Bulked Segregant auiliiliga
Tulaga Auaunaga
Takagi et al., The plant journal, 2013
● Fa'asinomaga sa'o: Fa'afefiloi fa'aputu ma le 30 + 30 i le 200 + 200 tagata ta'ito'atasi e fa'aitiitia ai le pisa i tua;e le-snonymous mutatants-faavae sui tauva itulagi vavalo.
● Au'ili'iliga fa'apitoa: Fa'amatalaga o galuega fa'atupu a le sui tauva, e aofia ai le NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, ma isi.
● Taimi fa'aliliu vave: Fa'asao vave o kene i totonu ole 45 aso faigaluega.
● Tele poto masani: BMK ua saofagā i le faitau afe o uiga localization, e aofia ai ituaiga eseese e pei o laau toto, oloa vai, vaomatua, fugalaau, fualaau aina, ma isi.
Fa'amatalaga Auaunaga
faitau aofa'i:
Tu'ufa'atasia fanau a matua ma fa'ailoga fa'afeagai.
fa'ata'ita'iga F2 fanau, Fa'asaga i tua (BC), Laina fa'atupu fa'atasi (RIL)
Fa'afefiloi vaita'ele
Mo uiga lelei: 30 i le 50 tagata (la'ititi 20)/tele
Mo fa'asologa fa'afuainumera: pito i luga 5% i le 10% tagata ta'ito'atasi o lo'o iai ni fa'ailoga mata'utia i le faitau aofa'i atoa (la'ititi 30+30).
Fautuaina le loloto o le fa'asologa
Le itiiti ifo i le 20X/matua ma le 1X/fanau ta'ito'atasi (fa'ata'ita'iga mo le vaita'ele fa'afefiloi o fanau e 30+30 tagata ta'ito'atasi, o le loloto o le fa'asologa o le a 30X i le tele)
Bioinformatics su'esu'ega
● Fa'asologa o genome atoa
● Fa'asologa o fa'amaumauga
● SNP/Indel valaau
● Su'ega a sui tauva
● Fa'amatalaga o gaioioiga a sui tauva
Fa'ata'ita'iga Mana'oga ma le Tu'uina atu
Fa'ata'ita'iga Mana'oga:
Nucleotides:
| gDNA fa'ata'ita'iga | Tisu fa'ata'ita'iga |
| Fa'atonuga: ≥30 ng/μl | La'au: 1-2 g |
| Aofa'i: ≥2 μg (Volumn ≥15 μl) | Manu: 0.5-1 g |
| Mama: OD260/280= 1.6-2.5 | Toto atoa: 1.5 ml |
Auala o Galuega Au'aunaga
Fa'ata'ita'iga mamanu
Fa'ata'ita'iga tu'uina atu
RNA su'ega
Fauga faletusi
Fa'asologa
Iloiloga fa'amaumauga
Au'aunaga pe a uma ona fa'atau
1. Fa'avae su'esu'ega fa'atasi ile Euclidean Distance (ED) e fa'ailoa ai sui tauva.I le ata lea
X-axis: Numera Chromosome;O togi ta'itasi e fa'atusalia ai se tau ED o se SNP.Ole laina uliuli e fetaui ma le tau fa'atatau ED.Ole maualuga ole tau ole ED e fa'aalia ai se feso'ota'iga sili atu ona taua i le va o le saite ma le phenotype.Laina fa'ailoga lanumumu e fa'atusalia ai le faitoto'a o feso'ota'iga taua.
2.Su'esu'ega fa'atasi e fa'avae leai se SNP-index
X-axis: Numera Chromosome;O togi ta'itasi e fa'atusalia le tau SNP-index.O le laina uliuli e tu mo le faʻaogaina SNP-index tau.O le tele o le tau, o le sili atu ona taua o le mafutaga.
BMK mataupu
Ole a'afiaga tele ole locus Fnl7.1 o lo'o fa'ailogaina ai se polotini tele embryogenesis tuai e feso'ota'i ma le umi ole ua i le kukama.
Lolomiina: La'au Biotechnology Journal, 2020
Fuafuaga fa'asologa:
Matua (Jin5-508, YN): Genome atoa resequencing mo 34x ma le 20x.
O vaitaele DNA (50 U'a-umi ma 50 ua pu'upu'u): Fa'asologa mo le 61x ma le 52x.
I'uga autu
I lenei suʻesuʻega, o le vavaeeseina o le faitau aofaʻi (F2 ma le F2: 3) na faʻatupuina e ala i le sopoia o laina kukama umi-ua Jin5-508 ma YN puʻupuʻu.E lua vaitaele DNA na fausia e le 50 tagata tino uumi ua ma le 50 tagata tino pupuu.O a'afiaga tele QTL na fa'ailoa ile Chr07 ile su'esu'ega a le BSA ma fa'afanua QTL masani.O le itulagi sui na fa'apu'upu'u i lalo e ala i fa'afanua lelei, fa'avasegaga fa'amatalaga o gene ma su'ega transgenic, lea na fa'aalia ai le kenera autu i le puleaina o le umi-ua, CsFnl7.1.E le gata i lea, o le polymorphism i le CsFnl7.1 promoter region na maua e fesoʻotaʻi ma faʻamatalaga tutusa.O isi su'esu'ega filogeneti na fautua mai ai o le nofoaga Fnl7.1 e foliga mai e afua mai Initia.
 QTL-fa'afanua ile su'esu'ega a le BSA e fa'ailoa ai sui tauva e feso'ota'i ma le umi ole ua o le kukama |  LOD fa'amatalaga o kukama ua-umi QTL fa'ailoa ile Chr07 |
Xu, X. , et al."O le tele-aafiaga quantitative trait locus Fnl7.1 e faʻamaonia ai le tuai o le embryogenesis tele polotini e fesoʻotaʻi ma le umi o le ua i le kukama."La'au Biotechnology Journal 18.7(2020).
