Majhne RNA so vrsta kratke nekodirajoče RNA s povprečno dolžino 18-30 nt, vključno z miRNA, siRNA in piRNA.O teh majhnih RNA so množično poročali, da so vključene v različne biološke procese, kot so razgradnja mRNA, inhibicija translacije, tvorba heterokromatina itd. Analiza sekvenciranja malih RNA je bila široko uporabljena v študijah razvoja živali/rastlin, bolezni, virusov itd. Mala RNA platformo za analizo zaporedja sestavljata standardna analiza in napredno rudarjenje podatkov.Na podlagi podatkov RNA-seq lahko s standardno analizo dosežemo identifikacijo in napovedovanje miRNA, napoved ciljnega gena miRNA, analizo označevanja in izražanja.Napredna analiza omogoča prilagojeno iskanje in ekstrakcijo miRNA, generiranje Vennovega diagrama, miRNA in gradnjo mreže ciljnih genov.
