Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Podrobnosti storitve
Tehnična shema
Potek dela
Prednosti storitve
Visoka učinkovitost odkrivanja markerjev- Visokozmogljiva tehnologija sekvenciranja pomaga SLAF-Seq pri odkrivanju sto tisoč oznak v celotnem genomu.
Majhna odvisnost od genoma- Uporablja se lahko za vrste z ali brez referenčnega genoma.
Fleksibilna zasnova sheme- Prebava z enim encimom, z dvema encimoma, z več encimi in različnimi vrstami encimov, vse je mogoče izbrati za različne raziskovalne cilje ali vrste.Predhodna ocena in silico se uporablja za zagotovitev optimalne zasnove encimov.
Učinkovita encimska prebava- Predposkus je bil izveden za optimizacijo pogojev, zaradi česar je formalni poskus stabilen in zanesljiv.Učinkovitost zbiranja fragmentov lahko doseže več kot 95 %.
Enakomerno porazdeljene oznake SLAF- Oznake SLAF so v največji meri enakomerno porazdeljene po vseh kromosomih in v povprečju dosegajo 1 SLAF na 4 kb.
Učinkovito izogibanje ponovitvam- Ponavljajoče se zaporedje v podatkih SLAF-Seq je zmanjšano na manj kot 5%, zlasti pri vrstah z visoko stopnjo ponovitev, kot so pšenica, koruza itd.
Obširne izkušnje-Več kot 2000 zaprtih projektov SLAF-Seq na stotine vrst, ki zajemajo rastline, sesalce, ptice, žuželke, vodne organizme itd.
Samorazvit bioinformatski potek dela- Integriran bioinformacijski potek dela za SLAF-Seq je razvil BMKGENE, da zagotovi zanesljivost in točnost končnega rezultata.
Specifikacije storitve
| Platforma | Konc. (ng/gl) | Skupaj (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Zvezek>15μl) | 1,6-2,5 |
Priporočena strategija zaporedja
Globina zaporedja: 10X/Tag
| Velikost genoma | Priporočene oznake SLAF |
| < 500 Mb | 100K ali WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Velikanski ali kompleksni genomi | 300 - 400K |
| Aplikacije
| Priporočeno Lestvica prebivalstva
| Strategija zaporedja in globina
| |
| Globina
| Številka oznake
| ||
| GWAS
| Število vzorcev ≥ 200
| 10X
|
Po navedbah velikost genoma
|
| Genetska evolucija
| Posamezniki vsakega podskupina ≥ 10; skupno število vzorcev ≥ 30
| 10X
| |
Priporočena dostava vzorcev
Vsebnik: 2 ml centrifugalna epruveta
Za večino vzorcev ne priporočamo konzerviranja v etanolu.
Označevanje vzorcev: Vzorci morajo biti jasno označeni in enaki predloženemu obrazcu z informacijami o vzorcu.
Pošiljka: suhi led: vzorce je treba najprej zapakirati v vreče in jih zakopati v suhi led.
Potek dela storitve
Vzorec QC
Pilotni poskus
SLAF-eksperiment
Priprava knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
1. Statistika rezultatov karte
2. Razvoj markerja SLAF
3. Opomba variacije
| leto | Dnevnik | IF | Naslov | Aplikacije |
| 2022 | Komunikacije narave | 17.694 | Genomska osnova giga-kromosomov in giga-genoma drevesne potonike Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Novi fitolog | 7.433 | Odtisi udomačitve zasidrajo genomske regije agronomskega pomena v soja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Umetne introgresije Gossypium barbadense v celotnem genomu v G. hirsutum razkrivajo vrhunske lokuse za hkratno izboljšanje kakovosti bombažnih vlaken in donosa lastnosti | SLAF-Evolucijska genetika |
| 2019 | Molekularna rastlina | 10.81 | Populacijska genomska analiza in skupščina De Novo razkrivata izvor Weedyja Riž kot evolucijska igra | SLAF-Evolucijska genetika |
| 2019 | Naravna genetika | 31.616 | Sekvenca genoma in genetska raznolikost navadnega krapa, Cyprinus carpio | Zemljevid povezave SLAF |
| 2014 | Naravna genetika | 25.455 | Genom gojenega arašida omogoča vpogled v kariotipe stročnic, poliploide evolucija in udomačitev rastlin. | Zemljevid povezave SLAF |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9,803 | Identifikacija ST1 razkriva selekcijo, ki vključuje štopanje morfologije semena in vsebnostjo olja med udomačitvijo soje | Razvoj SLAF-markerja |
| 2022 | Mednarodni časopis za molekularne znanosti | 6.208 | Identifikacija in razvoj markerjev DNA za pšenico-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomična kromosomska substitucija | Razvoj SLAF-markerja |
