HORUMARINTA GENOME
PNAS
Asalkii koray iyo taariikhda qoysnimo ee kalluunka dahabka (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Bionano Genome Map |Hi-C Genome Assembly |Khariidadda Hidaha |GWAS |RNA-Seq
Tilmaamaha
1.Goldfish genome waxaa lagu cusboonaysiiyay nooc kulan oo tayo sare leh, isaga oo ku xidhay 95.75% contigs 50 pseudochromosomes (Scaffold N50=31.84 Mb).Laba-genomy-hoosaad ayaa la kala saaray.
2.Gobolada genomic ee xaaqidda xulashada inta lagu jiro guri-guriyeedka ayaa laga aqoonsaday xogta dib-u-celinta ee shakhsiyaadka 201, oo soo bandhigay in ka badan 390 hiddo-wadaha musharaxiinta kuwaas oo ay u badan tahay inay la xiriiraan sifooyinka guriga.
3.GWAS oo ku saabsan finalka dhabarka ee kalluunka dahabka ah ee gudaha ayaa shaaca ka qaaday 378 hidde-sideyaal musharax oo suurtagal ah in lala xiriiriyo.Weriyaha tyrosine-protein kinase ayaa loo aqoonsaday inuu yahay hidde-sidee musharax oo la xidhiidha daahfurnaanta
Asalkii hore
Kalluunka Dahabka (Carassius auratus) waa mid ka mid ah kalluunka ugu muhiimsan ee la beero, kaas oo laga keenay carp crucian ee Shiinaha hore.Waxa uu Charles Darwin ku sheegay "In laga gudbo midab kala duwanaansho aan dhammaad lahayn, waxaanu la kulannaa wax ka beddelka qaabdhismeedka aan caadiga ahayn".Sifooyin aad u kala duwan iyo taariikhda dheer ee guri-guritaan iyo taranta ayaa kalluun-ka-dahabka ka dhigaya nidaam moodal hiddeeed oo heersare ah oo loogu talagalay physiology-ga kalluunka iyo horumarka.
Guulihii
genome-ka kalluunka
JFalanqaynta saliidda ee PacBio iyo Illumina xogta isku xigxiga lammaane-dhamaadka waxay soo saartaa 1.657 G qabyo ah kulanka (Contig N50=474 Kb).Khariidadda indhaha ee Bionano ayaa la sameeyay oo lagu saxay shirkii 1.73 Gb cabbir ahaan (Xajmiga genome ee la qiyaasay: 1.8 Gb).Golaha ku salaysan Hi-C waxa uu sii wanaajiyey N50 ka 606 Kb ilaa 31.84 Mb oo uu gaadhay 95.75% (1.65 Gb) ku jihaysan oo la amray heerka fadhiidnimada.Genome-ku waxa uu ka kooban yahay 56,251 hiddo-sidaha codaynta iyo 10,098 qoraal qoraal ah oo dheer oo aan codeeyn.Waxaa intaa dheer, 38 gobol oo centromeric ah oo suurtagal ah ayaa la saadaaliyay marka loo eego 50 koromosoomyada.
Jaantuska.1 Kalluunka Dahabka ah Genome
Two qaybo cad oo subgenomes ah ayaa lagu aqoonsaday 50 koromosoomyada kalluunka dahabka ah ee ka dhashay dhacdo isku-dhafka qadiimiga ah.Qaybaha koromosoomyada leh saamiga sare ee akhriska ee isku toosan inta u dhaxaysa kalluunka dahabka iyo Barbinae ayaa lagu qeexay inay yihiin subgenome A (ChrA01 ~ A25), ie subgenome caadi u ah Barbinae, iyo inta soo hartay sida subgenome B (ChrB01 ~ B25).
Guryeynta iyo xaaqidda xulashada
Awadarta 16 kalluun duurjoogta ah oo nooca crucian ah iyo 185 kala duwanaanshiyaha kalluunka dahabka ah ayaa isku xigxigay iyadoo celcelis ahaan qoto dheer oo isku xigxig ah oo ku dhow 12.5X, ay soo saartay 4.3 terabases oo xog ah.Dib-u-dhiska Phylogenetic iyo falanqaynta PCA-ga waxay xaqiijisay xidhiidh dhow oo ka dhexeeya kalluunka dahabiga ah ee caadiga ah iyo kalluunka crucian marka loo eego kalluunka kale ee dahabka ah, kaas oo u kala qaybsamay laba qaybood.
LFalanqaynta suuska ee afarta dad hoosaad ee kor ku xusan waxay taageertay jiritaanka cilad hidde-sidaha dadweynaha inta lagu guda jiro guuritaanka iyo xulashada macmalka ah ee xooggan ee kalluunka dahabka ah.Kordhinta kala duwanaanshaha hidde-sideyaasha (π) laga bilaabo carp crucian ilaa kalluunka dahabiga ah ee caadiga ah oo dheeraad ah ilaa Wen goldfish iyo Egg goldfish waxay muujisay isu-ururin weyn oo kala duwanaansho hidde ah inta lagu jiro gurigooda.50 gobol oo xaaqid ah oo la xushay oo daboolaya 25.2 Mb iyo 946 hiddo-wadaha ayaa laga aqoonsaday xogta matalaysa (33 kalluun dahab ah iyo 16 crucian crap).Kordhinta falanqaynta shakhsiyaadka 201, 393 hidde-sideyaasha ayaa muujiyay gobollo la dhammaystiray xaaqay xulashada.Hidde-sidayaashan waxaa laga helay kala duwanaansho hoose, kuwaas oo ay u badan tahay in ay ka qaybqaateen noocyada phenotypes ee la xidhiidha sifooyinka waaweyn ee guriga ee kalluunka dahabka ah.
Jaantus.3 Falanqaynta la xidhiidha Genom-ballaaran ee guriga
GWAS oo ku jira kalluunka dahabka ee guriga
Dfin orsal waa muuqaal muhiim ah oo ka sooca kalluunka Wen gold kalluunka ukunta.GWAS ee finka dhabarka ee 96 Wen goldfish iyo 87 Egg goldfish ayaa daaha ka qaaday 378 hidde-sideyaal murashaxiin ah oo ku faafay 13 koromosoomyada waxaana la arkay qaybinta aan sinnayn ee hiddo-wadahan ee u dhexeeya subgenomes-ka hoose.Falanqaynta hawleed ee hiddo-wadaha murashaxiinta ayaa iftiimiyay hababka noolaha oo ay ku jiraan "calaamadaha soo-dhoweynta unuggu", "Gaadiidka Transmembrane", "hormarinta nidaamka qalfoofka", iwm.
Jaantuska.4 GWAS ee finalka dhabarka ee kalluunka dahabka ee guriga
In GWAS ee sifooyinka miisaanka laxidhiidha hufan, hal urur oo xoog leh ayaa la ogaaday.Hiddo-sidaha soo-dhowaynta tyrosine-protein kinase ayaa lagu aqoonsaday mid ka mid ah gobollada musharaxiinta.
Jaantuska.5 GWAS ee sifooyinka miisaanka la xidhiidha hufan
Tixraac
Cdigaag D iyo al.Asalka kobaca iyo sooyaalka guriga ee kalluunka dahabka (Carassius auratus).PNAS (2020)
Wararka ujeedadeedu tahay in la wadaago kiisaskii ugu dambeeyay ee lagu guulaystey Teknolojiyadda Biomarker, qabashada guulaha sayniska ee cusub iyo sidoo kale farsamooyinka caanka ah ee lagu dabaqay daraasadda.
Waqtiga boostada: Jan-04-2022