Sekvenciranje celotnega transkriptoma – Illumina
Lastnosti
● Dvojna knjižnica za zaporedje celotnega transkriptoma: izčrpanost rRNA, ki ji sledi priprava knjižnice PE150 in izbira velikosti, ki ji sledi priprava knjižnice SE50
● Popolna bioinformatska analiza mRNA, lncRNA, circRNA in miRNA v ločenih bioinformatičnih poročilih
● Skupna analiza vse ekspresije RNA v kombiniranem poročilu, vključno z analizo omrežij ceRNA.
Prednosti storitve
●Poglobljena analiza regulativnih omrežij: analiza mreže ceRNA je omogočena s skupnim sekvenciranjem mRNA, lncRNA, circRNA in miRNA ter z izčrpnim bioinformacijskim potekom dela.
●Izčrpna pripomba: uporabljamo več baz podatkov za funkcionalno označevanje diferencialno izraženih genov (DEG) in izvedbo ustrezne obogatitvene analize, ki zagotavlja vpogled v celične in molekularne procese, na katerih temelji odziv transkriptoma.
●Obsežno strokovno znanje: z zgodovino uspešnih zaključkov več kot 2000 projektov celotnega transkriptoma na različnih raziskovalnih področjih naša ekipa v vsak projekt vnaša bogate izkušnje.
●Stroga kontrola kakovosti: izvajamo ključne kontrolne točke v vseh fazah, od priprave vzorca in knjižnice do sekvenciranja in bioinformatike.To natančno spremljanje zagotavlja zagotavljanje dosledno visokokakovostnih rezultatov.
● Izčrpna opomba: uporabljamo več baz podatkov za funkcionalno označevanje diferencialno izraženih genov (DEG) in izvedbo ustrezne obogatitvene analize, ki zagotavlja vpogled v celične in molekularne procese, na katerih temelji odziv transkriptoma.
●Poprodajna podpora: Naša zaveza sega preko zaključka projekta s 3-mesečnim obdobjem poprodajnih storitev.V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in srečanja z vprašanji in odgovori za obravnavo kakršnih koli vprašanj v zvezi z rezultati
Zahteve za vzorce in dostava
| Knjižnica | Strategija zaporedja | Priporočeni podatki | Kontrola kakovosti |
| rRNA osiromašena | Ilumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85 % |
| Izbrana velikost | Ilumina SE50 | 10-20M branja |
Vzorčne zahteve:
Nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistost | Integriteta |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je prikazana omejena ali nikakršna kontaminacija beljakovin ali DNK. | Rastline: RIN≥6,5 Žival: RIN≥7,0 5,0≥28S/18S≥1,0; omejena ali brez osnovne višine |
Priporočena dostava vzorcev
Vsebnik:
2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina + ponovitev, npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Pošiljka:
1. Suhi led: Vzorce je treba zapakirati v vrečke in zakopati v suhi led.
2. Epruvete stabilne RNA: vzorce RNA lahko posušite v epruveti za stabilizacijo RNA (npr. RNAstable®) in jih pošljete pri sobni temperaturi.
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Ekstrakcija RNA
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Bioinformatika
Pregled ekspresije RNA
Diferencialno izraženi geni
analiza ceRNA
Diferencialno izražene miRNA in sorodne RNA
Raziščite raziskovalni napredek, ki ga omogočajo storitve sekvenciranja celotnega transkriptoma BMKGene prek izbrane zbirke publikacij.
Dai, Y. et al.(2022) 'Obsežni ekspresijski profili mRNA, lncRNA in miRNA pri Kashin-Beckovi bolezni, identificirani s sekvenciranjem RNA', Molecular Omics, 18(2), str. 154–166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) „Analiza transkriptomov celotne dolžine mraza Apis cerana v gori Changbai v obdobju prezimovanja.“, Gene, 830, str. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al.(2022) 'Multi-Omics Integration-Based Prioritization of Competing Endogenous RNA Regulation Networks in Small Cell Lung Cancer: Molecular Characteristics and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, str.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) 'Integrirana analiza ekspresijskih profilov lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA razkriva nove vpoglede v možne mehanizme kot odziv na ogorčice koreninskih vozlov v arašidih', BMC Genomics, 23(1), str. 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/SLIKE/7.
Yan, Z. et al.(2022) 'Sekvenciranje RNK celotnega transkriptoma poudarja molekularne mehanizme, povezane z vzdrževanjem kakovosti po žetvi v brokoliju z rdečim LED obsevanjem', Postharvest Biology and Technology, 188, str.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
