-
PacBio-dhererka-buuxa 16S/18S/ITS Taxanaha Amplicon
Amplicon (16S / 18S / ITS) madal waxaa lagu horumariyaa iyadoo sano oo waayo-aragnimo ah ee falanqaynta mashruuca kala duwanaansho microbial, kaas oo ka kooban falanqaynta aasaasiga ah ee caadiga ah iyo falanqaynta shakhsiyeed: falanqaynta aasaasiga ah daboolayaa content falanqaynta caadiga ah ee cilmi microbial hadda, content falanqaynta waa qani iyo dhamaystiran. iyo natiijooyinka falanqaynta waxaa lagu soo bandhigay qaab warbixin mashruuc;Nuxurka falanqaynta shakhsi ahaaneed waa kala duwan.Tusaalooyinka waa la dooran karaa waxaana loo dejin karaa si dabacsan iyadoo loo eegayo warbixinta falanqaynta aasaasiga ah iyo ujeedada cilmi-baarista, si loo xaqiijiyo shuruudaha shakhsi ahaaneed.Nidaamka hawlgalka Windows, fudud oo degdeg ah.
-
PacBio-Full-dherer Transcriptome (Tixraac la'aan)
Qaadashada xogta isku xigxiga ee Baasifiga (PacBio) Isoform sida galinta, App-kan waxa uu awoodaa in uu aqoonsado taxanaha qoraalka qoraalka dhererka buuxa (la'aan la kulmin).Marka la sawiro taxanaha dhererka buuxa ee lidka ku ah genome tixraaca, qoraalada waxaa lagu hagaajin karaa hiddo-wadaha la yaqaan, qoraallada qoraalka, gobollada codeynta, iwm. Xaaladdan, aqoonsi sax ah oo ka badan qaab-dhismeedka mRNA, sida kala-bax kale, iwm, ayaa la gaari karaa.Falanqaynta wadajirka ah ee xogta isku xigxiga qoraalka ee NGS waxay awood u siinaysaa sharraxaad dhammaystiran iyo tiraab sax ah oo muujinta heerka qoraalka, taas oo inta badan faa'iido u leh muujinta kala duwanaanta hoose iyo falanqaynta shaqeynta.
-
Qalabka qalabka
BMKCloud waa hormuudka bioinformatic madal bixinta hal-stop xal barnaamijyada genomic, kaas oo si weyn loogu kalsoon yahay by cilmi-baarayaasha ee arena kala duwan oo ay ku jiraan caafimaadka, beeraha, deegaanka, iwm BMKCloud waxaa ka go'an in ay bixiso adeegyo isku dhafan, la isku halayn karo oo hufan oo ay ku jiraan dhufto ee falanqaynta bioinformatic iyo qalabka. BMKCloud waxay leedahay qalabyo kala duwan oo inta badan loo isticmaalo bioinformatic oo ay ku jiraan sharraxaadda hidda-wadaha, aaladaha hidde-socodyada, ncRNA, kontoroolka tayada xogta, isu-ururinta, toosinta, soo saarista xogta, isbeddellada, tirakoobka, koronto-dhaliyaha, taxanaha. falanqayn iwm.
-
RNA yar
RNA-yada yaryar waa nooc RNA-ga gaaban oo aan codayn oo celcelis ahaan dhererkiisu yahay 18-30 nt, oo ay ku jiraan miRNA, siRNA iyo piRNA.RNA-yadan yar yar ayaa si weyn loo soo sheegay inay ku lug leeyihiin habab kala duwan oo bayooloji ah sida hoos u dhaca mRNA, joojinta tarjumaada, samaynta heterochromatin, iwm. Madal falanqaynta isku xigxiga waxay ka kooban tahay falanqaynta caadiga ah iyo macdan qodista xogta horumarsan.Iyada oo ku saleysan xogta RNA-seq, falanqaynta caadiga ah waxay gaari kartaa aqoonsiga iyo saadaalinta miRNA, saadaalinta hidde-sidaha miRNA, faallooyin iyo falanqaynta muujinta.Falanqaynta sare waxay awood u siinaysaa raadinta iyo soo saarista miRNA la habeeyay, jiilka jaantuska Venn, miRNA iyo dhismaha shabakada hidda-wadaha bartilmaameedka.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS waa madal falanqeyn dib-u-isku xigxiga oo dhan, kaas oo lagu horumariyay saldhigga khibradda hodanka ah ee Tignoolajiyada Biomarker.Qalabkan fudud ee loo isticmaali karo wuxuu ogolaanayaa soo gudbinta degdega ah ee falanqaynta isku dhafan ee socodka shaqada iyadoo si fudud loo dejinayo dhowr halbeeg oo aasaasi ah, kaas oo ku habboon xogta isku xigxiga DNA ee laga soo saaray labadaba Illumina platform iyo BGI-da isku xigxiga.Madalkan waxa la geeyaa adeegaha xisaabinta waxqabadka sare, kaas oo awood siinaya falanqaynta xogta aad u hufan waqti aad u kooban.Macdanta shakhsi ahaaneed ayaa la heli karaa iyadoo lagu saleynayo falanqaynta caadiga ah, oo ay ku jirto weydiinta hidda-wadaha la beddelay, naqshadda asaasiga ah ee PCR, iwm.
-
mRNA (Tixraac)
Transcriptome waa xidhiidhka ka dhexeeya macluumaadka hidde-sideyaasha iyo proteome shaqada bayoolojiga.Nidaaminta heerka qoraalka ayaa ah kan ugu muhimsan uguna balaadhisan habka nidaaminta noolaha.Isku xigxiga qoraalka transcriptome wuxuu iskuxiri karaa qoraalka waqti kasta ama xaalad kasta, iyadoo leh xallin sax ah hal nucleotide. Waxay si firfircoon uga tarjumaysaa heerka qoritaanka hidda-wadaha, isla mar ahaantaana waxay aqoonsan kartaa oo qiyaasi kartaa qoraallada dhif iyo naadirka ah, oo waxay bixisaa macluumaadka qaabdhismeedka tusaale ahaan qoraalo gaar ah.
Waqtigan xaadirka ah, tignoolajiyada isku xigxiga ee transcriptome ayaa si weyn loogu isticmaalay cilmiga beeraha, daawada iyo meelaha kale ee cilmi baarista, oo ay ku jiraan xeerinta horumarinta xayawaanka iyo dhirta, la qabsiga deegaanka, isdhexgalka difaaca, deegaanaynta hidda-wadaha, horumarinta noocyada hidde-sideyaasha iyo burada iyo ogaanshaha cudurada hidde-sideyaasha.
-
Metagenomics (NGS)
Goobtan falanqaynta waxaa loogu talagalay in lagu falanqeeyo xogta metagenomic ee xabada iyadoo lagu saleynayo khibradda sanadaha.Waxay ka kooban tahay hawl-socod isku-dhafan oo ay ku jiraan falanqaynta metagenomics-ka caadiga ah ee loo baahan yahay oo ay ku jiraan habaynta xogta, daraasaadka heerka noocyada, daraasaadka heerka shaqada hidda-wadaha, metagenome binning, iwm. , dejinta halbeegga, sawir-abuur shakhsiyeed, iwm.
-
LncRNA
RNA-yada dheer ee aan codeeyn (lncRNA) waa nooc qoraallo ah oo dhererkoodu ka dheer yahay 200 nt, kuwaas oo aan awoodin in ay codeeyaan borotiinada.Caddaynta urursan waxay soo jeedinaysaa in badi lncRNA-yada ay aad ugu dhowdahay inay shaqeeyaan.Tiknoolajiyada isku xigxiga-sare leh iyo aaladaha falanqaynta bioinformatic waxay nagu xoojiyaan inaan muujino taxanaha lncRNA iyo meelaynta macluumaadka si wax ku ool ah oo noo horseeda inaan ogaano lncRNAs oo leh hawlo sharciyeed oo muhiim ah.BMKCloud waxay ku faantaa inay siiso macaamiisheena madal falanqaynta taxanaha lncRNA si loo gaadho falanqeynta lncRNA degdeg ah, la isku halayn karo oo dabacsan.
-
GWAS
Daraasada ururka genome-wide (GWAS) waxay ujeedadeedu tahay in lagu aqoonsado kala duwanaanshaha hidde-sideyaasha (genotype) ee la xidhiidha sifooyin gaar ah (phenotype).Daraasadaha GWA waxay baaraan calaamadaha hidda-socodka oo ka gudba genome tiro badan oo shakhsiyaad ah waxayna saadaaliyaan ururada genotype-phenotype iyadoo la eegayo tirakoobka heerka dadweynaha.Isku soo wada duuboo genome-ga ayaa laga yaabaa in la ogaado dhammaan noocyada hidde-sideyaasha.Isku dhafka xogta phenotypic, GWAS waxaa loo habayn karaa si loo aqoonsado phenotype ee la xidhiidha SNPs, QTLs iyo hiddo-wadaha murashaxiinta, kuwaas oo si xooggan u taageera taranta xoolaha/dhirta casriga ah.SLAF waa is-horumarisay istiraatijiyad isku xigxiga genome-ka la fududeeyay, taas oo daahfurtay calaamado qaybsan genom-ballaaran, SNP.SNP-yadan, sida calaamadaha hidde-sideyaasha molecular, waxaa loo habayn karaa daraasadaha ururka oo leh astaamo la beegsaday.Waa xeelad wax-ku-ool ah oo lagu aqoonsanayo sifooyin adag oo la xidhiidha kala duwanaanshaha hidde-raaca.
-
Nanopore qoraal-ku-qoris dherer buuxa ah
Kalasoocyada beddelka ah ee isku dhafan iyo kuwa doorsooma ee noolaha ayaa ah habab hiddeeed oo muhiim ah oo lagu maamulo muujinta hiddaha iyo kala duwanaanshaha borotiinka.Aqoonsiga saxda ah ee qaab-dhismeedka qoraallada ayaa ah aasaaska daraasad qoto-dheer oo ku saabsan qaababka nidaaminta muujinta hiddaha.Madal isku xigxiga Nanopore ayaa si guul leh u keentay daraasadda qoraal-ku-qoris ilaa heer- isoform.Goobtan falanqaynta waxaa loogu talagalay in lagu falanqeeyo xogta RNA-Seq ee laga soo saaray madal Nanopore oo ku saleysan genome tixraaceed, taas oo ku guulaysata falanqaynta tayada iyo tirada ee heerka hidde-sidaha iyo heerka qoraallada labadaba.
-
cir-RNA
Wareega RNA (circRNA) waa nooc ka mid ah RNA aan codeeyn, kaas oo dhawaan la ogaaday in ay door muhiim ah ka ciyaaraan shabakadaha sharciyeynta ee ku lug leh horumarinta, iska caabinta deegaanka, iwm. cidhifyada circRNA waa la isku daray si ay u sameeyaan qaab-dhismeedka wareegsan, kaas oo ka badbaadiya dheefshiidka exonuclease oo ka xasilloon marka loo eego inta badan RNA toosan.CircRNA ayaa la ogaaday inay leedahay hawlo kala duwan oo lagu maamulo muujinta hidda-wadaha.CircRNA waxa ay u shaqayn kartaa sida ceRNA, kaas oo si tartan ah ugu xidha miRNA, loo yaqaano isbuunyada miRNA.Madal falanqaynta isku xigxiga CircRNA waxay awood siisaa qaab dhismeedka circRNA iyo falanqaynta odhaah, saadaalinta bartilmaameedka iyo falanqaynta wadajirka ah ee noocyada kale ee unugyada RNA
-
BSA
Madal-falanqaynta kala-duwanaanshaha badan waxa ay ka kooban tahay hal-tallaabo falanqaynta caadiga ah iyo falanqayn horumarsan oo leh habbeeg-beegtiyeed la habeeyey.BSA waa farsamo loo isticmaalo in si degdeg ah loo aqoonsado calaamadaha hidde-sideyaasha ee la xidhiidha phenotype.Socodka shaqada ee ugu weyn ee BSA waxa uu ka kooban yahay: 1. xulashada laba kooxood oo shakhsiyaad ah oo leh dabeecado iska soo horjeeda;2. Isku-dubarid DNA, RNA ama SLAF-seq (Waxa soo saaray Biomarker) ee dhammaan shakhsiyaadka si ay u sameeyaan laba qaybood oo DNA ah;3. aqoonsashada taxanaha kala duwan ee ka soo horjeeda genome tixraaca ama inta u dhaxaysa, 4. saadaalinta musharaxiinta ku xiran gobollada ED iyo SNP-index algorithm;5. Falanqaynta shaqaynta iyo kobcinta hiddo-wadaha gobollada murashaxiinta, iwm. Macdanta horumarsan ee xogta oo ay ku jiraan baaritaanka calaamadaynta hidde-sideyaasha iyo naqshadaynta asaasiga ah ayaa sidoo kale la heli karaa.
