Bacteria Complete Genome
Tulaga Auaunaga
● Ta'iala fa'asologa e tele e avanoa mo sini su'esu'e eseese
● Bakteria fa'ato'a genome ma 0 Gap fa'amaonia.
● E sili atu le poto masani i le faʻapotopotoga o siama siama ma sili atu i le 10,000 genome atoatoa ua faʻapipiʻiina.
● Tomai fa'apolofesa ina ua uma ona fa'atau atu 'au lagolago fa'apitoa fa'amalieina mana'oga fa'apitoa su'esu'ega.
Fa'amatalaga Auaunaga
| Fa'asologaFuafuaga | Faletusi | Tulaga mautinoa | Fa'atatau le taimi e liliu ai |
| Nanopore 100X + Illumina 50X | Nanopore 20K PE150 | 0 Ava | 30 Aso |
| PacBio HiFi 30X | PacBio 10K |
Bioinformatics su'esu'ega
● Pulea lelei o fa'amaumauga mata'utia
● Genome assembly
● Su'esu'ega vaega o le Genome
● Fa'amatalaga galuega o kene
● Su'esu'ega genomic fa'atusatusa
Fa'ata'ita'iga Mana'oga ma le Tu'uina atu
Fa'ata'ita'iga Mana'oga:
MoDNA extracts:
| Ituaiga Fa'ata'ita'i | Aofaiga | Fa'atotonuga | Mama |
| DNA extracts | 2 μg | + 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Mo faʻataʻitaʻiga o mea'ai:
| Fa'ata'ita'iga ituaiga | Fautuaina fa'ata'ita'iga togafitiga | Fa'ata'ita'iga teuina ma uta |
| siama | Mata'ituina siama i lalo ole microscope ma aoina siama ile la'asaga fa'atele Fa'afeiloa'i le aganu'u siama (o lo'o iai sela 3-4.5e9) i totonu o se eppendorf 1.5 po'o le 2 ml.(Tuu i luga ole aisa) Centrifuge le paipa mo le 1 min i le 14000 g e aoina ai siama ma aveese ma le faaeteete le supernatant Faamaufa'ailoga le paipa ma fa'a'aisa le siama i le fa'asusu vai mo le itiiti ifo i le 30 min.Teu le paipa ile -80 ℃ pusaaisa. | Fa'a'aisa fa'ata'ita'iga ile sua vai mo le 3-4 itula ma teu ile fa'asusu vai po'o le -80 tikeri ile fa'aagaga umi.E manaʻomia le faʻataʻitaʻiga o felauaiga ma le aisa mago. |
Auala o Galuega Au'aunaga
Fa'ata'ita'iga tu'uina atu
Fauga faletusi
Fa'asologa
Iloiloga fa'amaumauga
Au'aunaga pe a uma ona fa'atau
1.Circos o siama genome
2.Coding gene vavalo
3. Fa'atusatusaga su'esu'ega genomics: phylogenetic tree
