-
Taxanaha Metatranscriptome
Isku xigxiga Metatranscriptome wuxuu tilmaamayaa muujinta hidda-wadaha ee microbes (labada eukaryotes iyo prokaryotes) gudaha deegaanka dabiiciga ah (sida ciidda, biyaha, badda, saxarada, iyo mindhicirka.) noocyada, falanqaynta kobcinta functional ee hiddo-sidaha si kala duwan loo muujiyey, iyo in ka badan.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Fungal Genome
Tiknoolajiyada Biomarker waxay bixiyaan sahan genome, genome ganaax ah iyo genome-dhameystiran genome ee fangas iyadoo ku xiran hadafka cilmi baarista gaarka ah.Taxanaha genome-ga, isu-ururinta iyo sharraxaadda shaqada waxa lagu gaadhi karaa iyadoo la isku darayo taxanaha jiilka xiga + taxanaha jiilka saddexaad si loo gaadho isu-ururinta genome-ga heerka sare ah.Tignoolajiyada Hi-C sidoo kale waxaa loo adeegsan karaa si loo fududeeyo isu-ururinta genome-ga heerka koromosoomyada.
Platform:Talaabada PacBio II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq Platform
-
Qalabka qalabka
BMKCloud waa hormuudka bioinformatic madal bixinta hal-stop xal barnaamijyada genomic, kaas oo si weyn loogu kalsoon yahay by cilmi-baarayaasha ee arena kala duwan oo ay ku jiraan caafimaadka, beeraha, deegaanka, iwm BMKCloud waxaa ka go'an in ay bixiso adeegyo isku dhafan, la isku halayn karo oo hufan oo ay ku jiraan dhufto ee falanqaynta bioinformatic iyo qalabka. BMKCloud waxay leedahay qalabyo kala duwan oo inta badan loo isticmaalo bioinformatic oo ay ku jiraan sharraxaadda hidda-wadaha, aaladaha hidde-socodyada, ncRNA, kontoroolka tayada xogta, isu-ururinta, toosinta, soo saarista xogta, isbeddellada, tirakoobka, koronto-dhaliyaha, taxanaha. falanqayn iwm.
-
Bakteeriyada Genome oo Dhamaystiran
Teknolojiyadda Biomarker waxay bixisaa adeeg isku xigxig ah oo lagu dhisayo genome-ka bakteeriyada oo dhammaystiran oo aan lahayn farqi eber ah.Shaqada ugu muhiimsan ee bakteeriyadu waxay dhamaystiraysaa dhismaha genome-ga waxaa ka mid ah isku xigxiga jiilka saddexaad, isu-ururinta, sharraxaadda shaqeynta iyo falanqaynta bioinformatic-ka sare ee buuxinaysa yoolalka cilmi-baarista gaarka ah.Bakteeriyada genome-ka ee genome-ka ayaa awood u siinaya muujinta hababka aasaasiga ah ee ka hooseeya hababka bayoolojiga, taas oo sidoo kale siin karta tixraac qiimo leh cilmi-baarisyada genomic ee noocyada sare ee eukaryotic.
Platform:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq Platform
Talaabada PacBio II
-
RNA yar
RNA-yada yaryar waa nooc RNA-ga gaaban oo aan codayn oo celcelis ahaan dhererkiisu yahay 18-30 nt, oo ay ku jiraan miRNA, siRNA iyo piRNA.RNA-yadan yar yar ayaa si weyn loo soo sheegay inay ku lug leeyihiin habab kala duwan oo bayooloji ah sida hoos u dhaca mRNA, joojinta tarjumaada, samaynta heterochromatin, iwm. Madal falanqaynta isku xigxiga waxay ka kooban tahay falanqaynta caadiga ah iyo macdan qodista xogta horumarsan.Iyada oo ku saleysan xogta RNA-seq, falanqaynta caadiga ah waxay gaari kartaa aqoonsiga iyo saadaalinta miRNA, saadaalinta hidde-sidaha miRNA, faallooyin iyo falanqaynta muujinta.Falanqaynta sare waxay awood u siinaysaa raadinta iyo soo saarista miRNA la habeeyay, jiilka jaantuska Venn, miRNA iyo dhismaha shabakada hidda-wadaha bartilmaameedka.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS waa madal falanqeyn dib-u-isku xigxiga oo dhan, kaas oo lagu horumariyay saldhigga khibradda hodanka ah ee Tignoolajiyada Biomarker.Qalabkan fudud ee loo isticmaali karo wuxuu ogolaanayaa soo gudbinta degdega ah ee falanqaynta isku dhafan ee socodka shaqada iyadoo si fudud loo dejinayo dhowr halbeeg oo aasaasi ah, kaas oo ku habboon xogta isku xigxiga DNA ee laga soo saaray labadaba Illumina platform iyo BGI-da isku xigxiga.Madalkan waxa la geeyaa adeegaha xisaabinta waxqabadka sare, kaas oo awood siinaya falanqaynta xogta aad u hufan waqti aad u kooban.Macdanta shakhsi ahaaneed ayaa la heli karaa iyadoo lagu saleynayo falanqaynta caadiga ah, oo ay ku jirto weydiinta hidda-wadaha la beddelay, naqshadda asaasiga ah ee PCR, iwm.
-
mRNA (Tixraac)
Transcriptome waa xidhiidhka ka dhexeeya macluumaadka hidde-sideyaasha iyo proteome shaqada bayoolojiga.Nidaaminta heerka qoraalka ayaa ah kan ugu muhimsan uguna balaadhisan habka nidaaminta noolaha.Isku xigxiga qoraalka transcriptome wuxuu iskuxiri karaa qoraalka waqti kasta ama xaalad kasta, iyadoo leh xallin sax ah hal nucleotide. Waxay si firfircoon uga tarjumaysaa heerka qoritaanka hidda-wadaha, isla mar ahaantaana waxay aqoonsan kartaa oo qiyaasi kartaa qoraallada dhif iyo naadirka ah, oo waxay bixisaa macluumaadka qaabdhismeedka tusaale ahaan qoraalo gaar ah.
Waqtigan xaadirka ah, tignoolajiyada isku xigxiga ee transcriptome ayaa si weyn loogu isticmaalay cilmiga beeraha, daawada iyo meelaha kale ee cilmi baarista, oo ay ku jiraan xeerinta horumarinta xayawaanka iyo dhirta, la qabsiga deegaanka, isdhexgalka difaaca, deegaanaynta hidda-wadaha, horumarinta noocyada hidde-sideyaasha iyo burada iyo ogaanshaha cudurada hidde-sideyaasha.
-
Metagenomics (NGS)
Goobtan falanqaynta waxaa loogu talagalay in lagu falanqeeyo xogta metagenomic ee xabada iyadoo lagu saleynayo khibradda sanadaha.Waxay ka kooban tahay hawl-socod isku-dhafan oo ay ku jiraan falanqaynta metagenomics-ka caadiga ah ee loo baahan yahay oo ay ku jiraan habaynta xogta, daraasaadka heerka noocyada, daraasaadka heerka shaqada hidda-wadaha, metagenome binning, iwm. , dejinta halbeegga, sawir-abuur shakhsiyeed, iwm.
-
LncRNA
RNA-yada dheer ee aan codeeyn (lncRNA) waa nooc qoraallo ah oo dhererkoodu ka dheer yahay 200 nt, kuwaas oo aan awoodin in ay codeeyaan borotiinada.Caddaynta urursan waxay soo jeedinaysaa in badi lncRNA-yada ay aad ugu dhowdahay inay shaqeeyaan.Tiknoolajiyada isku xigxiga-sare leh iyo aaladaha falanqaynta bioinformatic waxay nagu xoojiyaan inaan muujino taxanaha lncRNA iyo meelaynta macluumaadka si wax ku ool ah oo noo horseeda inaan ogaano lncRNAs oo leh hawlo sharciyeed oo muhiim ah.BMKCloud waxay ku faantaa inay siiso macaamiisheena madal falanqaynta taxanaha lncRNA si loo gaadho falanqeynta lncRNA degdeg ah, la isku halayn karo oo dabacsan.
-
GWAS
Daraasada ururka genome-wide (GWAS) waxay ujeedadeedu tahay in lagu aqoonsado kala duwanaanshaha hidde-sideyaasha (genotype) ee la xidhiidha sifooyin gaar ah (phenotype).Daraasadaha GWA waxay baaraan calaamadaha hidda-socodka oo ka gudba genome tiro badan oo shakhsiyaad ah waxayna saadaaliyaan ururada genotype-phenotype iyadoo la eegayo tirakoobka heerka dadweynaha.Isku soo wada duuboo genome-ga ayaa laga yaabaa in la ogaado dhammaan noocyada hidde-sideyaasha.Isku dhafka xogta phenotypic, GWAS waxaa loo habayn karaa si loo aqoonsado phenotype ee la xidhiidha SNPs, QTLs iyo hiddo-wadaha murashaxiinta, kuwaas oo si xooggan u taageera taranta xoolaha/dhirta casriga ah.SLAF waa is-horumarisay istiraatijiyad isku xigxiga genome-ka la fududeeyay, taas oo daahfurtay calaamado qaybsan genom-ballaaran, SNP.SNP-yadan, sida calaamadaha hidde-sideyaasha molecular, waxaa loo habayn karaa daraasadaha ururka oo leh astaamo la beegsaday.Waa xeelad wax-ku-ool ah oo lagu aqoonsanayo sifooyin adag oo la xidhiidha kala duwanaanshaha hidde-raaca.
-
Nanopore qoraal-ku-qoris dherer buuxa ah
Kalasoocyada beddelka ah ee isku dhafan iyo kuwa doorsooma ee noolaha ayaa ah habab hiddeeed oo muhiim ah oo lagu maamulo muujinta hiddaha iyo kala duwanaanshaha borotiinka.Aqoonsiga saxda ah ee qaab-dhismeedka qoraallada ayaa ah aasaaska daraasad qoto-dheer oo ku saabsan qaababka nidaaminta muujinta hiddaha.Madal isku xigxiga Nanopore ayaa si guul leh u keentay daraasadda qoraal-ku-qoris ilaa heer- isoform.Goobtan falanqaynta waxaa loogu talagalay in lagu falanqeeyo xogta RNA-Seq ee laga soo saaray madal Nanopore oo ku saleysan genome tixraaceed, taas oo ku guulaysata falanqaynta tayada iyo tirada ee heerka hidde-sidaha iyo heerka qoraallada labadaba.
-
cir-RNA
Wareega RNA (circRNA) waa nooc ka mid ah RNA aan codeeyn, kaas oo dhawaan la ogaaday in ay door muhiim ah ka ciyaaraan shabakadaha sharciyeynta ee ku lug leh horumarinta, iska caabinta deegaanka, iwm. cidhifyada circRNA waa la isku daray si ay u sameeyaan qaab-dhismeedka wareegsan, kaas oo ka badbaadiya dheefshiidka exonuclease oo ka xasilloon marka loo eego inta badan RNA toosan.CircRNA ayaa la ogaaday inay leedahay hawlo kala duwan oo lagu maamulo muujinta hidda-wadaha.CircRNA waxa ay u shaqayn kartaa sida ceRNA, kaas oo si tartan ah ugu xidha miRNA, loo yaqaano isbuunyada miRNA.Madal falanqaynta isku xigxiga CircRNA waxay awood siisaa qaab dhismeedka circRNA iyo falanqaynta odhaah, saadaalinta bartilmaameedka iyo falanqaynta wadajirka ah ee noocyada kale ee unugyada RNA
