GENOME EVOLUTION
PNAS
O le amataga o le evolusione ma le tala faasolopito o le i'a auro (Carassius auratus)
PacBio |Ilumina |Bionano Genome Map |Hi-C Genome Assembly |Fa'afanua Genetic |GWAS |RNA-Seq
Fa'ailoga
1.Goldfish genome na toe faʻafouina i se faʻasalalauga maualuga maualuga, faʻamauina 95.75% o contigs i 50 pseudochromosomes (Scaffold N50 = 31.84 Mb).E lua subgenomes na motusia.
2. Genomic regions of selective sweeps during domestication na iloa mai le toe su'esu'eina o fa'amaumauga a tagata e 201, fa'aalia ai le sili atu i le 390 genes sui tauva e ono feso'ota'i ma uiga fa'afale.
3.GWAS i luga o le pito i tua i i'a auro fa'amanu na fa'aalia ai 378 genes sui e ono feso'ota'i.O se tusitala tyrosine-protein kinase na faailoaina o se sui tauva e mafua ai le gafa e fesootai ma le manino
Talaaga
O i'a auro (Carassius auratus) o se tasi lea o i'a fa'ato'aga sili ona taua, lea na fa'afaleina mai i le kapo crucian i Saina anamua.Na taʻua i latou e Charles Darwin e faapea "O le pasia o se lanu e toetoe lava a le iʻu, matou te feiloai ai ma suiga sili ona tulaga ese o le fausaga".O le tele o uiga eseese ma le tala'aga umi o le tausiga ma le fa'atupuina o i'a auro o se faiga fa'ata'ita'iga sili ona lelei mo i'a physiology ma le evolusione.
Ausia
Genome i'a auro
Jsu'esu'e su'esu'e o PacBio ma Illumina pa'aga fa'asologa fa'asologa o fa'amaumauga e maua ai se ulua'i fa'apotopotoga fa'ata'ita'iga 1.657 G (Contig N50=474 Kb).Bionano fa'afanua mata'utia na fa'atupuina ma fa'asa'o le fa'apotopotoga i le 1.73 Gb i le lapo'a (Tula'aiga genome tele: 1.8 Gb).O le fa'apotopotoga fa'avae Hi-C na fa'aleleia atili ai le fa'amanu N50 mai le 606 Kb i le 31.84 Mb ma maua ai le 95.75% (1.65 Gb) fa'atatau ma fa'atonu le fua fa'atatau.O le genome e aofia ai le 56,251 coding genes ma le 10,098 long non-coding transcript.E le gata i lea, e 38 vaega o le centromeric na valoia mai le 50 chromosomes.
Ata.1 I'a auro Genome
Tma'ea seti manino o subgenomes na iloa i le 50 chromosomes i'a auro na mafua mai i se mea na tupu anamua hybridization.O le seti o chromosomes e maualuga atu le vaega o faitau e fetaui i le va o i'a auro ma Barbinae na faauigaina o le subgenome A (ChrA01~A25), ie subgenome masani ia Barbinae, ma o totoe o le subgenome B (ChrB01~B25).
Faleaiga ma salu filifilia
Ale aofa'i o 16 ituaiga vao o crucian carps ma 185 sui sui auro i'a eseese na toe fa'atasi ma le loloto fa'asologa masani e tusa ma le 12.5X, fa'atupuina 4.3 terabases o fa'amaumauga.O le toe fa'aleleia o le Phylogenetic ma le su'esu'ega a le PCA na fa'amaonia ai se va'aiga vavalalata i le va o i'a auro masani ma le carp crucian nai lo isi i'a auro, lea na vaevaeina mulimuli i gafa e lua.
LD su'esu'ega pala i luga a'e fa la'ititi o lo'o lagolagoina le i ai o se fa'ama'i fa'atagata i le taimi o le fa'atosinaina ma le malosi o le filifiliga fa'aoga i i'a auro.O le fa'atupula'ia o le fa'atupuina (π) mai le crucian carp i le i'a auro masani e o'o atu i le Wen goldfish ma le Egg goldfish ua fa'ailoa mai ai le fa'aputuga tele o suiga fa'a kenera a'o latou fa'afaleina.50 salu filifilia eria genomic e aofia ai le 25.2 Mb ma le 946 genes na iloa mai faʻamatalaga faʻamatalaga (33 auro ma 16 crucian crap).Faʻalauteleina suʻesuʻega i 201 tagata, 393 genes na faʻaalia ai itulagi o le maeʻa filifilia o salu.O nei kenera na maua i le maualalo o le eseesega, lea e foliga mai e saofagā i faʻamaʻi e fesoʻotaʻi ma uiga faʻapitoa i totonu o iʻa auro.
Fig.3 Genome-lautele fa'afaleina o su'esu'ega fa'atatau
GWAS i i'a auro fa'ato'aga
DO le i'a auro o se vaega taua e fa'aeseese ai Wen i'a auro mai i'a auro fuamoa.O le GWAS o le dorsal fin i le 96 Wen goldfish ma le 87 Egg goldfish na faaalia ai le 378 genes sui ua salalau i chromosomes e 13 ma le le tutusa o le tufatufaina o nei kene i le va o subgenomes na matauina.O su'esu'ega fa'atino i nei kenera sui na fa'ailoa mai ai faiga fa'aola e aofia ai le "Cell surface receptor signaling", "Transmembrane transportation", "Skeletal system development", ma isi.
Ata.4 GWAS o le i'a auro fa'afale
In GWAS o uiga fa'atatau i fua fa'atatau, na maua ai se tumutumuga malosi e tasi.O se kenera e fa'apipi'i ai le tyrosine-protein kinase receptor na fa'ailoa i se tasi o sui tauva.
Ata 5 GWAS o uiga fa'atusa manino
Fa'asinomaga
Chen D et al.O le amataga o le evolusione ma le talafaasolopito o faleaiga o i'a auro (Carassius auratus).PNAS (2020)
Tala Fou e fa'atatau i le fa'asoaina atu o mataupu fa'amanuiaina lata mai i le Biomarker Technologies, fa'amauina o taunu'uga fa'asaienisi fa'apea fo'i ma auala iloga na fa'aaogaina i le taimi o le su'esu'ega.
Taimi meli: Ian-04-2022