GENOME RESEQUENCING Atoa
Fuafuaga fesuiaiga i le faitau aofaʻi o Saina ma lo latou aʻafiaga i faʻamaʻi, faʻamaʻi ma fetuutuunaiga o tagata
Nanopore |PacBio |Toe fa'asologa o genome atoa |Valaauga fesuia'iga fausaga
I lenei suʻesuʻega, Nanopore PromethION sequencing na saunia e Biomarker Technologies.
Fa'ailoga
I totonu o lenei suʻesuʻega, na faʻaalia ai se faʻafanua lautele o fesuiaiga faʻavae (SVs) i le genome o le tagata ma le fesoasoani o le umi-faitau faʻasologa i luga ole Nanopore PromethION platfrom, lea e faʻalauteleina ai le malamalama o SV i phenotypes, faʻamaʻi ma le evolusione.
Fuafuaga Fa'ata'ita'i
Fa'ata'ita'iga: Leukocytes toto pito i luga ole 405 tagata Saina e le'i feso'ota'i (206 ali'i ma 199 tama'ita'i) fa'atasi ai ma le 68 phenotypic ma fua fa'ata'ita'i.I totonu o tagata taʻitoʻatasi uma, o itulagi augatuaa o 124 tagata taʻitoʻatasi o itumalo i Matu, o i latou o 198 tagata i Saute, 53 i Saute Sisifo ma 30 e leʻi iloa.
Fuafuaga fa'asologa: Fa'asologa o le genome umi-faitau (LRS) atoa ma le Nanopore 1D faitau ma le PacBio HiFi faitau.
Fa'asologa fa'asologa: Nanopore PromethION;PacBio Sequel II
Valaauga Eseese Fausia
Ata 1. Fa'asologa o galuega ole SV vala'au ma fa'amama
Manuia Autu
Su'esu'ega suiga ma fa'amaoniaga
Nanopore dateset: I le aofaʻi o 20.7 Tb mama faitau faʻatupuina i luga ole PromethION sequencing platform, ausia se averesi o 51 Gb faʻamaumauga i le faʻataʻitaʻiga, tusa.17-papa le loloto.
Fa'asinomaga genome alignment(GRCh38): averesi fua faatatau faafanua o 94.1% na ausia.O le fua faatatau o mea sese (12.6%) sa tutusa ma se su'esu'ega fa'atatau muamua (12.6%) (Ata 2b ma le 2c)
Valaauga fesuiaiga o fausaga (SV): SV valaau i lenei suʻesuʻega e aofia ai Sniffles, NanoVar ma NanoSV.O SV fa'atuatuaina maualuga na fa'auigaina o SV na iloa e le itiiti ifo ma le to'alua tagata vala'au ma pasi fa'amama i le loloto, umi ma le itulagi.
O le averesi o le 18,489 (mai le 15,439 i le 22,505) maualuga-faʻatuatuaina SV na faʻaalia i faʻataʻitaʻiga taʻitasi.(Ata 2d, 2e ma le 2f)
Ata 2. Fa'afanua atoa o SVs ua fa'ailoa e Nanopore dataset
Fa'amaonia e PacBio: SV fa'ailoa ile tasi fa'ata'ita'iga(HG002, tama) na fa'amaonia e le PacBio HiFi fa'amaumauga.Ole aofa'iga ole su'esu'ega sese(FDR) e 3.2%, e fa'aalia ai se fa'amaoniga SV fa'atuatuaina e Nanopore faitau.
SV e le toe fa'atuputeleina ma fa'ailoga fa'a-genomic
SV e le toe fa'atupuina: O se seti o 132,312 SV e le'i toe fa'aaogaina na maua e ala i le tu'ufa'atasia o SV i fa'ata'ita'iga uma, lea e aofia ai le 67,405 DELs, 60,182 INS, 3,956 DUPs ma le 769 INVs.(Ata 3a)
Fa'atusatusaga ma fa'amaumauga SV o lo'o iai: Na fa'atusa lenei fa'amaumauga i fa'amaumauga TGS po'o NGS na lomia.I totonu o fa'amaumauga e fa fa'atusatusaina, LRS15, e na'o le pau lea o fa'amaumauga mai le fa'asologa o fa'asologa umi-faitau (PacBio) fa'asoaina le tele o feso'ota'iga ma lenei fa'amaumauga.E le gata i lea, 53.3% (70,471) o SV i totonu o lenei faʻamaumauga na lipotia mo le taimi muamua.I le va'ava'ai atu i ituaiga SV ta'itasi, o le aofa'i o INS toe maua ma fa'asologa fa'asologa umi-faitau na sili atu le tele nai lo isi fa'amatalaga pupuu, fa'aalia ai o le fa'asologa umi-faitau e sili ona lelei i le su'esu'eina o INS.(Ata 3b ma le 3c)
Ata 3. Meatotino o SV e le toe fa'aaogaina mo ituaiga SV ta'itasi
Fa'ailoga Genomic: Numera o SV na maua e matua fa'atasi ma le umi o le chromosome.Tufatufaina o kenera, toe fai, DELs(lanumeamata), INS(lanumoana), DUP(samasama) ma le INV(lanu moli) na faaalia i luga o se ata Circos, lea na matauina ai le faateleina lautele o le SV i le pito o lima chromosome.(Ata 3d ma le 3e)
Umi o SVs: Umi o INSs ma DELs na maua e matua pupuu nai lo DUPs ma INVs, lea na ioe i latou na faailoa mai e PacBio HiFi dataset.Le umi o SV uma ua fa'ailoa ua fa'aopoopoina i le 395.6 Mb, lea na nofoia ai le 13.2% o le genome atoa o tagata.O SV na a'afia ai le 23.0 Mb(pe tusa 0.8%) ole genome ile tagata ta'ito'atasi ile averesi.(Ata 3f ma le 3g)
Fa'atinoga, fa'ailoga fa'apitoa ma a'afiaga ile falema'i o SV
Fuafuaina le leiloa o galuega (pLoF) SVs: pLoF SVs na faʻamatalaina o SV fegalegaleai ma CDS, lea na tape ai nucleotides coding pe suia ORFs.I le aofaʻi o 1,929 pLoF SVs e aʻafia ai CDS o 1,681 genes na faʻamatalaina.I totonu o na mea, 38 genes na faʻamaonia le "immunoglobulin receptor binding" i le GO suʻesuʻega faʻatamaoaigaina.O nei pLoF SVs na faʻamatalaina atili e GWAS, OMIM ma COSMIC, i le faasologa.(Ata 4a ma le 4b)
Phenotypically ma falema'i talafeagai SVs: O se numera o SV i nanopore dataset na faʻaalia e phenotypically ma falemaʻi talafeagai.O se DEL heterozygous seasea o le 19.3 kb, ua iloa e mafua ai le alpha-thalassemia, na faailoaina i ni tagata se toatolu, lea na faaletonu ai kenera o le Hemoglobin Subunit Alpha 1 ma le 2 (HBA1 ma le HBA2).O le isi DEL o le 27.4 kb ile gene coding Hemoglobin Subunit Beta(HBB) na fa'ailoa i se isi tagata.O lenei SV na iloa e mafua ai le hemoglobinopathies tuga.(Ata 4c)
Ata 4. pLoF SVs e feso'ota'i ma phenotypes ma fa'ama'i
O se DEL masani o le 2.4 kb na matauina i le 35 homozygous ma le 67 heterozygous carriers, lea e aofia ai le vaega atoa o le 3rd exon o le Growth Homone Receptor (GHR).Na maua le pu'upu'u tele o va'ava'a fa'afeusua'i nai lo mea fa'afeusua'i(p=0.033).(Ata 4d)
E le gata i lea, o nei SV sa fa'agasolo mo su'esu'ega fa'aletausaga o le faitau aofa'i i le va o vaega fa'aitulagi e lua: North ma South China.O SVs eseese iloga na maua na tufatufaina i Chr 1, 2, 3, 6,10,12,14 ma 19, i totonu, o le pito i luga na fesoʻotaʻi ma vaega faʻamaʻi, e pei o le IGH, MHC, ma isi. E talafeagai le taumateina o le 'ese'esega i nei SV e ono mafua mai i le fa'atupuina o le kenera ma fa'amata'u umi i si'osi'omaga 'ese'ese mo tama'i tagata i Saina.
Fa'asinomaga
Wu, Zhikun, et al."Vaega faʻavae i le faitau aofaʻi o Saina ma o latou aʻafiaga i faʻamaʻi, faʻamaʻi ma fetuunaiga o tagata."bioRxiv(2021).
Tala Fou ma Mea Taua e fa'atatau i le fa'asoaina atu o mataupu fa'amanuiaina lata mai i le Biomarker Technologies, fa'amauina o taunu'uga fa'asaienisi fou fa'apea fo'i ma auala iloga na fa'aogaina i le taimi o su'esu'ega.
Taimi meli: Ian-06-2022