TRANSCRIPTOMICS
dabeecadda
XIRIIRKA
Tilmaamaha qoraalka dhererka buuxa ee isbeddelka SF3B1 ee lymphocytic leukemia daba-dheeraada waxay daaha ka qaadaysaa hoos u dhigista introns-ka
Qoraallada dhererka buuxa|Taxanaha Nanopore|Falanqaynta isoform ka duwan
Asalkii hore
SIsbeddellada omatic in factor splicing factor SF3B1 ayaa si weyn loo sheegay in ay la xiriiraan kansar kala duwan, oo ay ku jiraan lymphocytic leukemia (CLL), uveal melanoma, kansarka naasaha, iwmSi kastaba ha ahaatee, daraasaadka ku saabsan qaababkan kala-duwanaanshaha beddelka ah ayaa muddo dheer ku koobnaa heerka dhacdada iyo aqoon la'aanta heerka isoform-ka sababtoo ah xaddididda qoraallada la isu keenay ee akhris-gaaban.Halkan, madal isku xigxiga nanopore ayaa lagu soo bandhigay si ay u abuurto qoraallo dherer buuxa ah, taas oo awood u siisay baadhista soofooyinka AS.
Naqshadaynta Tijaabada
Tijaabooyin
Kooxaynta:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E mutation);3. Unugyada B ee caadiga ah
Istaraatiijiyada isku xigxiga:MinION 2D isku xigxiga maktabadda, PromethION 1D isku xigxiga maktabadda;xogta akhris-gaaban ee isla muunado la mid ah
Madal isku xigxiga:MINIONONT PromethION;
Falanqaynta Biyoinformatic
Natiijooyinka
Awadar dhan 257 milyan oo akhrin ah ayaa laga soo saaray 6 muunado CLL ah iyo 3-unugyada B.Celcelis ahaan 30.5% akhristayaashan ayaa loo aqoonsaday inay yihiin qoraallo dhererkoodu dhan yahay.
FFalanqaynta isoform beddelka dhererka ull-dheer ee RNA(FLAIR) ayaa la sameeyay si loo dhaliyo go'yaal kalsooni sare leh.FLAIR waxaa lagu soo koobi karaa:
Nanopore waxa uu akhriyaa toosinta: aqoonso qaab dhismeedka qoraalka guud ee ku salaysan genome tixraaceed;
Shagaajinta isku xidhka plice: khaladaadka isku xigxiga ee saxda ah (casaan) oo leh goob kala go'an oo laga soo qaatay qoraallo la sharraxay, introns xogta akhris-gaaban ama labadaba;
Collapse: soo koob isoforms wakiillada oo ku salaysan silsiladaha isgoysyada kala go'an (ku-tallaalidda koowaad).Dooro isofrom-kalsooni sare leh oo ku salaysan tirada akhristayaasha taageeraya (Xadiga: 3).
Jaantuska 1. Falanqaynta FLAIR si loo aqoonsado isoforms-dheer oo buuxa oo la xidhiidha isbeddelka SF3B1 ee CLL
FLAIR oo la aqoonsaday 326,699 kalsooni sare leh oo kala go'ay, 90% ka mid ah waa isoforms cusub.Inta badan isoforms-yadan aan la sheegin ayaa la ogaaday inay yihiin isku-dar cusub oo isku-dhafan oo caan ah (142,971), halka soo-galoosyada sheeko ee soo hadhay ay ka kooban yihiin intron (21,700) ama novel exon (3594).
Ltaxanaha onng-akhrinta waxay awood u siinaysaa aqoonsiga SF3B1-K700E beddelka ah ee goobaha kala duwan ee heerka isoform.35 beddelka 3'SSs iyo 10 beddelka 5'SSs ayaa la ogaaday inay si weyn u kala duwan yihiin SF3B1-K700E iyo SF3B1-WT.33 ka mid ah 35 ka beddelka waxa lagu ogaaday taxane-dheer oo la akhriyay.Xogta Nanopore, qaybinta masaafada u dhaxaysa SF3B1-K700E-la beddelay 3'SSs ee meelaha ugu sarreeya ee canonical waa ku dhawaad -20 bp, taas oo si weyn uga duwan qaybinta xakamaynta, oo la mid ah waxa lagu soo sheegay CLL taxanaha akhris-gaaban.Isoforms ee hiddo-wadaha ERGIC3 ayaa la falanqeeyay, halkaas oo isoform novel ah oo ka kooban goobta u dhow ee la helay in ka badan SF3B1-K700E.Labada u dhow iyo kuwa fog ee 3'SS ayaa lala xiriiriyay qaabab kala duwan oo AS oo abuuraya isoforms badan.
Jaantuska 2. Hababka kala-baxa ee beddelka ah ee 3′ ee lagu aqoonsaday xogta isku xigxiga nanopore
Falanqaynta isticmaalka dhacdada IR ayaa muddo dheer xaddidnayd falanqaynta ku salaysan akhrinta gaaban sababtoo ah kalsoonida lagu qabo aqoonsiga IR iyo xisaabinta.Sharaxaadda IR isoforms ee SF3B1-K700E iyo SF3B1-WT ayaa lagu qiyaasey iyadoo lagu salaynayo taxanaha nanopore, taasoo muujineysa hoos-u-dhigga caalamiga ah ee jaangooyooyinka IR ee SF3B1-K700E.
Jaantuska 4. Xoojinta beeraha iyo isku xidhka shabakada ee saddexda hab-beeraeed (A iyo B);Falanqaynta Kaymaha Random (C) iyo Xiriirka ka dhexeeya xoojinta beeraha iyo gumeysiga AMF (D)
Jaantuska 3. Dhacdooyinka haynta gudaha si xoogan ayaa hoos loogu dhigay CLL SF3B1-K700E
Farsamada
Nanopore Taxane Akhris Dheer
Ntaxanaha anopore waa hal molecule-waqtiga dhabta ah ee tignoolajiyada isku xigxiga ishaarada korantada.
DDNA-da ama RNA-da-jilicsan ayaa ku xidhmi doona borotiinka nanoporous ee ku dhex-jira biofilm-ka oo ka soo baxaya hoggaanka borotiinka mootada.
DXadhkaha NA/RNA waxay maraan borotiinka kanaalka nanopore heer go'an iyadoo la raacayo ficilka farqiga danab.
Molecules waxay dhaliyaan calaamado koronto oo kala duwan iyadoo loo eegayo qaabka kiimikada.
ROgaanshaha goor hore ee taxanaha waxaa lagu gaaraa wicitaanka salka.
Waxqabadka isku xigxiga qoraalka qoraalka dhererka buuxa
√ Dheefanka Xogta
7-laab in ka yar ayaa loo baahan yahay in la akhriyo si loo gaaro saxnaanta xogta la midka ah.
√ Aqoonsiga Qaab-dhismeedka Qoraalka
Aqoonsiga kala duwanaanshiyaha qaabdhismeedka kala duwan iyadoo la isku raacsan yahay akhrinta qoraal kasta
√ Falanqaynta kala duwanaanshaha heerka qoraalka - Muujinta isbeddelada lagu qariyo akhrin-gaaban
Tixraac
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, iyo al.Tilmaamaha qoraalka dhererka buuxa ee isbeddelka SF3B1 ee lymphocytic leukemia daba-dheeraada waxay muujinaysaa hoos u dhaca introns-ka la hayo.Isgaarsiinta Dabeecadda.
Farsamada iyo Waxyaabaha ugu muhiimsan ujeedadeedu tahay in la wadaago adeeggii ugu dambeeyay ee lagu guulaystay ee tignoolajiyada kala duwan ee isku xigxiga-sare ee saaxadda cilmi-baarista ee kala duwan iyo sidoo kale fikrado cajiib ah oo ku saabsan naqshadaynta tijaabada iyo macdanta xogta.
Waqtiga boostada: Jan-08-2022