DHAMMAAN genome loo baahan yahay
Korjoogteynta Genomics ee SARS-CoV-2 waxay daaha ka qaadaysaa kala duwanaanshaha tirtirka Nsp1 kaas oo wax ka beddelaya jawaabta interferon nooca I
Nanopore |Illumina |Genom dhan oo isku xiga |metagenomics |RNA-Seq |Sanger
Tiknoolajiyada Biomarker waxay bixisay taageero farsamo oo ku saabsan isku xigxiga tusaalaha daraasaddan.
Tilmaamaha
1.SARS-CoV-2 isku xigxiga genome iyo falanqaynta phylognetic waxay tilmaamaysaa 35 isbeddellada soo noqnoqda oo ay ku jiraan 31 SNPs iyo 4 Indels.
2.Xiriirka leh 117 nooc oo caafimaad ayaa muujinaya suurtagal
isbeddellada muhiimka ah.
∆500-532 ee gobolka Nsp1 codaynta waxay la xidhiidhaa fayraska hoose
3.load iyo serum IFN-β.
4. Go'doominta fayraska leh ∆500-532 beddelka waxay keenaysaa IFN-I hoose
jawaab celinta unugyada cudurka qaba.
Naqshadaynta Tijaabada
Guulihii
1. COVID-19 cudurrada faafa iyo ilaalinta genomic
Xogta caafimaad waxaa laga soo ururiyay gobolka Sichuan, Shiinaha intii u dhaxaysay Jan 22-keedii, 2020 ilaa Febraayo 20, 2020 caasimadda.Kiisaska la xaqiijiyay ee Sichuan ayaa si aad ah u kordhay, iyaga oo gaaray Jan. 30-keedii.Sidoo kale, xogta ayaa taageertay in fogeynta bulshada ay noqon karto arrin muhiim u ah ka hortagga faafitaanka fayraska.
Jaantus 1. Daraasada cudurrada faafa ee COVID-19 ee gobolka Sichuan, Shiinaha
2. SARS-CoV-2 dhismaha genome-ga iyo aqoonsiga noocyada kala duwan
Kordhinta PCR-ga multiplex oo ay ku xigto taxanaha nanopore, wadarta 310 ku dhow-ama qayb-dhammaystiran oo genomes ah oo ka yimid 248 bukaan ayaa la soo saaray qiyaas ahaan.80% hiddo-wadaha waxa daboolay 10 akhrin (Mool qoto dheer: 0.39 M ayaa akhriya muunad kasta).
Jaantuska 2. Inta jeer ee kala duwanaansho kasta oo ka mid ah kooxda Sichuan
Wadarta 104 SNPs iyo 18 Indels ayaa laga aqoonsaday genome-yada SARS-CoV-2, kaas oo 31 SNPs iyo 4 Indels loo aqoonsaday inay yihiin noocyo hidde-sideyaal soo noqnoqda.Marka la barbar dhigo 169 muunado oo laga keenay Wuhan iyo 81,391 taxanayaal genome oo tayo sare leh oo ku jira GISAID, 29 ka mid ah 35 nooc oo kala duwan ayaa laga helay qaaradaha kale.Waxaa xusid mudan, afar nooc oo ay ku jiraan ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 iyo T13243C, waxaa laga helay oo kaliya in ay joogaan Sichuan iyo Wuhan oo ay ka maqan yihiin xogta GISAID, taas oo muujinaysa in noocyadan ay aad ugu dhowdahay in laga keeno Wuhan, oo la kulma diiwaanka safarka ee bukaanka.
Falanqaynta korriinka oo leh habka ugu badan ee suurtogalka ah (ML) iyo hababka saacadaha molecular ee Bayesian ayaa lagu farsameeyay 88 fayraska cusub oo ka yimid Sichuan iyo 250 genome oo laga soo saaray gobollada kale.Genom-yada leh ∆500-532 (Deleration in Nsp1 codeing region) ayaa la helay iyagoo si aan badnayn ugu qaybsan geedka phylogenetic.Falanqaynta Haplotype ee noocyada Nsp1 ayaa aqoonsaday 5 ka mid ah magaalooyin badan.Natiijooyinkani waxay soo jeediyeen in ∆500-532 ay ka dhaceen magaalooyin badan lagana yaabo in dhowr jeer laga keeno Wuhan.
Jaantuska 2. Kala duwanaanshaha hidda-socodka ee soo noqnoqda iyo falanqaynta phylogenetic ee genomes-ka SARS-CoV-2
3. Ururka kala duwanaanshaha hidde-sideyaasha soo noqnoqda oo leh saameyn caafimaad
117 phenotypes caafimaad ayaa lala xiriiriyay darnaanta COVID-19, halkaas oo 19 dabeecadood oo la xiriira darnaanta loo kala saaray sifooyin daran iyo kuwo aan daran.Xidhiidhka u dhexeeya sifooyinkan iyo 35 nooc oo hidde-sideyaal ah oo soo noqnoqda ayaa lagu sifeeyay khariidadda kulaylka laba-kooxood.Falanqaynta kobcinta darajada GSEA-sida ayaa muujisay in ∆500-532 ay si xun ula xiriirto ESR, serum IFN-β iyo CD3+ CD8+ T unugyada dhiiga.Waxaa intaa dheer, baaritaanada qPCR waxay muujiyeen in bukaanada uu ku dhacay fayraska ∆500-532 ay lahaayeen qiimaha ugu sarreeya ee Ct, ie load fayraska ugu hooseeya.
Jaantus 3. Ururada 35 kala duwanaanshiyaha hidda-socodka ee soo noqnoqda oo leh astaamo caafimaad
4. Xaqiijinta isbeddelka fayraska ee la xidhiidha ifafaalaha bukaan-socodka
Si loo fahmo saamaynta ∆500-532 ee hawlaha Nsp1, unugyada HEK239T waxaa lagu beddelay plasmids muujinaya dherer buuxa, WT Nsp1 iyo foomamka mutant oo leh tirtirid.Qoraallada qoraalka ah ee unug kasta oo la daweeyay ee HEK239T ayaa loo habeeyey baadhista PCA-ga, taas oo muujinaysa in mutants-ka tirtiridda ay si aad ah uga duwan yihiin WT Nsp1.Hidde-sidayaasha si weyn loogu hagaajiyay mutants-yada ayaa inta badan lagu hodmay "peptide biosynthetic/metabolic process", "ribonucleoprotein complex biogenesis", "protein targeting to xuubka/ER", iwm.
Jaantuska 4. Falanqaynta qoraalka ee unugyada HEK239T oo ay ku wareejiyeen WT Nsp1 iyo in la tirtiro
Saamaynta tirtirka jawaabta IFN-1 ayaa sidoo kale lagu tijaabiyay daraasad aad u badan.Dhammaan tirtirida la tijaabiyay ayaa lagu muujiyay inay yareeyaan jawaab celinta IFN-1 ee unugyada HEK239T iyo A549 ee la beddelay ee heerka transcriptome iyo heerka borotiinka.Waxa xiisaha lihi leh, hiddo-wadaha si weyn hoos loogu dhigay ee tirtiridda ayaa lagu kobciyay "jawaab-celinta difaaca ee fayraska", "ku-noqoshada genome fayraska", "sharciga qoraalka RNA polymerase II" iyo "jawaabcelinta nooca I interferon".
Jaantuska 5. Nidaaminta hoose ee dariiqyada calaamadaha interferon ee ∆500-532 mutant
Daraasaddan, saamaynta tirtiristaas ay ku leedahay fayraska waxaa sii xaqiijiyay daraasadaha caabuqa fayraska.Fayrasyada leh mutants gaar ah ayaa laga soocay shaybaarada kiliinikada oo ay qaadeen unugyada Calu-3.Natiijooyinka faahfaahsan ee daraasadda caabuqa fayraska ayaa lagu akhriyi karaa warqadda.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
Tixraac
Lin J, Tang C, Wei H, iyo al.Korjoogteynta Genomic ee SARS-CoV-2 waxay daaha ka qaadaysaa kala duwanaanshiyaha tirtirka Nsp1 kaas oo wax ka beddelaya jawaabta interferon nooca I [J].Hoyga unugyada & microbe, 2021.
Warar iyo Qodobo Muhiim ah ujeedadeedu tahay in la wadaago kiisaskii ugu dambeeyay ee lagu guulaystey Teknolojiyadda Biomarker, qabashada guulaha sayniska ee cusub iyo sidoo kale farsamooyinka caanka ah ee lagu dabaqay daraasadda.
Waqtiga boostada: Jan-06-2022