Baahida genome oo dhan
Kala duwanaanshaha qaab dhismeedka dadka Shiinaha iyo saamaynta ay ku leeyihiin noocyada phenotypes, cudurada iyo la qabsiga dadweynaha
Nanopore |PacBio |Dib-u-habaynta genome oo dhan |Kala duwanaanshiyaha qaab dhismeedka wacitaanka
Daraasaddan, taxanaha Nanopore PromethION waxaa bixiyay Biomarker Technologies.
Tilmaamaha
Daraasaddan, muuqaalka guud ee kala duwanaanshaha qaabdhismeedka (SVs) ee genome-ka bini'aadamka ayaa shaaca laga qaaday iyadoo la kaashanayo akhrin dheer oo taxane ah oo ku saabsan Nanopore PromethION platfrom, taas oo sii qoto dheeraysa fahamka SV-yada ee phenotypes, cudurada iyo horumarka.
Naqshadaynta Tijaabada
Tusaalooyinka: leukocytes dhiigga ku wareegsan ee 405 shakhsiyaad Shiineys ah oo aan xiriir la lahayn (206 lab ah iyo 199 dheddigga ah) oo leh 68 phenotypic iyo cabbir caafimaad.Dhammaan shakhsiyaadka, gobollada awoowayaasha oo ka kooban 124 qof waxay ahaayeen gobollo ku yaal Waqooyiga, kuwa 198 qof waxay ahaayeen Koonfur, 53 waxay ahaayeen Koonfur-galbeed iyo 30 lama yaqaan.
Istaraatiijiyada isku xigxiga: Isku xigxiga genome-ga dheer-akhrinta(LRS) oo leh Nanopore 1D wax-akhrinta iyo PacBio HiFi wax akhriya.
Madal isku xigxiga: Nanopore PromethION;Talaabada PacBio II
Kala duwanaanshaha qaab-dhismeedka Wicida
Jaantuska 1. Socodka shaqada ee wicitaanka iyo shaandhaynta SV
Guulihii ugu waaweynaa
Helitaanka iyo ansixinta kala duwanaanshaha qaab-dhismeedka
Dateset Nanopore: Wadar dhan 20.7 Tb akhrin nadiif ah oo laga keenay goobta isku xigxiga ee PromethION, taasoo lagu gaarey celcelis ahaan 51 Gb xog muunadkiiba, qiyaastii.17-laab qoto dheer.
Tixraaca genome alignment(GRCh38): Celceliska heerka khariidaynta 94.1% waa la gaadhay.Celceliska heerka khaladka (12.6%) wuxuu la mid ahaa daraasad hore oo bartilmaameed (12.6%) (Jaantuska 2b iyo 2c)
Kala duwanaanshaha qaab dhismeedka (SV) wacitaanka: Soo wacayaasha SV ayaa codsaday daraasaddan waxaa ka mid ah Sniffles, NanoVar iyo NanoSV.Kalsoonida sare ee SV-yada waxaa lagu qeexay SV-yada ay aqoonsadeen ugu yaraan laba qof oo soo wacay waxayna u gudbeen shaandhaynta qoto dheer, dhererka iyo gobolka.
Celcelis ahaan 18,489 (oo u dhexeeya 15,439 ilaa 22,505) SV-yada kalsoonida sare leh ayaa lagu aqoonsaday muunad kasta.(Jaantuska 2d, 2e iyo 2f)
Jaantuska 2. Guud ahaan muuqaalka SV-yada lagu aqoonsaday xogta Nanopore
Ansixinta PacBio: SV-yada lagu aqoonsaday hal muunad (HG002, ilmo) waxa lagu ansixiyay xogta PacBio HiFi.Heerka guud ee daahfurka beenta ah (FDR) wuxuu ahaa 3.2%, taasoo muujinaysa aqoonsiga SV oo la isku halayn karo oo uu akhriyay Nanopore.
SV-yada aan la badnayn iyo astaamaha genomic
SV-yada aan-ka-soo-noqnayn: Qayb ka kooban 132,312 SV-yo aan-celin ah ayaa la helay iyadoo la isku daray SV-yada dhammaan muunadaha, oo ay ku jiraan 67,405 DELs, 60,182 INSs, 3,956 DUPs iyo 769 INVs.(Jaantuska 3a)
Isbarbardhigga xog-ururinta SV ee jiray: Xog-ururintan waxa lala barbardhigay xogta TGS ama NGS ee la daabacay.Afarta xog ee la is barbardhigay, LRS15, oo sidoo kale ah xogta kaliya ee laga helay madal isku xigxiga muddada dheer la akhriyay (PacBio) ayaa la wadaagtay dul-qaadka ugu weyn ee xogtan.Waxaa intaa dheer, 53.3% (70,471) ee SV-yada ku jira xogtan ayaa la soo sheegay markii ugu horeysay.Marka la eego nooc kasta oo SV ah, tirada INS-yada la soo kabsaday ee leh xog-ururinta-dheer-akhriska ayaa aad uga badnaa kuwa kale ee akhri-gaaban, taasoo tusinaysa in taxanaha-dheer-akhriska uu si gaar ah waxtar ugu leeyahay ogaanshaha INS-yada.(Jaantuska 3b iyo 3c)
Jaantuska 3. Guryaha SV-yada aan la badnayn ee nooc kasta oo SV ah
Tilmaamaha genomic: Tirada SV-yada ayaa la helay si weyn oo xiriir la leh dhererka koromosoomyada.Qaybinta hiddo-wadaha, soo noqnoqda, DELs (cagaar), INS (buluug), DUP (jaalle) iyo INV (orange) ayaa lagu soo bandhigay jaantuska Circos, halkaas oo kororka guud ee SV lagu arkay dhamaadka gacmaha koromosoomyada.(Jaantuska 3d iyo 3e)
Dhererka SV-yada: Dhererka INS-yada iyo DEL-yada ayaa la ogaaday inay aad uga gaaban yihiin kuwa DUP-yada iyo INV-yada, kuwaas oo ku raacay kuwa lagu aqoonsaday xogta PacBio HiFi.Dhererka dhammaan SV-yada la aqoonsaday ayaa lagu daray ilaa 395.6 Mb, kaas oo qabsaday 13.2% dhammaan genome-ka aadanaha.SV-yadu waxay saameeyeen 23.0 Mb (qiyaastii. 0.8%) ee genome qofkiiba celcelis ahaan.(Jaantuska 3f iyo 3g)
Saamaynta shaqaynta, ifafaale iyo kiliinikada ee SVs
Luminta la saadaaliyay ee SVs (pLoF): pLoF SVs waxaa lagu qeexay sida SVs ay la falgaleen CDS, halkaas oo koodka nucleotide la tirtiray ama ORF-yada la beddelay.Wadarta 1,929 pLoF SVs ee saameeya CDS ee 1,681 hiddo-wadaha ayaa la sharraxay.Kuwaas gudahooda, 38 hiddo-wadaha ayaa iftiimiyay "immunoglobulin receptor xidhitaanka" ee falanqaynta kobcinta GO.SV-yadan pLoF waxaa sii sharraxay GWAS, OMIM iyo COSMIC, siday u kala horreeyaan.(Jaantuska 4a iyo 4b)
SVs asal ahaan iyo caafimaad ahaan khuseeya: Tiro ka mid ah SV ee xogta nanopore ayaa lagu muujiyay inay yihiin kuwo ifafaale ahaan iyo caafimaad ahaan khuseeya.Heterozygous DEL ah oo naadir ah oo ah 19.3 kb, oo loo yaqaan inuu keeno alfa-thalassaemia, ayaa lagu aqoonsaday saddex shaqsi, kuwaas oo cilladaysan hiddo-wadaha Hemoglobin Subunit Alpha 1 iyo 2 (HBA1 iyo HBA2).DEL kale oo ah 27.4 kb oo ku saabsan hidde-sudeeynta Hemoglobin Subunit Beta(HBB) ayaa lagu aqoonsaday shaqsi kale.SV-gan waxaa loo yaqaanay inuu keeno hemoglobinopathies halis ah.(Jaantuska 4c)
Jaantuska 4. pLoF SVs ee la xidhiidha phenotypes iyo cudurada
DEL caadi ah oo ah 2.4 kb ayaa lagu arkay 35 homozygous iyo 67 heterozygous sideyaal, kaas oo daboolaya gobolka dhammaystiran ee 3rd exon of Growth Homone Receptor(GHR).Qaadayaasha qaniisyada ah ayaa la helay si aad uga gaaban kuwa heterzygous (p=0.033).(Jaantuska 4d)
Intaa waxaa dheer, SV-yadan waxaa loo habeeyey daraasado kobcin dadweyne oo u dhexeeya laba kooxood oo goboleed: Waqooyiga iyo Koonfurta Shiinaha.SVs aad u kala duwan ayaa la helay oo lagu qaybiyay Chr 1, 2, 3, 6,10,12,14 iyo 19, kuwaas oo, kuwa ugu sarreeya lala xiriiriyay gobollada xasaannada, sida IGH, MHC, iwm. Waa macquul in la qiyaaso in kala duwanaanshaha SV-yadan waxaa laga yaabaa inay sabab u tahay qulqulka hidde-sidaha iyo soo-bandhigidda muddada-dheer ee deegaanno kala duwan oo loogu talagalay dad-hoosaadyada Shiinaha.
Tixraac
Wu, Zhikun, iyo al."Kala duwanaanshiyaha qaab dhismeedka dadka Shiinaha iyo saameynta ay ku leeyihiin phenotypes, cudurada iyo la qabsiga dadweynaha."bioRxiv(2021).
Warar iyo Qodobo Muhiim ah ujeedadeedu tahay in la wadaago kiisaskii ugu dambeeyay ee lagu guulaystey Teknolojiyadda Biomarker, qabashada guulaha sayniska ee cusub iyo sidoo kale farsamooyinka caanka ah ee lagu dabaqay daraasadda.
Waqtiga boostada: Jan-06-2022