordhiyey (SLAF-Seq) waa istaraatiijiyad iskeed u horumarisay oo loogu talagalay SNP genotyping oo leh ama aan lahayn genome tixraaceed.
Platform: Illumina NovaSeq Platform -
Illumina iyo BGI
Tignoolajiyada isku xigxiga ee Illumina, oo ku salaysan Taxane by Synthesis (SBS), waa hal-abuur caalami ah oo la aqbalay NGS, oo mas'uul ka ah soo saarista in ka badan 90% xogta isku xigxiga ee adduunka.Mabda'a SBS waxa ay ku lug leedahay sawirida shucaaca leh ee lagu calaamadiyay joojinta dib loo rogi karo marka dNTP kasta lagu daro, ka dibna la kala qaado si loogu ogolaado ku darida saldhiga xiga.Iyada oo dhammaan afarta dNTP-yada ku xidhan ee dib loo rogi karo ay ku jiraan meerto kasta oo taxane ah, tartanka dabiiciga ahi waxa uu yareeyaa eexda ku darista.Tiknoolajiyadan wax-ku-oolka ah waxay taageertaa maktabadaha hal-akhriska ah iyo kuwa-dhamaadka-dhamaadka ah, iyada oo u adeegaysa noocyo badan oo codsiyo genomic ah.Awoodaha wax soo saarka sare ee Illumina iyo sida saxda ah waxay u dhigayaan inay tahay tiir udub dhexaadka cilmi baarista genomics, taasoo awood siinaysa saynisyahanada inay daaha ka rogaan qalafsanaanta genome-yada oo leh tafatir iyo hufnaan aan isbarbar dhigin.
DNBSEQ, oo ay soo saartay BGI, waa tignoolajiyada cusub ee NGS oo ku guulaysatay inay hoos u dhigto kharashyada isku xigxiga iyo kordhinta wax soo saarka.Diyaarinta maktabadaha DNBSEQ waxay ku lug leedahay kala-goynta DNA-da, diyaarinta ssDNA iyo wareegga wareegga wareegga si loo helo DNA nanoballs (DNB).Kuwan ayaa markaa lagu raraa dusha adag oo ka dibna la isku xigxigay isku-darka Baadhista-Anchor Synthesis (cPAS).
Adeegeena isku xigxiga maktabadda ee horay loo sameeyay waxa uu u sahlayaa macaamiisha diyaarinta isku xigxiga maktabadahooda ilo kala duwan (mRNA, genom dhan, amplicon, iyo kuwo kale).Ka dib, maktabadahan waxaa loo rari karaa xarumahayada isku xigxiga ee ilaalinta tayada iyo isku xigxiga ee goobaha Illumina ama BGI.
