Faatusatusa Genomics
Tulaga Auaunaga
● A'oa'oga fa'apitoa, o lo'o iai su'esu'ega e valu e masani ona mana'omia
● Fa'atuatuaina maualuga i au'ili'iliga fa'atasi ai ma fa'amatalaga au'ili'ili ma faigofie ona malamalama i taunu'uga
● Fuainumera ua saunia lelei e lomia
● E fa'ataunu'uina e le au bioinformatics tomai fa'apitoa mana'oga su'esu'ega fa'apitoa
● Pu'upu'u le taimi fa'aliliu ma maualuga le sa'o i au'ili'iliga
● Tele le poto masani i le sili atu i le 90 mataupu manuia ma le faʻaputuina o aʻafiaga o aʻafiaga e silia ma le 900
Fa'amatalaga Auaunaga
| Fa'atatau le taimi e liliu ai | Numera o ituaiga | Iloiloga |
| 30 aso faigaluega | 6 - 12 | Fa'aputuga aiga o kene Fa'ateleina ma fa'aiti'itia le aiga o kene Fausia laau phylogenetic Fuafuaga ole taimi ole eseesega LTR taimi fa'aofi (Mo la'au) Fa'aluaina atoa le genome (Mo la'au) Omiga filifilia Su'esu'ega o le Synteny |
Bioinformatics su'esu'ega
● Aiga o Gene
● Phylogenetics
● Taimi eseese
● Omiga filifilia
● Su'esu'ega o le Synteny
Fa'ata'ita'iga Mana'oga ma le Tu'uina atu
Fa'ata'ita'iga Mana'oga:
Tisu po'o le DNA mo le fa'asologa o le genome ma le fa'apotopotoga
Mo Tisu
| Ituaiga | Tisu | Su'esu'ega | PacBio CCS |
| Manu | Ti'au visceral | 0.5 ~ 1g | ≥ 3.5g |
| O maso maso | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5.0mL | |||
| toto manumanu | |||
| ≥ 0.5mL | |||
| Toto moa/I'a | |||
| Totō | Laulaau fou | 1 ~ 2g | ≥ 5.0g |
| Petala/A'au | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
| A'a/Fua | 1 ~ 2g | ≥ 20.0g | |
| sela | sela fa'aleaganu'u | - | ≥ 1 x 108 |
Fa'amaumauga
Genome sequence files(.fasta) ma faʻamatalaga faʻamatalaga (.gff3) o ituaiga vavalalata vavalalata
Auala o Galuega Au'aunaga
Fa'ata'ita'iga mamanu
Fa'ata'ita'iga tu'uina atu
Fauga faletusi
Fa'asologa
Iloiloga fa'amaumauga
Au'aunaga pe a uma ona fa'atau
*O fa'ai'uga fa'ata'ita'i o lo'o fa'aalia iinei e mai genomes na lomia fa'atasi ma Biomarker Technologies
1.LTR fa'aofi taimi fa'atatau: O le fa'atusa na fa'aalia ai se tufatufa tu'ufa'atasi bimodal i taimi fa'aofi LTR-RTs i Weining rye genome, fa'atusatusa i isi ituaiga.O le pito sili ona lata mai na aliali mai ile 0.5 miliona tausaga talu ai.
Li Guang et al.,Natura Genetics, 2021
2. Phylogeny and gene family analysis on chayote (Sechium edule): E ala i le suʻesuʻeina o chayote ma isi ituaiga e 13 e fesoʻotaʻi i totonu o le aiga gene, na maua ai le Chayote e sili ona vavalalata ma le gourd (Trichosanthes anguina).Chayote na maua mai le gata gata ile 27-45 Mya ma le genome duplication (WGD) atoa na matauina ile chayote ile 25±4 Mya, o le lona tolu WGD mea na tupu i cucuibitaceae.
Fu A et al.,Su'esu'ega Fa'ato'aga, 2021
3. Su'esu'ega Synteny: O nisi genes e feso'ota'i ma phytohormones i le atina'eina o fuala'au 'aina na maua i le chayote, gata gourd ma le maukeni.O le fa'amaopoopo i le va o le chayote ma le squash e maualuga teisi nai lo le va o le chayote ma le gata.
Fu A et al.,Su'esu'ega Fa'ato'aga, 2021
4.Gene su'esu'ega o aiga: KEGG fa'atamaoaigaina i luga o le fa'alauteleina o le aiga ma le fa'aitiitiga i G.thurberi ma G.davidsonii genomes na fa'aalia ai le fa'alauteleina o kenera e feso'ota'i ai le biosynthesis steroid ma le brassinosteroid biosynthesis.
Yang Z et al.,BMC Biology, 2021
5.A'ili'iliga fa'aluaina o le genome atoa: 4DTV ma Ks fa'asoasoaina su'esu'ega fa'aalia le fa'asologa atoa o le fa'asologa o le genome.O tumutumu o intraspecies o lo'o fa'aalia mea fa'alua.O tumutumu o interspecies ua fa'aalia mea fa'apitoa.O le au'ili'iliga na fa'ailoa mai ai o le fa'atusatusaina ma isi ituaiga e tolu e feso'ota'i vavalalata, o le O. europaea na uia se fa'asologa tele o kenera talu ai nei.
Rao G et al.,Su'esu'ega Fa'ato'aga, 2021
BMK mataupu
Rose e aunoa ma se tui: faʻamatalaga genomic e fesoʻotaʻi ma fetuunaiga susu
Lolomiina: Iloiloga Faasaienisi a le Atunuu, 2021
Fuafuaga fa'asologa:
'Basye'sLe matuitui' (R.Wichurainan) genome:
Pe tusa.93 X PacBio + pe tusa.90 X Nanopore + 267 X Illumina
I'uga autu
1. High quality R.wichuraiana genome na fausia e fa'aaoga ai metotia fa'asologa umi-faitau, lea e maua ai se fa'apotopotoga o le 530.07 Mb (Fa'atatau le tele o le genome e tusa ma le 525.9 Mb i le cytometry tafe ma le 525.5 i le su'esu'ega genome; Heterozygosity e tusa ma le 1.03%).E 93.9% le togi fa'atatau a le BUSCO.Faʻatusatusa i le "Old blush" (haploOB), o le lelei ma le atoatoa o lenei genome na faʻamaonia e ala i le saʻo faʻavae tasi ma le LTR faʻapotopotoga faʻapotopotoga (LAI = 20.03).R.wichuraiana genome e 32,674 protein coding genes.
2. Multi-omics suʻesuʻega faʻatasi, e aofia ai faʻatusatusa genomics, transcriptomics, suʻesuʻega QTL o le faitau aofaʻi o tagata, na faʻaalia ai le taua tele i le va o R. wichuraiana ma Rosa chinensis.E le gata i lea, o le fesuiaiga o faʻamatalaga o kenera e fesoʻotaʻi i le QTL e foliga mai e fesoʻotaʻi ma le faʻataʻitaʻiina o meaʻai.
Fa'atusatusaga su'esu'ega genomics i le va o Basye;s Thornless ma Rosa chinensis e aofia ai su'esu'ega synteny, fuifui gafa o le aiga, fa'alauteleina ma su'esu'ega fa'aitiitia, fa'aalia ai le tele o fesuiaiga, e feso'ota'i ma uiga taua i rosa.O le faʻalauteleina tulaga ese i le NAC ma FAR1 / FRS gene aiga e foliga mai e fesoʻotaʻi ma le tetee i le lanu uliuli.
Fa'atusatusaga su'esu'ega genomics i le va o genoms BT ma haploOB.
Zhong, M. , et al."Rose e aunoa ma se tui: faʻamatalaga genomic e fesoʻotaʻi ma le susū fetuunaiga"Iloiloga Faasaienisi a le Atunuu, 2021;, nwab092.
