GENOME EVOLUTION
natura
FESOOTAIGA
O fa'asologa o Genome e fa'aalia ai ala ta'ape i le lalolagi atoa ma fa'ailoa mai ai suiga fa'atupu fa'atasi i le evolusione o le solofanua
PacBio |Ilumina |Talofa-C |WGS |Ituaiga Eseese |Tala fa'asolopito o tagata |Fa'asolo o Kene
O le Pacbio sequencing, genome de novo fa'apotopotoga ma fa'amatalaga fa'amatalaga na saunia e Biomarker Technologies.
Fa'ailoga
1.O se solofanua maualuga chromosome-level seahorse (Hippocampus erectus) genome ma contig N50 o le 15.5 Mb na maua.
2. O le aofa'i o 358 genomes mai le lalolagi atoa 21 seahorse species na toe fa'asologa.
3. Seahorse na tupu a'e i le tuai o Oligocene ma mulimuli ane ala fa'ato'a fa'anofoina i le lalolagi atoa ua fa'ailoa ma feso'ota'i atu i suiga suiga i au o le vasa ma avanoa paleotemporal seaway.
4. O le fa'avae fa'atupu o le fa'asologa fa'asolosolo "po'o ivi" fetuutuuna'i phenotype e feso'ota'i atu i suitulaga tuto'atasi i se ga'o atina'e autu.
5. Rafting e ala i au o le sami e totogi ai le leaga o le ta'ape ma le vave fetuutuunai e faafaigofie ai le nofoia o nofoaga fou.
Ausia
Ata. 1 Tulaga eseese ma so'otaga filogeneti o fa'ata'ita'iga o solofanua e 358.
aFa'afanua fa'afanua mo su'asami fa'ata'ita'iina ma fa'ata'ita'iga o le nucleotide diversity (π) o le 21 ituaiga o solofanua i le 22 chromosomes.b La'au tuaoi fausia i genome-lautele SNPs 358 seahorses.Fa'ailoga pine o le nofoaga i le (a) ma le pito i tua o le lala i le (b) e fetaui le tasi ma le isi.
Ata 2 Fa'apulega ma tala fa'asolopito o solofanua
aLa'au phylogenetic ma taimi eseese e fa'atatau mo le 21 ituaiga o solofanua.O le mafiafia o laina lala e fetaui ma le faitau aofaʻi o tagata (Ne) ma lanu e faʻaalia ai gafa eseese.O fa'ailoga I-III o lo'o fa'ailoa mai ai tulaga fa'avasega.b–d Va'aiga ala fa'anofoia (au lanu) o solofanua sami e fa'atatau i taimi e 'ese'ese ai, fa'asoa, mea na tutupu fa'atasi, ma au o le sami (aū pa'epa'e).b O le Atumotu o Inito-Australian o le ogatotonu lea na tupuga mai ai (fa'ailoga mumu) o le ituaiga Hippocampus a'o le'i fa'avasega ma ta'ape solo solofanua i le lalolagi atoa 18–23 Ma.O solofanua na muai nofoia le Vasa Atelani e ala i le vasa o Tethyan tatala, lea, ina ua uma ona tapunia (Terminal Event i le 7–13 Ma), na vavaeeseina ai lenei gafa Tethyan mai lona gafa tuafafine o le Vasa Initia.O le vaega mulimuli, na vave ona fa'a'ese'ese (fa'ailoga samasama) i le Sami Arapi, ma fa'atūina ai se nofoaga lona lua o le fa'avasegaina o solofanua.d O se mea lona lua o le nofoia o solofanua i le Vasa Atelani na tupu mai i le Vasa Initia e tusa ma le 5Ma e ala i le pasia o le pito i Aferika i Saute, ma iu ai ina taunuu i le Vasa Pasefika i Sasae e ala atu i le sami o Panama matala pe tusa ma le 3.6 Ma.
Ata. 3 Fa'asolo o kenera ma fe'au eseese i le aofa'i lelei o le faitau aofa'i
aUa iloa le tafe o kene i le va o ituaiga o lo'o nonofo i le Vasa Atelani i Saute.O lo'o fa'aalia le tafega o kenera lata ane i laina papa'e e pei ona to'esea e le G-PhoCS le fua faatatau o femalagaiga.O le mafiafia ma le itu o aū e fetaui ma fua faatatau ma le itu o le tafe o kene, i le faasologa.e Fesuia'i i le aofa'i lelei o le faitau aofa'i e le PSMC.O le x axis o lo'o fa'atusalia ai le taimi i tausaga a'o le'i iai a'o le y axis o lo'o fa'atusalia le aofa'i lelei o le faitau aofa'i.O siata o lo'o fa'atulagaina e fa'atatau i le fa'asoa fa'afanua mo ituaiga ta'itasi ma vaega eseese o le tufatufaina.i Suiga o le suasami ile 1 miliona tausaga ua tuana'i ile mita33.O le laina samasama o lo'o fa'ailoa mai ai le pito i luga ole va'aiga o le lalolagi atoa ae o le paolo o le cyan o lo'o fa'ailoa mai ai le vaitaimi aupito maualuga ole glacial mulimuli.
Ata 4 O le tuputupu a'e o tui.
aTauagavale, Laau o ituaiga o lo'o fa'aalia le fa'atupuina tuto'atasi o tui i solofanua.Ole umi ole lala e fa'ailoa ai le aofa'i o suiga ile nofoaga.E fa ituaiga o seahorse e fa'ailogaina i le lanumoana.O lala mafiafia e fetaui ma le maualuga o fua faatatau o le suitulaga e le tutusa-i-sinonymous (dN/dS) mo gene bmp3.O su'ega fa'akomepiuta a McDonald ma Kreitman (MKT) mo le bmp3 gene na faia mo ituaiga tuafafine e tolu fa'alua fa'atasi ai ma uiga 'ese'ese ma fa'ailoga e fa'ailoa mai e lanu o tua, o lona tulaga taua na fa'aalia i le tau o le lanu moana ma le mumu.Taumatau, fa'atusatusaga o su'iga amino acid i le porotini bmp3, polymorphic ma su'iga fa'amau i solofanua va'a o lo'o fa'aalia i li'o mumu ma le lanumoana.b Tufatufaina o tau o le dN/dS i le bmp3 i sea solofanua pe a faatusatusa i ituaiga e le ninii.c Tuto'atasi evolusione i le phylogenetic laau toe fausia mo le polotini ua fa'ailogaina e bmp3.d Fa'ato'atoa-mauga i le tulaga fa'afefiloi ole bmp3 ile Hippocampus erectus.
Fa'asinomaga
Li C et al.O fa'asologa o Genome e fa'aalia ai ala ta'ape i le lalolagi atoa ma fa'ailoa mai ai suiga fa'atupu fa'atasi i le evolusione o le solofanua.Nat Commun.2021 Fep 17;12(1):1094.
Tala Fou ma Mea Taua e fa'atatau i le fa'asoaina atu o mataupu fa'amanuiaina lata mai i le Biomarker Technologies, fa'amauina o taunu'uga fa'asaienisi fou fa'apea fo'i ma auala iloga na fa'aogaina i le taimi o su'esu'ega.
Taimi meli: Ian-06-2022