Khariidadda kuleylka
Faylka xogta Matrix waxa loo isticmaalaa sawirida khariidadda kulaylka, kaas oo shaandhayn kara, caadi ka dhigi kara oo ururin kara xogta matrixka.Inta badan waxaa loo isticmaalaa falanqaynta kooxeed ee heerka muujinta hidde-sidaha ee u dhexeeya muunado kala duwan.
Tilmaamaha Hiddaha
Sharaxaada shaqada hidda-wadaha waxaa lagu sameeyaa isku xigxiga khariidadeynta faylka FASTA ee lidka ku ah xogta kala duwan.
Tilmaamaha Hiddaha
Aaladda Aasaasiga ah ee Raadinta Isku toosinta Gudaha
CDS_UTR_Saadaasha
Qalabkan waxaa loogu talagalay in lagu saadaaliyo gobollada codaynta (CDS) iyo gobollada aan codeeynta ahayn (UTR) ee taxanaha qoraalka ah ee ku salaysan qarxinta xogta borotiinka ee la yaqaan iyo saadaalinta ORF.
Shirqoolkii Manhattan
Qorshaha Manhattan wuxuu awood u siinayaa soo bandhigida xogta oo leh tiro badan oo dhibco xog ah.Waxaa caadi ahaan loo adeegsadaa daraasadaha ururka genome-wide (GWAS).
Circos
Jaantuska CIRCOS waxa uu suurtageliyaa soo bandhigida tooska ah ee SNP, InDeL, SV, CNV qaybinta genome.
GO_kobcinta
TopGO waa qalab loogu talagalay kobcinta shaqada.Xirmada TopGO-Bioconductor waxay ka kooban tahay falanqaynta muujinta kala duwan, falanqaynta kobcinta GO iyo aragtida natiijooyinka.Waxay soo saari doontaa gal leh wax soo saar magaciisu yahay "Graph", kaas oo ka kooban natiijooyinka topGO_BP, topGO_CC iyo topGO_MF.
WGCNA
WGCNA waa habka macdan qodista oo si weyn loo isticmaalo si loo ogaado unugyada wada-muujinta hidda-wadaha.Waa mid lagu dabaqi karo xog-ururineed oo kala duwan oo ay ku jiraan xogta microarray iyo xogta muujinta hidde-sidaha ee ka soo jeeda taxanaha jiilka soo socda.
InterProScan
Falanqaynta iyo kala soocida isku xigxiga borotiinka InterPro
GO_KEGG_kobcinta
Qalabkan waxa loo nashqadeeyay si uu u soo saaro histogaraamka kobcinta GO, KEGG tayeynta histogaraamka iyo dariiqa kobcinta KEGG oo ku salaysan hiddo-wadaha la bixiyay iyo sharraxaad u dhiganta.