Sekvenciranje majhne RNA-Illumina
Lastnosti
● Izbira velikosti RNA pred pripravo knjižnice
● Bioinformatska analiza, osredotočena na napoved miRNA in njihovih ciljev
Prednosti storitve
●Celovita bioinformatska analiza:omogoča identifikacijo znanih in novih miRNA, identifikacijo tarč miRNA in ustrezno funkcionalno opombo ter obogatitev z več bazami podatkov (KEGG, GO)
●Stroga kontrola kakovosti: izvajamo ključne kontrolne točke v vseh fazah, od priprave vzorca in knjižnice do sekvenciranja in bioinformatike.To natančno spremljanje zagotavlja zagotavljanje dosledno visokokakovostnih rezultatov.
●Poprodajna podpora: Naša zaveza sega preko zaključka projekta s 3-mesečnim obdobjem poprodajnih storitev.V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in srečanja z vprašanji in odgovori za obravnavo kakršnih koli vprašanj v zvezi z rezultati.
●Obsežno strokovno znanje: z zgodovino uspešnih zaključkov več projektov sRNA, ki pokrivajo več kot 100 vrst na različnih raziskovalnih področjih, naša ekipa v vsak projekt vnaša bogate izkušnje.
Zahteve za vzorce in dostava
| Knjižnica | Platforma | Priporočeni podatki | QC podatkov |
| Izbrana velikost | Ilumina SE50 | 10M-20M branja | Q30≥85% |
Vzorčne zahteve:
Nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistost | Integriteta |
| ≥ 80 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je prikazana omejena ali nikakršna kontaminacija beljakovin ali DNK. | RIN≥6,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; omejena ali brez osnovne višine |
● Rastline:
Korenina, steblo ali cvetni list: 450 mg
List ali seme: 300 mg
Sadje: 1,2 g
● Žival:
Srce ali črevesje: 450 mg
Notranje telo ali možgani: 240 mg
Mišice: 600 mg
Kosti, lasje ali koža: 1,5 g
● Členonožci:
Insekti: 9g
Raki: 450 mg
● Polna kri: 2 cevi
● Celice: 106 celice
● Serum in plazma:6 ml
Priporočena dostava vzorcev
Vsebnik:
2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina + ponovitev, npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Pošiljka:
1. Suhi led: Vzorce je treba zapakirati v vrečke in zakopati v suhi led.
2. Epruvete stabilne RNA: vzorce RNA lahko posušite v epruveti za stabilizacijo RNA (npr. RNAstable®) in jih pošljete pri sobni temperaturi.
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Ekstrakcija RNA
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Bioinformatika
Identifikacija miRNA: struktura in globina
Diferencialna ekspresija miRNA – hierarhično združevanje
Funkcionalna oznaka tarče različno izraženih miRNA
Raziščite raziskovalni napredek, ki ga omogočajo storitve sekvenciranja sRNA BMKGene prek izbrane zbirke publikacij.
Chen, H. et al.(2023) „Virusne okužbe zavirajo biosintezo saponinov in fotosintezo v Panax notoginseng“, Plant Physiology and Biochemistry, 203, str.108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al.(2023) 'Protein FREE1, ki vsebuje rastlinsko domeno FYVE, se povezuje s komponentami mikroprocesorjev za zatiranje biogeneze miRNA', poroča EMBO, 24(1).doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al.(2023) 'MikroRNA Ame-Bantam-3p nadzoruje razvoj mladičev ličink z usmerjanjem na več genov, podobnih epidermalnemu rastnemu faktorju 8 (megf8) pri medonosni čebeli, Apis mellifera', International Journal of Molecular Sciences, 24(6), str. .5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al.(2018) 'Integrirana analiza MiRNA in genov, povezanih s kakovostjo mesa, razkriva, da Gga-MiR-140-5p vpliva na intramuskularno odlaganje maščobe pri piščancih', Cellular Physiology and Biochemistry, 46(6), str. 2421–2433.doi: 10.1159/000489649.
