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Fa'asologa o le RNA nucleus e tasi
O le aga'i i luma i le pu'eina o sela e tasi ma faiga fau faletusi ta'ito'atasi e tu'ufa'atasia ma le fa'asologa maualuga e mafai ai ona su'esu'eina fa'amatalaga o kenera i luga ole sela ma le sela.E mafai ai se su'esu'ega loloto ma atoatoa i luga o le faitau aofa'i o sela lavelave, lea e 'alo'ese ai le fa'amamaluina o lo latou fete'ena'i e ala i le ave'ese o sela uma.
Ae ui i lea, o nisi sela e le talafeagai ona faia e avea ma suspension e tasi-cell, o lea o isi metotia faʻataʻitaʻiga sauniuni - e manaʻomia le faʻaogaina o le nucleus mai tissues, o lona uiga, o le nucleus e sau saʻo mai le masini poʻo le cell ma saunia i totonu o le tasi-nucleus suspension mo le tasi- fa'asologa o sela.
BMK e tuʻuina atu le 10 × Genomics Chromium TM faʻavae tasi-cell RNA sequencing auaunaga.O lenei 'au'aunaga ua fa'aaogaina lautele i su'esu'ega i su'esu'ega fa'ama'i, e pei o le fa'avasegaina o le tino puipuia, tumo heterogeneity, fa'atupuina o le tino, ma isi.
Vaila'au fa'asologa fa'apitoa: 10× Genomics
Tulaga: Illumina NovaSeq Platform
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La'au/Manu Fa'asologa o Genome Atoa
O le toe fa'asologa atoa o le genome, lea e ta'ua o le WGS, e mafai ai ona fa'aalia uma suiga masani ma seasea i luga o le genome atoa e aofia ai le Nucleotide Polymorphism (SNP), Fa'aofiina o le Deletion (InDel), Structure variation (SV), ma Copy Number Variation (CNV). ).O SV e fausia ai se vaega tele o le fesuiaiga faavae nai lo SNPs ma e sili atu lona aafiaga i le genome, lea e iai sona aafiaga taua i meaola ola.O le toe faitauina umi-faitau e mafai ai ona iloa atili sa'o o vaega tetele ma fesuiaiga faigata aua o le faitau umi e faigofie ai ona sopoia le chromosomal i luga o vaega faigata e pei o le toe faia o le tandem, GC/AT-rich regions, ma le hyper-variable regions.
Fa'avae: Illumina, PacBio, Nanopore
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BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
O tusitusiga fa'afanua o lo'o tu i luma ole fa'asaienisi fa'afouga, fa'amalosia tagata su'esu'e e su'esu'e i fa'ata'ita'iga lavelave fa'aaliga o kenera i totonu o masini a'o fa'asaoina a latou fa'afanua fa'afanua.I le lotolotoi o tulaga eseese, BMKGene ua atiina ae le BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip, faʻamaualuga sefa'aleleia le iugafonoo le 5µM, e oʻo atu i le vaega pito i lalo, ma mafai aifa'atonuga fa'ai'uga fa'aopoopo.O le S1000 chip, o lo'o fa'aalia ai le tusa ma le 2 miliona fa'ailoga, e fa'aaogaina microwells fa'apipi'iina i lopa e tumu i va'a va'ava'a fa'ailoga pu'e su'ega.O se faletusi cDNA, fa'atamaoaigaina i fa'ailoga avanoa, ua saunia mai le S1000 chip ma mulimuli ane fa'asologa i luga o le Illumina NovaSeq platform.O le tu'ufa'atasiga o fa'ata'ita'iga fa'ailoga va'ava'ai ma UMI e fa'amautinoa ai le sa'o ma le fa'apitoa o fa'amaumauga na gaosia.O le uiga tulaga ese o le BMKManu S1000 chip o loʻo taoto i lona faʻaogaina, e ofoina atu faʻasologa faʻasologa e tele e mafai ona faʻaogaina lelei i masini eseese ma tulaga o auiliiliga.O le fetuutuuna'i lea e fa'atūina ai le pu o se filifiliga mata'ina mo su'esu'ega transcriptomics fa'amanino eseese, fa'amautinoaina le fa'aputuina fa'amanino ma sina pisa.
I le faʻaaogaina o le BMKManu S1000 chip ma isi faʻatekonolosi transcriptomics avanoa, e mafai ai e tagata suʻesuʻe ona maua se malamalamaga sili atu i le faʻalapotopotoga faʻapitoa o sela ma fesoʻotaʻiga mole mole lavelave o loʻo tutupu i totonu o masini, e maua ai faʻamatalaga taua i le faiga o loʻo faʻavaeina faʻagasologa o meaola i le tele o vaega, e aofia ai. oncology, neuroscience, developmental biology, immunology and botanical studies.
Fa'avae: BMKManu S1000 chip ma Illumina NovaSeq
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10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics ose tekonolosi fa'aonaponei e mafai ai e tagata su'esu'e ona su'esu'e fa'ata'ita'iga fa'aaliga o kenera i totonu o masini a'o fa'asaoina a latou fa'afanua fa'afanua.O le tasi tulaga mamana i lenei vaega o le 10x Genomics Visium faʻatasi ma le faʻasologa o le Illumina.O le mataupu faavae o le 10X Visium o loʻo taoto i luga o se vaʻa faʻapitoa faʻatasi ai ma se nofoaga e puʻeina e tuʻuina ai vaega o mea.O le vaega lea e pu'e ai o lo'o iai ni fa'ailoga fa'ailoga, e tutusa uma ma se nofoaga fa'apitoa fa'apitoa i totonu ole aano.O mole mole RNA na pu'eina mai le aano o lo'o fa'ailogaina i fa'amatalaga mole mole tulaga ese (UMIs) i le taimi o le fa'aliliuga fa'aliliuga.O nei fa'ailoga fa'ailoga ma UMI e mafai ai ona fa'ata'atia ma'oti fa'afanua ma fa'avasegaina o fa'amatalaga o kenera i se fa'ai'uga e tasi le sela.O le tu'ufa'atasiga o fa'ata'ita'iga fa'ailoga va'ava'ai ma UMI e fa'amautinoa ai le sa'o ma le fa'apitoa o fa'amaumauga na gaosia.I le faʻaaogaina o lenei Spatial Transcriptomics technology, e mafai ai e tagata suʻesuʻe ona maua se malamalama loloto atu i le faʻalapotopotoga faʻapitoa o sela ma fesoʻotaʻiga mole mole lavelave o loʻo tutupu i totonu o masini, e ofoina atu ai faʻamatalaga taua i le faʻaogaina o faiga faʻavae i le tele o vaega, e aofia ai le oncology, neuroscience, developmental biology, immunology. , ma su'esu'ega fa'ato'aga.
Fa'avae: 10X Genomics Visium ma Illumina NovaSeq
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MRNA Fa'asologa atoa-Nanopore
E ui o le NGS-faʻavae mRNA faʻasologa o loʻo avea o se meafaigaluega faʻapitoa mo le faʻatusatusaina o faʻamatalaga o kenera, o lona faʻalagolago i faitauga pupuu e faʻatapulaaina ai lona aoga i suʻesuʻega faʻasalalau lavelave.O le Nanopore sequencing, i le isi itu, e faʻaaogaina tekinolosi ua leva ona faitau, e mafai ai ona faʻasolosolo faʻasologa o tusitusiga mRNA atoa.O lenei faiga e faafaigofie ai se suʻesuʻega atoatoa o isi faʻaogaina, fusi o gene, poly-adenylation, ma le faʻatusatusaina o mRNA isoforms.
O le fa'asologa o le Nanopore e fa'alagolago ile nanopore tasi-molole fa'ailoga eletise taimi tonu.E taʻitaʻia e polotini afi, faʻapipiʻi faʻalua le DNA i polotini nanopore o loʻo faʻapipiʻiina i totonu o se biofilm, faʻamalolo aʻo ui atu i le auala nanopore i lalo o se eseesega voltage.O fa'ailoga eletise fa'apitoa e fa'atupuina e fa'avae 'ese'ese i luga o le strand DNA e iloa ma fa'avasegaina i le taimi moni, fa'afaigofie le fa'asologa sa'o ma fa'aauau le nucleotide.O lenei faiga fou e fa'ato'ilaloina tapula'a pu'upu'u faitau ma maua ai se fa'avae malosi mo su'esu'ega genomic lavelave, e aofia ai su'esu'ega transcriptomic lavelave.
Fa'avae: Nanopore Promethion P48
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MRNA fa'asologa atoa -PacBio
E ui o le fa'asologa o le mRNA fa'avae NGS ose meafaigaluega fa'apitoa mo le fa'atusatusaina o fa'amatalaga o kenera, o lona fa'alagolago i faitauga pupuu e fa'atapula'aina ai lona fa'aogaina i su'esu'ega fa'aliliuga lavelave.PacBio sequencing (Iso-Seq), i le isi itu, faʻaaogaina tekinolosi umi-faitau, e mafai ai le faʻasologa o tusitusiga mRNA atoa.O lenei faiga e faafaigofieina ai se su'esu'ega atoatoa o isi feso'ota'iga, fusuaga o gene ma poly-adenylation e ui e le'o le filifiliga muamua lea mo le fa'avasegaina o fa'amatalaga, ona o le maualuga o fa'amaumauga e mana'omia.
PacBio sequencing technology e fa'alagolago ile tasi-molole, ole taimi moni (SMRT), e maua ai se avanoa fa'apitoa i le pu'eina o tusitusiga mRNA atoa.O lenei faiga fou e aofia ai le faʻaogaina o le zero-mode waveguides (ZMWs), microfabricated wells e mafai ai le mataʻituina o le DNA polymerase gaioiga i le taimi o le faʻasologa.I totonu o nei ZMWs, o le PacBio's DNA polymerase e fa'apipi'iina se fusi fa'atasi o le DNA, fa'atupuina le umi o faitau e fa'atatau i le atoaga o tusitusiga mRNA.Fa'agaioiga PacBio ile Circular Consensus sequencing (CCS) mode e fa'aleleia ai le sa'o e ala ile fa'asolosolo fa'asolosolo ole mole tutusa.O le fa'atupuina o le HiFi faitau e iai le sa'o fa'atusa e fa'atusa i le NGS, e fa'aopoopo atili ai i se su'esu'ega atoatoa ma fa'atuatuaina o fa'amatalaga lavelave.Fa'avae: PacBio Sequel II
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Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
MRNA sequencing e faʻamalosia ai le faʻamalamalamaina atoatoa o tusitusiga mRNA uma i totonu o sela i lalo o tulaga faʻapitoa.O lenei tekonolosi fa'aonaponei e avea o se meafaigaluega malosi, fa'aalia fa'amatalaga lavelave fa'aaliga o kenera, fausaga o kenera, ma masini mole mole e feso'ota'i ma faiga fa'aola eseese.Fa'aaoga lautele i su'esu'ega fa'avae, su'esu'ega fa'afoma'i, ma le atina'eina o vaila'au, fa'asologa o le mRNA e maua ai fa'amatalaga i le lavelave o le fa'aogaina o le telefoni feavea'i ma le fa'atonutonuina o kenera.
Fa'avae: Illumina NovaSeq X
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Le fa'asinomaga fa'avae mRNA Sequencing-Illumina
MRNA sequencing e faʻamalosia ai le faʻamalamalamaina atoatoa o tusitusiga mRNA uma i totonu o sela i lalo o tulaga faʻapitoa.O lenei tekonolosi fa'aonaponei e avea o se meafaigaluega malosi, fa'aalia fa'amatalaga lavelave fa'aaliga o kenera, fausaga o kenera, ma masini mole mole e feso'ota'i ma faiga fa'aola eseese.Fa'aaoga lautele i su'esu'ega fa'avae, su'esu'ega fa'afoma'i, ma le atina'eina o vaila'au, fa'asologa o le mRNA e maua ai fa'amatalaga i le lavelave o le fa'aogaina o le telefoni feavea'i ma le fa'atonutonuina o kenera.
Fa'avae: Illumina NovaSeq X
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Fa'asologa umi e le fa'ailoga-Illumina
O RNA e le o fa'asinomaga umi (lncRNAs) o RNA e umi atu nai lo le 200 nucleotides e itiiti lava le mafai ona fa'aogaina ma o elemene taua i totonu ole RNA e le fa'ailogaina.O loʻo maua i totonu o le nucleus ma le cytoplasm, o nei RNA e taua tele i le epigenetic, transcriptional, ma le post-transcriptional tulafono faatonutonu, faʻamaonia lo latou taua i le faʻatulagaina o gaioiga feaveaʻi ma mole.LncRNA sequencing o se meafaigaluega mamana i Cell eseesega, Ontogenesis, ma faamaʻi Tagata.
Fa'avae: Illumina NovaSeq
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Laititi RNA fa'asologa-Illumina
Laiti RNA (sRNA) molelaʻau, e masani lava i lalo ole 200 nucleotides le umi, e aofia ai microRNAs (miRNAs), RNAs faʻalavelave laiti (siRNAs), ma piwi-interacting RNAs (piRNAs).Faatasi ai ma nei mea, miRNAs, e tusa ma le 20-24 nucleotides le umi, e sili ona mataʻina mo a latou matafaioi faʻatulafonoina i le tele o gaioiga feaveaʻi.Fa'atasi ai ma fa'ata'ita'iga fa'amatalaga fa'apitoa ma tulaga fa'apitoa, fa'aalia e miRNA le fa'asao maualuga i ituaiga eseese.
Fa'avae: Illumina NovaSeq
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circRNA fa'asologa-Illumina
O le fa'asologa o le RNA Circular (circRNA-seq) o le fa'ata'ita'iina ma le au'ili'ili o RNA li'o, o se vasega o molela'au RNA e fausia ai ni fa'amaufa'ailoga tapuni ona o mea e le fa'apipi'i fa'a-canonical, ma maua ai le fa'atuputeleina o nei RNA.E ui o nisi circRNAs ua faʻaalia e galue e pei o microRNA sponges, faʻapipiʻi microRNAs ma puipuia i latou mai le faʻatonutonuina o latou mRNA taulaʻi, o isi circRNAs e mafai ona fegalegaleai ma polotini, faʻaogaina le faʻaaliga o gene, pe iai ni matafaioi i gaioiga feaveaʻi.circRNA fa'amatalaga su'esu'ega e maua ai fa'amatalaga i matafaioi fa'atulafonoina o nei mole mole ma lo latou taua i le tele o gaioiga feavea'i, tulaga o le atina'e, ma tulaga o fa'ama'i, e saofagā i se malamalama loloto atu i le lavelave o tulafono faatonutonu a le RNA i le tulaga o le fa'aaliga o kenera.
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Fa'asologa o tusitusiga atoa - Illumina
O le fa'asologa atoa o tusitusiga e ofoina atu se auala fa'apitoa e fa'ailoa ai mole mole RNA 'ese'ese, e aofia uma ai le coding (mRNA) ma le RNA e le fa'amaonia (lncRNA, circRNA, ma le miRNA).O lenei metotia e pu'eina ai le transcriptome atoa o sela fa'apitoa i se taimi, e mafai ai ona maua se malamalama'aga atoa o gaioiga feavea'i.Ua lauiloa foi o le "total RNA sequencing," e faʻamoemoe e faʻaalia fesoʻotaʻiga faʻatonutonu lavelave i le transcriptome level, faʻataga ai suʻesuʻega loloto e pei o le tauvaga RNA endogenous (ceRNA) ma suʻesuʻega RNA faʻatasi.E fa'ailogaina le laasaga muamua i le fa'atinoina o galuega, aemaise i le fa'amalamalamaina o feso'ota'iga fa'atonutonu e aofia ai feso'ota'iga circRNA-miRNA-mRNA-fa'avae ceRNA.
