GWAS
Ciwaanka: Isku xigxiga guud ahaan-genome-ku wuxuu muujinayaa asalka Brassica napus iyo meesha hidda-socodka ee ku lug leh horumarintiisa
Joornaal: Isgaarsiinta Dabeecadda
NGS |WGS |Ku xiga |GWAS |Qoraal |RNAseq |Brassica napus |Horumarka |Guryaha
Daraasaddan, Tiknoolajiyada Biomarker waxay bixisay Adeegyo isku xigxiga NGS, iyo sidoo kale taageero farsamo oo ku saabsan falanqaynta bioinformatics ee xogta isku xigxiga.
Asalkii hore
Brassica napus(kufsi) waa dalagga saliideed ee muhiimka ah iyo qaab aad u wanaagsan oo lagu baadho hababka baaritaanka polyploid-ka, koboca iyo xulashada.Si kastaba ha ahaatee, in noocyada duurjoogta ah ama ku-deeqayaasha guri-guri ay ahaayeen awow-waalid iyo hiddo-wade ka qaybqaatay guri-guritaan iyo hagaajinta abuur kufsiga weli lama garanayo.
Qalabka iyo hababka
Qalabka:588B. napusQayb ka mid ah ayaa ku lug lahaa daraasaddan, oo ay ku jiraan 466 ka yimid Aasiya, 102 ka yimid Yurub, 13 ka yimid Waqooyiga Ameerika, iyo 7 ka yimid Australia.Iyada oo ku saleysan diiwaannada caadooyinka kobaca, agabkan waxaa loo qaybiyay saddex nooc oo deegaanka ah;guga (86 accessions), jiilaalka (74 accessions), iyo jiilaalka badhkii (428 accessions).
Isku xigxiga:Celceliska qiyaastii5× (oo u dhexeeya 3.37× ilaa 7.71×)
Madal isku xigxiga:Illumina Hiseq 4000
Soo saarista xogta:4.03 Tb xog nadiif ah
SNP wac:BWA + GATK.5,294,158 SNPs iyo 1,307,151 InDels ayaa la helay.
Natiijooyinka
Asal ahaan B. napus
B. napusSubgenome-ku wuxuu ka soo baxay awoowihii bagalka Yurub.Dhacdo qulqulka hidde-sidaha ee ka imanaya bagalka Yurub ilaaB. napus Genome-hoosaadku wuxuu dhacay ~106-1170 sano ka hor.B. napusC subgenome waxa laga yaabaa in uu ka soo baxay awoowayaasha guud ee abtirsiinyadan.AwoowgiiB. napuskala qaybsantay awoowaha guud ee afar nooc oo B. oleracea ah, oo ay dhawaan soo galeen hiddo-wadahaB. napus~ 108-898 sano ka hor.B. napusC subgenome wuxuu leeyahay asal ka adag A Subgenome.Dhalo xoog leh ayaa ka soo baxday labada qaybood ee hoose intii lagu jirayB. napushorumar.Jiilaalka iyo jiilaalka badhkiiB. napusEcotypes way kala duwanaayeen ~ 60 sano ka hor, halka jiilaalka iyo gu'gaB. napuskala duwanaa ~ 416 sano ka hor, iyo miraha saliidda iyo kuwa aan saliidda lahaynB. napuskala duwanaa ~ 277 sano ka hor.
Jaantuska. 2 Qaabdhismeedka dadweynaha ee 588 B. napus accessions iyo 199 ee B. rapa accessions.
Jaantuska 3 Qaab dhismeedka dadweynaha ee 588 B. napus accessions iyo 119 of B. oleracea accessions
Calaamadaha xulashada iyo daraasadaha ururka Genome-ballaaran.
Inta lagu jiro marxaladda koowaad ee hagaajinta (FSI), kala duwanaansho hidde-socod ayaa ku lumay B. napus C subgenome marka loo eego A subgenome.Kala duwanaansho hidde-side ka yar ayaa dhacay intii lagu jiray FSI-da marka loo eego marxaladda labaad ee horumarinta (SSI).Hidde-yaasha gobollada SSI-doorashada calaamadaha ayaa lagu kobciyay dulqaadka walaaca, horumarka iyo dariiqyada dheef-shiid kiimikaadka.60 loci oo si weyn ula xidhiidha 10 sifooyin la beegsanayo, oo ay ku jiraan 5 la xidhiidha wax-soo-saarka abuurka, 3 ilaa dhererka silique, 4 ilaa nuxurka saliidda, iyo 48 tayada abuurka ayaa la aqoonsaday.
Jaantuska 4 Sawirka genome-ballaaran iyo sharraxaadyada gobollada la doortay inta lagu jiro SSI ee B. napus
Falanqaynta qoraalka
Xogta RNAseq ee unugyada 11 ee ka soo baxa saliid-sare iyo laba-laab-hooseeya iyo subag-saliid-hooseeya iyo laba-sare oo la aqoonsaday hiddo-wadaha la xidhiidha geeddi-socodka biosynthetic glucosinolate ayaa si weyn loo soo bandhigay.
Jaantuska 5 Dulmar guud oo ku saabsan nidaamka ubax-waqtiga hoos yimaada xulashada hagaajinta deegaanka ee B. napus
Dood
Daraasadani waxay bixisay kheyraad qiimo leh oo lagu fahmi karo asalka iyo horumarinta taariikhdaB. napuswaxayna fududayn doontaa kala-soocidda saldhigyada hiddaha ee sifooyinka muhiimka ah ee kakan.SNP-yada muhiimka ah ee la xidhiidha kala duwanaanshaha wanaagsan, calaamadaha xulashada iyo hiddo-wadaha murashaxiinta ayaa si weyn wax uga tari doona mustaqbalka, gaar ahaan hagaajinta wax-soo-saarka, tayada abuurka, waxa ku jira saliidda, iyo la qabsiga dalagga allopolyploid ee dhowaantan iyo qaraabadiisa.
Tixraac
Isku soo wada duuboo-genome-ku waxay daaha ka qaadaysaa asalka Brassica napus iyo meesha hidda-socodka ee ku lug leh horumarintiisa [J].Isgaarsiinta Dabeecadda, 2019, 10 (1).
Warar iyo Qodobo Muhiim ah ujeedadeedu tahay in la wadaago kiisaskii ugu dambeeyay ee lagu guulaystey Teknolojiyadda Biomarker, qabashada guulaha sayniska ee cusub iyo sidoo kale farsamooyinka caanka ah ee lagu dabaqay daraasadda.
Waqtiga boostada: Jan-05-2022